More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2216 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_2216  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 311 aa  640    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2528  transcriptional regulator, LysR family  94.52 
 
 		 310 aa  582  1.0000000000000001e-165  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3118  transcriptional regulator, LysR family  64.29 
 
 		 313 aa  413  1e-114  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.752623  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2928  transcriptional regulator, LysR family  66 
 
 		 309 aa  404  1e-111  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3624  transcriptional regulator, LysR family  55.07 
 
 		 310 aa  352  5e-96  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3501  transcriptional regulator, LysR family  54.92 
 
 		 310 aa  350  2e-95  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.7374  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1765  transcriptional regulator, LysR family  43.73 
 
 		 320 aa  249  6e-65  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.348978  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1158  LysR family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 301 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1646  LysR family transcriptional regulator  43.24 
 
 		 317 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4729  LysR family transcriptional regulator  42.33 
 
 		 317 aa  239  5.999999999999999e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.417319  normal  0.651457 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1487  LysR family transcriptional regulator  43.49 
 
 		 317 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.235813  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1507  LysR family transcriptional regulator  43.15 
 
 		 317 aa  233  4.0000000000000004e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5122  transcriptional regulator, LysR family  41.41 
 
 		 298 aa  231  1e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1568  LysR family transcriptional regulator  42.12 
 
 		 317 aa  230  3e-59  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.841213  normal  0.890695 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1111  LysR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 317 aa  229  6e-59  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1591  LysR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 324 aa  229  7e-59  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0175342  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4735  LysR family transcriptional regulator  40.33 
 
 		 305 aa  222  4.9999999999999996e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.52327  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4153  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 299 aa  221  9.999999999999999e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1817  LysR family transcriptional regulator  39.32 
 
 		 310 aa  218  1e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.330978  hitchhiker  0.00360584 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3825  LysR family transcriptional regulator  37.71 
 
 		 306 aa  213  1.9999999999999998e-54  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.363475 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1340  LysR family transcriptional regulator  39.2 
 
 		 317 aa  209  6e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.875316  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0711  transcriptional regulator, LysR family  36.43 
 
 		 304 aa  208  8e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1264  LysR family transcriptional regulator  38.87 
 
 		 317 aa  208  1e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2518  LysR family regulatory protein  38.54 
 
 		 311 aa  205  9e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4144  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 307 aa  203  3e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4035  transcriptional regulator, LysR family  35.74 
 
 		 305 aa  203  4e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.176512  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3921  transcriptional regulator, LysR family  35.74 
 
 		 305 aa  203  4e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2577  transcriptional regulator, LysR family  36.95 
 
 		 297 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.216536  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2268  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.27 
 
 		 302 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.170931  normal  0.112201 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1720  LysR family transcriptional regulator  38.13 
 
 		 304 aa  198  1.0000000000000001e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.501523 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1656  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.46 
 
 		 321 aa  193  3e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.227102  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0178  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 303 aa  189  5.999999999999999e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.758946 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1674  transcriptional regulator, LysR family  36.55 
 
 		 312 aa  186  3e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.247325  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2826  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 302 aa  186  5e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.123766 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3652  transcriptional regulator, LysR family  37 
 
 		 301 aa  182  5.0000000000000004e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0887356  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0778  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 306 aa  182  6e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4382  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 300 aa  176  4e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3122  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 315 aa  176  5e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2975  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 297 aa  170  2e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.819316  normal  0.0269268 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3236  transcriptional regulator, LysR family  32.55 
 
 		 307 aa  160  2e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0140  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 300 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.273009  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1272  LysR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 295 aa  123  4e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2416  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  28.94 
 
 		 297 aa  121  9.999999999999999e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.0000387203  decreased coverage  0.000000509864 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4662  transcriptional regulator, LysR family  30.54 
 
 		 329 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3501  LysR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 304 aa  121  1.9999999999999998e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.829127  normal  0.0458146 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1679  transcriptional regulator, LysR family  30.54 
 
 		 316 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.409194  normal  0.896834 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0548  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 316 aa  119  7e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1472  LysR family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 300 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.166956  normal  0.322339 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1185  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 310 aa  116  3.9999999999999997e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000000537468  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5289  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 302 aa  116  3.9999999999999997e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.127771  normal  0.048203 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3176  LysR family transcriptional regulator  27.67 
 
