More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1674 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_1674  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 312 aa  617  1e-176  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.247325  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3122  LysR family transcriptional regulator  64.24 
 
 		 315 aa  358  8e-98  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1720  LysR family transcriptional regulator  53.4 
 
 		 304 aa  307  2.0000000000000002e-82  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.501523 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1158  LysR family transcriptional regulator  47.4 
 
 		 301 aa  255  8e-67  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1646  LysR family transcriptional regulator  43.52 
 
 		 317 aa  239  5.999999999999999e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1568  LysR family transcriptional regulator  43.85 
 
 		 317 aa  236  3e-61  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.841213  normal  0.890695 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1111  LysR family transcriptional regulator  43.52 
 
 		 317 aa  233  3e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1591  LysR family transcriptional regulator  43.52 
 
 		 324 aa  233  3e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0175342  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4729  LysR family transcriptional regulator  42.52 
 
 		 317 aa  232  6e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.417319  normal  0.651457 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1487  LysR family transcriptional regulator  42.52 
 
 		 317 aa  231  1e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.235813  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1507  LysR family transcriptional regulator  41.95 
 
 		 317 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1765  transcriptional regulator, LysR family  42.19 
 
 		 320 aa  225  6e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.348978  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0711  transcriptional regulator, LysR family  40.96 
 
 		 304 aa  214  1.9999999999999998e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3921  transcriptional regulator, LysR family  40.14 
 
 		 305 aa  214  1.9999999999999998e-54  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4035  transcriptional regulator, LysR family  40.14 
 
 		 305 aa  214  1.9999999999999998e-54  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.176512  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1656  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  41.84 
 
 		 321 aa  212  4.9999999999999996e-54  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.227102  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5122  transcriptional regulator, LysR family  40.14 
 
 		 298 aa  211  1e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1817  LysR family transcriptional regulator  39.86 
 
 		 310 aa  210  3e-53  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.330978  hitchhiker  0.00360584 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3825  LysR family transcriptional regulator  37.24 
 
 		 306 aa  210  3e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.363475 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2268  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.54 
 
 		 302 aa  206  4e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.170931  normal  0.112201 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2577  transcriptional regulator, LysR family  37.2 
 
 		 297 aa  206  5e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.216536  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4735  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 305 aa  206  6e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.52327  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1340  LysR family transcriptional regulator  38.94 
 
 		 317 aa  204  1e-51  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.875316  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2928  transcriptional regulator, LysR family  35.81 
 
 		 309 aa  204  2e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1264  LysR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 317 aa  204  2e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0178  LysR family transcriptional regulator  41.4 
 
 		 303 aa  202  8e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.758946 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4144  LysR family transcriptional regulator  39.93 
 
 		 307 aa  201  9.999999999999999e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2518  LysR family regulatory protein  38.96 
 
 		 311 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0778  LysR family transcriptional regulator  41.05 
 
 		 306 aa  197  2.0000000000000003e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3118  transcriptional regulator, LysR family  38.83 
 
 		 313 aa  194  2e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.752623  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2826  LysR family transcriptional regulator  40.7 
 
 		 302 aa  191  1e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.123766 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3236  transcriptional regulator, LysR family  38.81 
 
 		 307 aa  190  2.9999999999999997e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3652  transcriptional regulator, LysR family  36.95 
 
 		 301 aa  187  2e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0887356  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4382  LysR family transcriptional regulator  36.3 
 
 		 300 aa  185  1.0000000000000001e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3501  transcriptional regulator, LysR family  36.71 
 
 		 310 aa  184  2.0000000000000003e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.7374  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2528  transcriptional regulator, LysR family  36.9 
 
 		 310 aa  182  6e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2216  transcriptional regulator, LysR family  36.55 
 
 		 311 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4153  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 299 aa  179  7e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3624  transcriptional regulator, LysR family  35.86 
 
 		 310 aa  175  9.999999999999999e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2975  LysR family transcriptional regulator  35.96 
 
 		 297 aa  172  5e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.819316  normal  0.0269268 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2041  transcriptional regulator, LysR family  38.21 
 
 		 301 aa  152  5.9999999999999996e-36  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.416222 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1722  LysR substrate-binding  37.8 
 
