More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_5567 on replicon NC_010557
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010557  BamMC406_5567  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 304 aa  615  1e-175  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.397683  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5280  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 318 aa  147  3e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1338  putative transcriptional regulator  30.07 
 
 		 311 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15210  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 311 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.017601  hitchhiker  0.00000000286911 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6370  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 309 aa  140  3e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5647  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 302 aa  139  6e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.287338 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0659  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 314 aa  138  8.999999999999999e-32  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4657  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 302 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.501857  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3711  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 302 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.282395  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5630  LysR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 302 aa  136  5e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0341867 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4986  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 304 aa  135  8e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.910518 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5847  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 302 aa  135  8e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.632072  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5126  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 319 aa  134  1.9999999999999998e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.255501  normal  0.155944 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5497  transcriptional regulator, LysR family  29.47 
 
 		 316 aa  125  1e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.315237  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6176  transcriptional regulator, LysR family  27.55 
 
 		 320 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3263  LysR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 307 aa  120  3e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.266954  normal  0.470905 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3526  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.03 
 
 		 301 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.33739  normal  0.82105 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3069  LysR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 318 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.227283  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6698  LysR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 310 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.526973  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5121  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.52 
 
 		 306 aa  118  9.999999999999999e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2256  LysR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 333 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.585656  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2943  LysR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 326 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1297  LysR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 318 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3790  LysR family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 307 aa  117  3e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.98544 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4299  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.59 
 
 		 302 aa  116  3.9999999999999997e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.941417  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  29.68 
 
 		 301 aa  115  1.0000000000000001e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3380  LysR family transcriptional regulator  26.55 
 
 		 323 aa  113  3e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.846396 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4825  LysR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 303 aa  109  7.000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.861271  normal  0.185461 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1704  LysR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 307 aa  106  4e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.407381  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0140  LysR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 300 aa  105  9e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.273009  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1765  transcriptional regulator, LysR family  27.14 
 
 		 320 aa  103  3e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.348978  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2577  transcriptional regulator, LysR family  24.66 
 
 		 297 aa  102  6e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.216536  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6694  LysR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 321 aa  102  9e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.32621 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5122  transcriptional regulator, LysR family  25.78 
 
 		 298 aa  102  1e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3757  LysR family transcriptional regulator  26.49 
 
 		 321 aa  101  1e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6218  LysR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 321 aa  100  2e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00215178 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5851  LysR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 321 aa  100  2e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.121988  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2268  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  24.32 
 
 		 302 aa  100  4e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.170931  normal  0.112201 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1478  LysR family transcriptional regulator  34.33 
 
 		 309 aa  99.4  6e-20  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0854082  hitchhiker  0.000187974 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2452  LysR family transcriptional regulator  24.58 
 
 		 304 aa  99.4  7e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.60115  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3187  LysR family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 307 aa  98.6  1e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0711  transcriptional regulator, LysR family  24.14 
 
 		 304 aa  98.6  1e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0178  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 303 aa  98.6  1e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.758946 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1575  transcriptional regulator, LysR family  25.77 
 
 		 295 aa  98.2  1e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000381269  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1345  transcriptional regulator, LysR family  24.83 
 
 		 300 aa  97.8  2e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0839604  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1656  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  25.41 
 
 		 321 aa  97.1  3e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.227102  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3825  LysR family transcriptional regulator  23.81 
 
 		 306 aa  97.1  3e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.363475 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3756  LysR family transcriptional regulator  23.29 
 
 		 301 aa  96.7  4e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.231956  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2848  LysR family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 310 aa  96.3  5e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.93078  normal  0.0328698 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2252  transcriptional regulator, LysR family  25.43 
 
 		 296 aa  96.3  6e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1879  transcriptional regulator, LysR family  27.23 
 
 		 283 aa  95.9  7e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0397318  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5025  transcriptional regulator, LysR family  29.85 
 
 		 295 aa  95.5  9e-19  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.860643  normal  0.224116 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1722  LysR substrate-binding  27.41 
 
 		 301 aa  94.7  2e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0793479  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6622  LysR family transcriptional regulator  26.57 
 
 		 318 aa  94.7  2e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.536281  normal  0.255489 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2041  transcriptional regulator, LysR family  27.03 
 
