More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_1720 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007948  Bpro_1720  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 304 aa  607  1e-173  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.501523 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1674  transcriptional regulator, LysR family  53.4 
 
 		 312 aa  307  2.0000000000000002e-82  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.247325  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3122  LysR family transcriptional regulator  49.82 
 
 		 315 aa  271  1e-71  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4729  LysR family transcriptional regulator  44.75 
 
 		 317 aa  260  2e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.417319  normal  0.651457 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1646  LysR family transcriptional regulator  45.61 
 
 		 317 aa  260  2e-68  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1765  transcriptional regulator, LysR family  45.27 
 
 		 320 aa  261  2e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.348978  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1487  LysR family transcriptional regulator  44.26 
 
 		 317 aa  255  8e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.235813  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1111  LysR family transcriptional regulator  43.73 
 
 		 317 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1591  LysR family transcriptional regulator  43.73 
 
 		 324 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0175342  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1507  LysR family transcriptional regulator  43.92 
 
 		 317 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1568  LysR family transcriptional regulator  43.39 
 
 		 317 aa  252  5.000000000000001e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.841213  normal  0.890695 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4144  LysR family transcriptional regulator  42.91 
 
 		 307 aa  236  3e-61  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3825  LysR family transcriptional regulator  40.48 
 
 		 306 aa  234  1.0000000000000001e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.363475 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4735  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 305 aa  223  3e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.52327  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1158  LysR family transcriptional regulator  42.03 
 
 		 301 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0178  LysR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 303 aa  219  3.9999999999999997e-56  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.758946 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1817  LysR family transcriptional regulator  42.16 
 
 		 310 aa  219  6e-56  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.330978  hitchhiker  0.00360584 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1656  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.26 
 
 		 321 aa  214  9.999999999999999e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.227102  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5122  transcriptional regulator, LysR family  42.91 
 
 		 298 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0711  transcriptional regulator, LysR family  41.2 
 
 		 304 aa  212  5.999999999999999e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2577  transcriptional regulator, LysR family  38.75 
 
 		 297 aa  212  7e-54  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.216536  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0778  LysR family transcriptional regulator  44.18 
 
 		 306 aa  211  1e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2268  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.41 
 
 		 302 aa  209  4e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.170931  normal  0.112201 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3921  transcriptional regulator, LysR family  39.72 
 
 		 305 aa  207  2e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4035  transcriptional regulator, LysR family  39.72 
 
 		 305 aa  207  2e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.176512  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2826  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 302 aa  206  3e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.123766 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2928  transcriptional regulator, LysR family  37.63 
 
 		 309 aa  204  2e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1264  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 317 aa  203  3e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3118  transcriptional regulator, LysR family  39.71 
 
 		 313 aa  202  4e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.752623  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1340  LysR family transcriptional regulator  39.57 
 
 		 317 aa  202  6e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.875316  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2518  LysR family regulatory protein  39.64 
 
 		 311 aa  198  7.999999999999999e-50  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2216  transcriptional regulator, LysR family  38.13 
 
 		 311 aa  188  9e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2528  transcriptional regulator, LysR family  38.64 
 
 		 310 aa  186  3e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3624  transcriptional regulator, LysR family  35.44 
 
 		 310 aa  184  1.0000000000000001e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3501  transcriptional regulator, LysR family  34.74 
 
 		 310 aa  184  2.0000000000000003e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.7374  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4382  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 300 aa  183  4.0000000000000006e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3236  transcriptional regulator, LysR family  35.74 
 
 		 307 aa  181  9.000000000000001e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4153  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 299 aa  176  3e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3652  transcriptional regulator, LysR family  34.56 
 
 		 301 aa  173  3.9999999999999995e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0887356  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2975  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 297 aa  173  3.9999999999999995e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.819316  normal  0.0269268 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1679  transcriptional regulator, LysR family  32.28 
 
 		 316 aa  154  1e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.409194  normal  0.896834 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3548  transcriptional regulator LysR family  34.59 
 
 		 318 aa  153  4e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.280114  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4662  transcriptional regulator, LysR family  32.53 
 
 		 329 aa  152  5.9999999999999996e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1722  LysR substrate-binding  33.85 
 
