More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcen2424_1591 on replicon NC_008542
Organism: Burkholderia cenocepacia HI2424



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008542  Bcen2424_1591  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
324 aa  641    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0175342  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1111  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
317 aa  627  1e-178  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1568  LysR family transcriptional regulator  99.05 
 
 
317 aa  622  1e-177  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.841213  normal  0.890695 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4729  LysR family transcriptional regulator  95.27 
 
 
317 aa  600  1e-170  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.417319  normal  0.651457 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1646  LysR family transcriptional regulator  92.38 
 
 
317 aa  578  1e-164  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1487  LysR family transcriptional regulator  90.16 
 
 
317 aa  568  1e-161  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.235813  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1507  LysR family transcriptional regulator  91.28 
 
 
317 aa  547  1e-155  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1765  transcriptional regulator, LysR family  74.13 
 
 
320 aa  477  1e-133  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.348978  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1158  LysR family transcriptional regulator  55.14 
 
 
301 aa  303  2.0000000000000002e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2268  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  50 
 
 
302 aa  291  1e-77  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.170931  normal  0.112201 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5122  transcriptional regulator, LysR family  48.66 
 
 
298 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2577  transcriptional regulator, LysR family  47.62 
 
 
297 aa  283  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.216536  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3825  LysR family transcriptional regulator  46.44 
 
 
306 aa  275  6e-73  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.363475 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1817  LysR family transcriptional regulator  47.93 
 
 
310 aa  259  3e-68  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.330978  hitchhiker  0.00360584 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1720  LysR family transcriptional regulator  43.73 
 
 
304 aa  254  2.0000000000000002e-66  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.501523 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1340  LysR family transcriptional regulator  43.29 
 
 
317 aa  250  2e-65  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.875316  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1264  LysR family transcriptional regulator  43.29 
 
 
317 aa  248  9e-65  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4153  LysR family transcriptional regulator  42.47 
 
 
299 aa  248  1e-64  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4144  LysR family transcriptional regulator  44.93 
 
 
307 aa  244  9.999999999999999e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2518  LysR family regulatory protein  43.24 
 
 
311 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2928  transcriptional regulator, LysR family  41.69 
 
 
309 aa  243  5e-63  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3118  transcriptional regulator, LysR family  43.55 
 
 
313 aa  241  1e-62  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.752623  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3921  transcriptional regulator, LysR family  43.81 
 
 
305 aa  241  2e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4035  transcriptional regulator, LysR family  43.81 
 
 
305 aa  241  2e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.176512  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4735  LysR family transcriptional regulator  42.28 
 
 
305 aa  241  2e-62  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.52327  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4382  LysR family transcriptional regulator  44.85 
 
 
300 aa  238  1e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0178  LysR family transcriptional regulator  44.37 
 
 
303 aa  236  3e-61  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.758946 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1674  transcriptional regulator, LysR family  43.52 
 
 
312 aa  233  3e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.247325  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0711  transcriptional regulator, LysR family  41.06 
 
 
304 aa  232  8.000000000000001e-60  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1656  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  42.91 
 
 
321 aa  229  4e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.227102  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2528  transcriptional regulator, LysR family  43.49 
 
 
310 aa  227  2e-58  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3652  transcriptional regulator, LysR family  45.52 
 
 
301 aa  226  4e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0887356  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2826  LysR family transcriptional regulator  43.45 
 
 
302 aa  225  9e-58  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.123766 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3122  LysR family transcriptional regulator  41.72 
 
 
315 aa  224  2e-57  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2216  transcriptional regulator, LysR family  42.47 
 
 
311 aa  222  7e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3624  transcriptional regulator, LysR family  40.88 
 
 
310 aa  220  3e-56  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3236  transcriptional regulator, LysR family  37.95 
 
 
307 aa  216  2.9999999999999998e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2975  LysR family transcriptional regulator  44.03 
 
 
297 aa  216  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.819316  normal  0.0269268 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3501  transcriptional regulator, LysR family  39.19 
 
 
310 aa  211  9e-54  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.7374  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0778  LysR family transcriptional regulator  44.67 
 
 
306 aa  211  1e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2072  transcriptional regulator, LysR family  35.61 
 
 
305 aa  140  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0751025 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1679  transcriptional regulator, LysR family  30.14 
 
