More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_5630 on replicon NC_010557
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010557  BamMC406_5630  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 302 aa  622  1e-177  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0341867 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5847  LysR family transcriptional regulator  99.67 
 
 		 302 aa  621  1e-177  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.632072  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4657  LysR family transcriptional regulator  98.34 
 
 		 302 aa  615  1e-175  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.501857  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3711  LysR family transcriptional regulator  98.34 
 
 		 302 aa  615  1e-175  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.282395  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5647  LysR family transcriptional regulator  97.68 
 
 		 302 aa  613  9.999999999999999e-175  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.287338 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4986  LysR family transcriptional regulator  73.84 
 
 		 304 aa  468  1.0000000000000001e-131  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.910518 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6370  LysR family transcriptional regulator  53.64 
 
 		 309 aa  343  1e-93  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5280  LysR family transcriptional regulator  52.65 
 
 		 318 aa  336  1.9999999999999998e-91  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5126  LysR family transcriptional regulator  46.38 
 
 		 319 aa  280  2e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.255501  normal  0.155944 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3526  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  43.77 
 
 		 301 aa  261  1e-68  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.33739  normal  0.82105 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5497  transcriptional regulator, LysR family  42.91 
 
 		 316 aa  255  6e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.315237  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3380  LysR family transcriptional regulator  38.8 
 
 		 323 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.846396 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6698  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 310 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.526973  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1879  transcriptional regulator, LysR family  45.08 
 
 		 283 aa  219  5e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0397318  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1297  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 318 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2943  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 326 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3069  LysR family transcriptional regulator  35.91 
 
 		 318 aa  212  7e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.227283  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4825  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 303 aa  209  6e-53  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.861271  normal  0.185461 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5121  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.91 
 
 		 306 aa  208  8e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2256  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 333 aa  207  1e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.585656  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1338  putative transcriptional regulator  35.23 
 
 		 311 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15210  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 311 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.017601  hitchhiker  0.00000000286911 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6176  transcriptional regulator, LysR family  34.9 
 
 		 320 aa  200  3e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1704  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 307 aa  199  6e-50  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.407381  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0659  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 314 aa  191  1e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3263  LysR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 307 aa  186  3e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.266954  normal  0.470905 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4299  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.43 
 
 		 302 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.941417  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3790  LysR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 307 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.98544 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1328  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 304 aa  153  4e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3105  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 304 aa  153  4e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2980  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 304 aa  153  4e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.562875  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02127  transcriptional regulator transcription regulator protein  27.8 
 
 		 324 aa  150  4e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2287  nitrogen assimilation regulatory protein Nac, putative  31.65 
 
 		 310 aa  149  5e-35  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4492  transcriptional regulator, LysR family  32.99 
 
 		 306 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.957194 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0711  transcriptional regulator, LysR family  29.53 
 
 		 304 aa  144  2e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3825  LysR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 306 aa  142  5e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.363475 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2452  LysR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 304 aa  139  3.9999999999999997e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.60115  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1656  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.93 
 
 		 321 aa  139  4.999999999999999e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.227102  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5567  LysR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 304 aa  136  5e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.397683  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4202  transcriptional regulator, LysR family  31.72 
 
 		 302 aa  136  5e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3652  transcriptional regulator, LysR family  32.32 
 
 		 301 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0887356  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0140  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 300 aa  134  3e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.273009  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0513  LysR family transcriptional regulator  29.28 
 
 		 302 aa  133  3e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.810346  normal  0.24806 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3236  transcriptional regulator, LysR family  31.74 
 
 		 307 aa  132  1.0000000000000001e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2975  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 297 aa  130  3e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.819316  normal  0.0269268 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2268  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.73 
 
 		 302 aa  130  3e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.170931  normal  0.112201 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4382  LysR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 300 aa  129  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4735  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 305 aa  127  2.0000000000000002e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.52327  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4144  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 307 aa  127  3e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0963  LysR family transcriptional regulator  27.02 
 
 		 334 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5409  LysR family protein  31.17 
 
 		 300 aa  126  5e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.152867  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2577  transcriptional regulator, LysR family  28.36 
 