 		 304 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.594001  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1722  LysR substrate-binding  31.49 
 
 		 301 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0793479  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3548  transcriptional regulator LysR family  29 
 
 		 318 aa  114  3e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.280114  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0395  LysR family transcriptional regulator  31.92 
 
 		 315 aa  113  5e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.662274 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1092  transcriptional regulator, LysR family  31.06 
 
 		 301 aa  113  5e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0509948  normal  0.0429857 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2041  transcriptional regulator, LysR family  31.06 
 
 		 301 aa  112  8.000000000000001e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.416222 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5497  transcriptional regulator, LysR family  28.34 
 
 		 316 aa  108  1e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.315237  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5851  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 321 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.121988  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6218  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 321 aa  107  2e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00215178 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5280  LysR family transcriptional regulator  25.5 
 
 		 318 aa  107  3e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0761  transcriptional regulator, LysR family  31.16 
 
 		 316 aa  107  3e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.211674  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5409  LysR family protein  31.22 
 
 		 300 aa  107  3e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.152867  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0907  transcriptional regulator, LysR family  31.16 
 
 		 302 aa  107  3e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6694  LysR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 321 aa  107  4e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.32621 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6370  LysR family transcriptional regulator  26.51 
 
 		 309 aa  106  4e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4202  transcriptional regulator, LysR family  31.86 
 
 		 302 aa  106  5e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3756  LysR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 301 aa  106  6e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.231956  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6622  LysR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 318 aa  105  7e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.536281  normal  0.255489 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1879  transcriptional regulator, LysR family  31.49 
 
 		 283 aa  105  9e-22  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0397318  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0884  LysR family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 298 aa  105  9e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1366  LysR family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 298 aa  105  9e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3187  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 307 aa  105  1e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3526  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.35 
 
 		 301 aa  105  1e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.33739  normal  0.82105 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2671  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33 
 
 		 313 aa  104  2e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00916902  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4492  transcriptional regulator, LysR family  31.74 
 
 		 306 aa  104  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.957194 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1243  LysR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 298 aa  103  3e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1930  LysR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 297 aa  103  4e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0417087 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1269  LysR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 298 aa  102  6e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.151838 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1344  LysR family transcriptional regulator  26.51 
 
 		 298 aa  101  1e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.749958  normal  0.0693843 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7208  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 293 aa  101  2e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.319627  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4089  transcriptional regulator, LysR family  28.04 
 
 		 297 aa  100  3e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1259  transcriptional regulator, LysR family  30.41 
 
 		 300 aa  100  3e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0963  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 334 aa  99.8  5e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4629  transcriptional regulator, LysR family  30.88 
 
 		 332 aa  99.8  6e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.31234 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4509  LysR family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 298 aa  99.8  6e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.391554 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1590  LysR family transcriptional regulator  26.88 
 
 		 302 aa  99.4  7e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4825  LysR family transcriptional regulator  29.54 
 
 		 303 aa  99.4  8e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.861271  normal  0.185461 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1664  LysR substrate-binding protein  33.68 
 
 		 288 aa  98.6  1e-19  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02870  putative transcriptional regulator  35.45 
 
 		 313 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00238694 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3494  transcriptional regulator, LysR family  31.9 
 
 		 299 aa  97.8  2e-19  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3484  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.73 
 
 		 292 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.875325  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00292  DNA-binding transcriptional dual regulator  29.52 
 
 		 299 aa  97.1  4e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3268  transcriptional regulator, LysR family  29.52 
 
 		 299 aa  97.1  4e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00296  hypothetical protein  29.52 
 
 		 299 aa  97.1  4e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4570  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 298 aa  96.7  5e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0369  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.52 
 
 		 299 aa  96.7  5e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1980  LysR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 329 aa  96.3  6e-19  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.362231  normal  0.28719 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4552  LysR family transcriptional regulator  28.84 
 
 		 307 aa  95.9  7e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2072  transcriptional regulator, LysR family  29.49 
 
 		 305 aa  95.9  7e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0751025 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5630  LysR family transcriptional regulator  28.75 
 
 		 302 aa  95.9  8e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0341867 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>