More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_2268 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007005  Psyr_2268  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  100 
 
 		 302 aa  615  1e-175  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.170931  normal  0.112201 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2577  transcriptional regulator, LysR family  95.96 
 
 		 297 aa  587  1e-166  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.216536  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3825  LysR family transcriptional regulator  54.08 
 
 		 306 aa  334  9e-91  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.363475 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1568  LysR family transcriptional regulator  50.34 
 
 		 317 aa  295  8e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.841213  normal  0.890695 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1765  transcriptional regulator, LysR family  49.33 
 
 		 320 aa  295  8e-79  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.348978  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1591  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 324 aa  291  9e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0175342  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1111  LysR family transcriptional regulator  49.32 
 
 		 317 aa  291  1e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1646  LysR family transcriptional regulator  48.64 
 
 		 317 aa  286  2e-76  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4729  LysR family transcriptional regulator  48.97 
 
 		 317 aa  286  4e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.417319  normal  0.651457 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1507  LysR family transcriptional regulator  48.96 
 
 		 317 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1487  LysR family transcriptional regulator  48.11 
 
 		 317 aa  283  4.0000000000000003e-75  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.235813  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4144  LysR family transcriptional regulator  48.82 
 
 		 307 aa  281  9e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4035  transcriptional regulator, LysR family  47.51 
 
 		 305 aa  280  2e-74  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.176512  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3921  transcriptional regulator, LysR family  47.51 
 
 		 305 aa  280  2e-74  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1158  LysR family transcriptional regulator  49.66 
 
 		 301 aa  278  7e-74  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1817  LysR family transcriptional regulator  48.67 
 
 		 310 aa  275  8e-73  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.330978  hitchhiker  0.00360584 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4735  LysR family transcriptional regulator  46.96 
 
 		 305 aa  271  8.000000000000001e-72  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.52327  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0711  transcriptional regulator, LysR family  43.67 
 
 		 304 aa  269  4e-71  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4382  LysR family transcriptional regulator  48.98 
 
 		 300 aa  265  5e-70  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5122  transcriptional regulator, LysR family  48.3 
 
 		 298 aa  265  8e-70  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2826  LysR family transcriptional regulator  48.3 
 
 		 302 aa  255  5e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.123766 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3652  transcriptional regulator, LysR family  46.6 
 
 		 301 aa  255  6e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0887356  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0178  LysR family transcriptional regulator  45.51 
 
 		 303 aa  253  2.0000000000000002e-66  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.758946 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1656  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  43.39 
 
 		 321 aa  250  2e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.227102  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3236  transcriptional regulator, LysR family  45.02 
 
 		 307 aa  249  3e-65  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2975  LysR family transcriptional regulator  44.56 
 
 		 297 aa  249  5e-65  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.819316  normal  0.0269268 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0778  LysR family transcriptional regulator  44.48 
 
 		 306 aa  223  2e-57  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1264  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 317 aa  219  5e-56  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1340  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 317 aa  219  6e-56  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.875316  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2518  LysR family regulatory protein  39.39 
 
 		 311 aa  215  7e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4153  LysR family transcriptional regulator  38.49 
 
 		 299 aa  213  3.9999999999999995e-54  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2928  transcriptional regulator, LysR family  36.36 
 
 		 309 aa  210  2e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1720  LysR family transcriptional regulator  38.41 
 
 		 304 aa  209  4e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.501523 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1674  transcriptional regulator, LysR family  37.54 
 
 		 312 aa  206  4e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.247325  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3118  transcriptional regulator, LysR family  37.71 
 
 		 313 aa  206  4e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.752623  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3501  transcriptional regulator, LysR family  36.61 
 
 		 310 aa  197  3e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.7374  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2216  transcriptional regulator, LysR family  36.27 
 
 		 311 aa  196  3e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3122  LysR family transcriptional regulator  38.14 
 
 		 315 aa  194  2e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2528  transcriptional regulator, LysR family  35.93 
 
 		 310 aa  188  1e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3624  transcriptional regulator, LysR family  34.34 
 
 		 310 aa  184  2.0000000000000003e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2416  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  33.33 
 
 		 297 aa  160  3e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.0000387203  decreased coverage  0.000000509864 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4492  transcriptional regulator, LysR family  32.41 
 