 		 297 aa  125  6e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.216536  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0178  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 303 aa  123  3e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.758946 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5640  transcriptional regulator LysR family  28.62 
 
 		 300 aa  122  7e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.203557  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2826  LysR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 302 aa  120  1.9999999999999998e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.123766 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3757  LysR family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 321 aa  120  1.9999999999999998e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3921  transcriptional regulator, LysR family  29.01 
 
 		 305 aa  119  9e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4035  transcriptional regulator, LysR family  29.01 
 
 		 305 aa  119  9e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.176512  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1765  transcriptional regulator, LysR family  26.47 
 
 		 320 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.348978  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3122  LysR family transcriptional regulator  31.2 
 
 		 315 aa  117  3e-25  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3187  LysR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 307 aa  117  3e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1264  LysR family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 317 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1340  LysR family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 317 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.875316  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5122  transcriptional regulator, LysR family  25.69 
 
 		 298 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1158  LysR family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 301 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0761  transcriptional regulator, LysR family  28.96 
 
 		 316 aa  115  7.999999999999999e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.211674  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3548  transcriptional regulator LysR family  28.19 
 
 		 318 aa  115  8.999999999999998e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.280114  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0907  transcriptional regulator, LysR family  28.96 
 
 		 302 aa  115  8.999999999999998e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4662  transcriptional regulator, LysR family  27.21 
 
 		 329 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3756  LysR family transcriptional regulator  26.14 
 
 		 301 aa  115  1.0000000000000001e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.231956  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  32.26 
 
 		 293 aa  115  1.0000000000000001e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1272  LysR family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 295 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1817  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 310 aa  113  3e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.330978  hitchhiker  0.00360584 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1293  LysR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 320 aa  112  5e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00171024  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2518  LysR family regulatory protein  27.08 
 
 		 311 aa  113  5e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1507  LysR family transcriptional regulator  26.1 
 
 		 317 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1472  LysR family transcriptional regulator  26.27 
 
 		 300 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.166956  normal  0.322339 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1487  LysR family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 317 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.235813  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1674  transcriptional regulator, LysR family  29.96 
 
 		 312 aa  110  4.0000000000000004e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.247325  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0778  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 306 aa  109  5e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2930  LysR family transcriptional regulator  26.76 
 
 		 320 aa  109  7.000000000000001e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.686642  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1679  transcriptional regulator, LysR family  29.01 
 
 		 316 aa  107  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.409194  normal  0.896834 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0687  LysR family transcriptional regulator  25.58 
 
 		 311 aa  107  2e-22  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.591422  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1720  LysR family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 304 aa  107  2e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.501523 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5289  LysR family transcriptional regulator  26.48 
 
 		 302 aa  107  3e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.127771  normal  0.048203 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1791  LysR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 290 aa  106  4e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.027343 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2928  transcriptional regulator, LysR family  25.26 
 
 		 309 aa  105  6e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1646  LysR family transcriptional regulator  24.22 
 
 		 317 aa  105  8e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1590  LysR family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 302 aa  105  8e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1988  LysR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 311 aa  105  9e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0141535  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1568  LysR family transcriptional regulator  26.12 
 
 		 317 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.841213  normal  0.890695 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4729  LysR family transcriptional regulator  25.74 
 
 		 317 aa  104  2e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.417319  normal  0.651457 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4629  transcriptional regulator, LysR family  27.71 
 
 		 332 aa  104  2e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.31234 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2041  transcriptional regulator, LysR family  27.57 
 
 		 301 aa  103  4e-21  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.416222 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1763  LysR family transcriptional regulator  28.84 
 
 		 296 aa  102  6e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3118  transcriptional regulator, LysR family  28.88 
 
 		 313 aa  102  6e-21  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.752623  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1092  transcriptional regulator, LysR family  27.57 
 
 		 301 aa  102  7e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0509948  normal  0.0429857 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5931  LysR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 307 aa  101  1e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.145733  normal  0.0470213 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1111  LysR family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 317 aa  102  1e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0727  LysR family transcriptional regulator  24.32 
 
 		 298 aa  102  1e-20  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>