 
316 aa  132  9e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.409194  normal  0.896834 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1879  transcriptional regulator, LysR family  33.91 
 
 
283 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0397318  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3548  transcriptional regulator LysR family  32.55 
 
 
318 aa  132  1.0000000000000001e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.280114  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2416  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  26.64 
 
 
297 aa  131  2.0000000000000002e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.0000387203  decreased coverage  0.000000509864 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4825  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 
303 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.861271  normal  0.185461 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0140  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 
300 aa  130  3e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.273009  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1239  transcriptional regulator, LysR family  35.98 
 
 
307 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.138802  normal  0.188644 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4662  transcriptional regulator, LysR family  30.48 
 
 
329 aa  129  6e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5121  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.03 
 
 
306 aa  129  8.000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3501  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 
304 aa  129  8.000000000000001e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.829127  normal  0.0458146 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3526  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.34 
 
 
301 aa  129  9.000000000000001e-29  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.33739  normal  0.82105 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1590  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 
302 aa  129  1.0000000000000001e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1185  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 
310 aa  128  1.0000000000000001e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000000537468  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1338  putative transcriptional regulator  30.48 
 
 
311 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5497  transcriptional regulator, LysR family  29.8 
 
 
316 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.315237  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15210  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 
311 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.017601  hitchhiker  0.00000000286911 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1293  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 
320 aa  126  4.0000000000000003e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00171024  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3187  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 
307 aa  124  1e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0761  transcriptional regulator, LysR family  28.76 
 
 
316 aa  125  1e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.211674  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1930  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 
297 aa  124  2e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0417087 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0513  LysR family transcriptional regulator  31.62 
 
 
302 aa  124  2e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.810346  normal  0.24806 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0907  transcriptional regulator, LysR family  28.81 
 
 
302 aa  124  3e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1092  transcriptional regulator, LysR family  31.68 
 
 
301 aa  124  3e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0509948  normal  0.0429857 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1243  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 
298 aa  122  6e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2041  transcriptional regulator, LysR family  31.3 
 
 
301 aa  122  7e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.416222 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4509  LysR family transcriptional regulator  32.75 
 
 
298 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.391554 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1269  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 
298 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.151838 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0884  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 
298 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1366  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 
298 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1722  LysR substrate-binding  30.92 
 
 
301 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0793479  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4492  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 
306 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.957194 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1272  LysR family transcriptional regulator  31.93 
 
 
295 aa  120  3e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4202  transcriptional regulator, LysR family  34.9 
 
 
302 aa  120  3e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3176  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 
304 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.594001  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3756  LysR family transcriptional regulator  27.91 
 
 
301 aa  117  1.9999999999999998e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.231956  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1344  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 
298 aa  116  5e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.749958  normal  0.0693843 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0963  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 
334 aa  116  6.9999999999999995e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1472  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 
300 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.166956  normal  0.322339 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0319  putative transcriptional regulator  32.19 
 
 
313 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.404994  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3380  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 
323 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.846396 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5409  LysR family protein  32.95 
 
 
300 aa  114  3e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.152867  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2980  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 
304 aa  113  5e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.562875  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3105  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 
304 aa  113  5e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1328  LysR family transcriptional regulator  33.8 
 
 
304 aa  113  5e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4570  LysR family transcriptional regulator  33.76 
 
 
298 aa  113  5e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02614  transcriptional regulator LysR family  34.97 
 
 
296 aa  113  6e-24  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4089  transcriptional regulator, LysR family  31.27 
 
 
297 aa  112  6e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 
305 aa  112  1.0000000000000001e-23  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1259  transcriptional regulator, LysR family  29.33 
 
 
300 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4299  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.8 
 
 
302 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.941417  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5280  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 
318 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2452  LysR family transcriptional regulator  27.05 
 
 
304 aa  111  2.0000000000000002e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.60115  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02870  putative transcriptional regulator  31.16 
 
 
313 aa  110  3e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00238694 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0548  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 
316 aa  109  6e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0395  LysR family transcriptional regulator  35.68 
 
 
315 aa  108  1e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.662274 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4630  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 
302 aa  108  1e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6370  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 
309 aa  107  2e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5425  Transcriptional regulator  30.07 
 
 
316 aa  107  2e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1615  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 
299 aa  108  2e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.979938  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>