 		 301 aa  132  5e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0793479  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2416  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  28.92 
 
 		 297 aa  132  6e-30  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.0000387203  decreased coverage  0.000000509864 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1590  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 302 aa  131  2.0000000000000002e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2041  transcriptional regulator, LysR family  33.46 
 
 		 301 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.416222 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1092  transcriptional regulator, LysR family  33.46 
 
 		 301 aa  130  3e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0509948  normal  0.0429857 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1272  LysR family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 295 aa  129  6e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4509  LysR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 298 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.391554 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3501  LysR family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 304 aa  128  1.0000000000000001e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.829127  normal  0.0458146 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1344  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 298 aa  126  6e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.749958  normal  0.0693843 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0140  LysR family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 300 aa  124  1e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.273009  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0963  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 334 aa  125  1e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1930  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 297 aa  124  1e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0417087 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1269  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 298 aa  124  2e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.151838 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1243  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 298 aa  124  2e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0884  LysR family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 298 aa  123  5e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1366  LysR family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 298 aa  123  5e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0907  transcriptional regulator, LysR family  34.98 
 
 		 302 aa  121  9.999999999999999e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0395  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 315 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.662274 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5409  LysR family protein  29.34 
 
 		 300 aa  121  9.999999999999999e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.152867  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0761  transcriptional regulator, LysR family  34.98 
 
 		 316 aa  122  9.999999999999999e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.211674  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0223  transcriptional regulator, LysR family  30.08 
 
 		 308 aa  120  3e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0239924 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1472  LysR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 300 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.166956  normal  0.322339 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3756  LysR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 301 aa  117  3e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.231956  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0513  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 302 aa  117  3e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.810346  normal  0.24806 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4552  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 307 aa  116  3.9999999999999997e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1293  LysR family transcriptional regulator  29.78 
 
 		 320 aa  116  6e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00171024  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4089  transcriptional regulator, LysR family  29.37 
 
 		 297 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0548  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 316 aa  115  1.0000000000000001e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3806  LysR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 307 aa  115  1.0000000000000001e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.335856 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5640  transcriptional regulator LysR family  29.64 
 
 		 300 aa  114  2.0000000000000002e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.203557  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2671  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.8 
 
 		 313 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00916902  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1185  LysR family transcriptional regulator  28.37 
 
 		 310 aa  114  2.0000000000000002e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000000537468  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4570  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 298 aa  113  3e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2072  transcriptional regulator, LysR family  30.63 
 
 		 305 aa  113  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0751025 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 305 aa  112  8.000000000000001e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5121  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.62 
 
 		 306 aa  112  9e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4986  LysR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 304 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.910518 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3187  LysR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 307 aa  110  3e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3526  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.23 
 
 		 301 aa  110  3e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.33739  normal  0.82105 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02139  transcriptional regulator  28.94 
 
 		 289 aa  110  4.0000000000000004e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1879  transcriptional regulator, LysR family  30.8 
 
 		 283 aa  109  6e-23  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0397318  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6370  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 309 aa  108  1e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5280  LysR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 318 aa  108  1e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2943  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 326 aa  108  1e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1297  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 318 aa  108  1e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3069  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 318 aa  108  2e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.227283  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5630  LysR family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 302 aa  107  2e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0341867 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4202  transcriptional regulator, LysR family  28.52 
 
 		 302 aa  107  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2256  LysR family transcriptional regulator  28.63 
 
 		 333 aa  107  2e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.585656  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4492  transcriptional regulator, LysR family  28.06 
 
 		 306 aa  108  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.957194 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3085  LysR family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 341 aa  107  3e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003682  transcriptional regulator LysR family  27.41 
 
 		 289 aa  106  4e-22  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5847  LysR family transcriptional regulator  25.98 
 
 		 302 aa  106  4e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.632072  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5650  transcriptional regulator, LysR family  27.21 
 
 		 303 aa  106  5e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00706693  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5497  transcriptional regulator, LysR family  27.72 
 
 		 316 aa  106  5e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.315237  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6698  LysR family transcriptional regulator  26.22 
 
 		 310 aa  106  5e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.526973  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2850  LysR family substrate binding transcriptional regulator  27.52 
 
 		 290 aa  105  7e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.46504  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>