 		 301 aa  151  2e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0793479  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1092  transcriptional regulator, LysR family  37.8 
 
 		 301 aa  148  1.0000000000000001e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0509948  normal  0.0429857 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3548  transcriptional regulator LysR family  34.15 
 
 		 318 aa  145  1e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.280114  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4662  transcriptional regulator, LysR family  32.04 
 
 		 329 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1679  transcriptional regulator, LysR family  32.09 
 
 		 316 aa  138  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.409194  normal  0.896834 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1272  LysR family transcriptional regulator  34.08 
 
 		 295 aa  134  9.999999999999999e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1930  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 297 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0417087 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5409  LysR family protein  31.34 
 
 		 300 aa  128  1.0000000000000001e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.152867  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3756  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 301 aa  127  2.0000000000000002e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.231956  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2416  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  26.37 
 
 		 297 aa  125  8.000000000000001e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.0000387203  decreased coverage  0.000000509864 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3073  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 304 aa  124  2e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3501  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 304 aa  124  2e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.829127  normal  0.0458146 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4509  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 298 aa  124  2e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.391554 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0548  LysR family transcriptional regulator  35.55 
 
 		 316 aa  123  3e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1259  transcriptional regulator, LysR family  33.77 
 
 		 300 aa  122  6e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1269  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 298 aa  122  7e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.151838 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1243  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 298 aa  122  7e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5497  transcriptional regulator, LysR family  31.16 
 
 		 316 aa  122  7e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.315237  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 305 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0884  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 298 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1366  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 298 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3176  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 304 aa  119  6e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.594001  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1344  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 298 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.749958  normal  0.0693843 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0140  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 300 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.273009  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1472  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 300 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.166956  normal  0.322339 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0659  LysR family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 314 aa  117  1.9999999999999998e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15210  LysR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 311 aa  117  3e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.017601  hitchhiker  0.00000000286911 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1338  putative transcriptional regulator  32.28 
 
 		 311 aa  117  3e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4570  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 298 aa  115  6e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5121  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.47 
 
 		 306 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0761  transcriptional regulator, LysR family  28.72 
 
 		 316 aa  114  1.0000000000000001e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.211674  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0907  transcriptional regulator, LysR family  28.72 
 
 		 302 aa  115  1.0000000000000001e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1590  LysR family transcriptional regulator  30.15 
 
 		 302 aa  114  2.0000000000000002e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0395  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 315 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.662274 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1185  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 310 aa  113  4.0000000000000004e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000000537468  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1466  LysR family transcriptional regulator  27.36 
 
 		 314 aa  113  5e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  29.04 
 
 		 297 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5647  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 302 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.287338 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3711  LysR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 302 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.282395  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4657  LysR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 302 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.501857  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0223  transcriptional regulator, LysR family  34.78 
 
 		 308 aa  111  2.0000000000000002e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0239924 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 297 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  29.1 
 
 		 297 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5630  LysR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 302 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0341867 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1704  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 307 aa  109  5e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.407381  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2256  LysR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 333 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.585656  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5847  LysR family transcriptional regulator  30.09 
 
 		 302 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.632072  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3164  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 297 aa  108  8.000000000000001e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4552  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 307 aa  108  8.000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1348  transcriptional regulator CysB-like protein  31.65 
 
 		 327 aa  108  1e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4825  LysR family transcriptional regulator  37.43 
 
 		 303 aa  108  1e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.861271  normal  0.185461 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0532  transcriptional regulator, LysR family  26.87 
 
 		 305 aa  108  1e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1293  LysR family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 320 aa  107  2e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00171024  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0513  LysR family transcriptional regulator  36.28 
 
 		 302 aa  108  2e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.810346  normal  0.24806 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2980  LysR family transcriptional regulator  37.57 
 
 		 304 aa  107  3e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.562875  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1328  LysR family transcriptional regulator  37.57 
 
 		 304 aa  107  3e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3105  LysR family transcriptional regulator  37.57 
 
 		 304 aa  107  3e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1287  transcriptional regulator CysB-like protein  32.84 
 
 		 319 aa  106  4e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.767639  normal  0.313196 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1224  transcriptional regulator CysB-like protein  32.84 
 
 		 319 aa  106  4e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.178615  normal  0.191747 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>