 		 306 aa  142  9e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.957194 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5280  LysR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 318 aa  139  3.9999999999999997e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4986  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 304 aa  135  7.000000000000001e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.910518 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4570  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 298 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5289  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 302 aa  134  3e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.127771  normal  0.048203 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02870  putative transcriptional regulator  33.45 
 
 		 313 aa  132  6.999999999999999e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00238694 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3526  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.17 
 
 		 301 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.33739  normal  0.82105 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5409  LysR family protein  34.5 
 
 		 300 aa  132  7.999999999999999e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.152867  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4202  transcriptional regulator, LysR family  31.38 
 
 		 302 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3711  LysR family transcriptional regulator  28.73 
 
 		 302 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.282395  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4657  LysR family transcriptional regulator  28.73 
 
 		 302 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.501857  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6370  LysR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 309 aa  130  3e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0319  putative transcriptional regulator  33.11 
 
 		 313 aa  130  3e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.404994  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5630  LysR family transcriptional regulator  28.73 
 
 		 302 aa  130  3e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0341867 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5847  LysR family transcriptional regulator  28.73 
 
 		 302 aa  130  3e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.632072  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3176  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 304 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.594001  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5647  LysR family transcriptional regulator  28 
 
 		 302 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.287338 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2041  transcriptional regulator, LysR family  33.2 
 
 		 301 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.416222 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5121  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.55 
 
 		 306 aa  128  1.0000000000000001e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1338  putative transcriptional regulator  29.43 
 
 		 311 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1092  transcriptional regulator, LysR family  32.81 
 
 		 301 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0509948  normal  0.0429857 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15210  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 311 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.017601  hitchhiker  0.00000000286911 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3187  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 307 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1722  LysR substrate-binding  32.81 
 
 		 301 aa  126  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0793479  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4825  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 303 aa  126  5e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.861271  normal  0.185461 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2256  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 333 aa  126  5e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.585656  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0140  LysR family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 300 aa  126  5e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.273009  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5640  transcriptional regulator LysR family  30.67 
 
 		 300 aa  126  5e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.203557  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3501  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 304 aa  125  6e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.829127  normal  0.0458146 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1259  transcriptional regulator, LysR family  30.31 
 
 		 300 aa  124  2e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1879  transcriptional regulator, LysR family  33.75 
 
 		 283 aa  123  3e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0397318  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3069  LysR family transcriptional regulator  30.28 
 
 		 318 aa  124  3e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.227283  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5497  transcriptional regulator, LysR family  26.9 
 
 		 316 aa  123  4e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.315237  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4662  transcriptional regulator, LysR family  30.27 
 
 		 329 aa  122  6e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1679  transcriptional regulator, LysR family  29.15 
 
 		 316 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.409194  normal  0.896834 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3380  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 323 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.846396 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6698  LysR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 310 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.526973  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5126  LysR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 319 aa  121  9.999999999999999e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.255501  normal  0.155944 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1297  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 318 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2943  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 326 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4509  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 298 aa  120  3e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.391554 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1472  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 300 aa  120  3e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.166956  normal  0.322339 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3756  LysR family transcriptional regulator  26.14 
 
 		 301 aa  120  3e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.231956  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0884  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 298 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1366  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 298 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6176  transcriptional regulator, LysR family  28.78 
 
 		 320 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2072  transcriptional regulator, LysR family  30.51 
 
 		 305 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0751025 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3263  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 307 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.266954  normal  0.470905 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3790  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 307 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.98544 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1344  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 298 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.749958  normal  0.0693843 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1272  LysR family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 295 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  31.14 
 
 		 301 aa  117  1.9999999999999998e-25  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1239  transcriptional regulator, LysR family  31.25 
 
 		 307 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.138802  normal  0.188644 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0395  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 315 aa  114  3e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.662274 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0513  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 302 aa  113  3e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.810346  normal  0.24806 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1185  LysR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 310 aa  113  5e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000000537468  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1269  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 298 aa  112  5e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.151838 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0761  transcriptional regulator, LysR family  27.24 
 
 		 316 aa  112  6e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.211674  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1243  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 298 aa  112  6e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>