 		 301 aa  93.2  5e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.416222 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1340  LysR family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 317 aa  92.8  6e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.875316  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1670  LysR substrate-binding protein  28.41 
 
 		 287 aa  92.4  8e-18  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.903503  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1264  LysR family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 317 aa  92.4  9e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2145  DNA-binding transcriptional regulator CynR  26.11 
 
 		 304 aa  91.7  1e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.276237  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  23.08 
 
 		 305 aa  92  1e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2523  LysR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 298 aa  90.9  2e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0665746  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2118  LysR family transcriptional regulator  22.92 
 
 		 294 aa  90.9  2e-17  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2072  transcriptional regulator, LysR family  26.57 
 
 		 305 aa  91.3  2e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0751025 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4609  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 289 aa  91.3  2e-17  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.461419 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2518  LysR family regulatory protein  25.26 
 
 		 311 aa  90.9  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1472  LysR family transcriptional regulator  24.63 
 
 		 300 aa  90.9  2e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.166956  normal  0.322339 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1092  transcriptional regulator, LysR family  26.64 
 
 		 301 aa  91.3  2e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0509948  normal  0.0429857 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4729  LysR family transcriptional regulator  26.12 
 
 		 317 aa  90.5  3e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.417319  normal  0.651457 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2223  transcriptional regulator, LysR family  23.99 
 
 		 302 aa  89.7  5e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1036  transcriptional regulator, LysR family  24.62 
 
 		 300 aa  89.7  5e-17  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1646  LysR family transcriptional regulator  26.76 
 
 		 317 aa  89.7  5e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0369  DNA-binding transcriptional regulator CynR  25.74 
 
 		 299 aa  89.7  6e-17  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3118  transcriptional regulator, LysR family  29.1 
 
 		 309 aa  89.7  6e-17  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.181053  normal  0.0120636 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1720  LysR family transcriptional regulator  24.56 
 
 		 304 aa  89.4  7e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.501523 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3176  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 304 aa  89.4  8e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.594001  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1084  LysR family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 297 aa  89.4  8e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000126748  hitchhiker  0.00000896339 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1976  transcriptional regulator, LysR family  29.1 
 
 		 343 aa  89  9e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.66022  normal  0.44727 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3105  LysR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 304 aa  89  1e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4144  LysR family transcriptional regulator  23.19 
 
 		 307 aa  88.6  1e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0403  DNA-binding transcriptional regulator CynR  25.74 
 
 		 299 aa  88.2  1e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4879  transcriptional regulator, LysR family  30.35 
 
 		 298 aa  89  1e-16  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1328  LysR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 304 aa  89  1e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2980  LysR family transcriptional regulator  26.64 
 
 		 304 aa  89  1e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.562875  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0835  LysR family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 364 aa  88.2  1e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.643048  normal  0.134814 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0362  DNA-binding transcriptional regulator CynR  25.74 
 
 		 299 aa  88.2  1e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.709016  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00292  DNA-binding transcriptional dual regulator  25.74 
 
 		 299 aa  87.8  2e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3268  transcriptional regulator, LysR family  25.74 
 
 		 299 aa  87.8  2e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1650  LysR family transcriptional regulator  25.31 
 
 		 301 aa  87.8  2e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00296  hypothetical protein  25.74 
 
 		 299 aa  87.8  2e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4836  LysR family transcriptional regulator  26.53 
 
 		 328 aa  87.8  2e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0778  LysR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 306 aa  88.2  2e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3794  transcriptional regulator, LysR family  31.46 
 
 		 294 aa  87.8  2e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.689518 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1817  LysR family transcriptional regulator  25.52 
 
 		 310 aa  87.8  2e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.330978  hitchhiker  0.00360584 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5425  Transcriptional regulator  26.09 
 
 		 316 aa  87.4  3e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1293  LysR family transcriptional regulator  24.14 
 
 		 320 aa  87  3e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00171024  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0411  DNA-binding transcriptional regulator CynR  25.74 
 
 		 299 aa  87.4  3e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3287  DNA-binding transcriptional regulator CynR  25.74 
 
 		 299 aa  87  3e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7208  LysR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 293 aa  87.4  3e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.319627  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0548  LysR family transcriptional regulator  22.49 
 
 		 316 aa  87.4  3e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4035  transcriptional regulator, LysR family  25.1 
 
 		 305 aa  86.7  4e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.176512  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>