More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_2577 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_2577  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 297 aa  604  9.999999999999999e-173  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.216536  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2268  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  95.96 
 
 		 302 aa  587  1e-166  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.170931  normal  0.112201 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3825  LysR family transcriptional regulator  53.4 
 
 		 306 aa  333  1e-90  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.363475 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1765  transcriptional regulator, LysR family  48.14 
 
 		 320 aa  288  9e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.348978  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1568  LysR family transcriptional regulator  47.96 
 
 		 317 aa  287  1e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.841213  normal  0.890695 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1646  LysR family transcriptional regulator  48.3 
 
 		 317 aa  285  7e-76  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1507  LysR family transcriptional regulator  48.29 
 
 		 317 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1111  LysR family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 317 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1591  LysR family transcriptional regulator  47.62 
 
 		 324 aa  283  2.0000000000000002e-75  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0175342  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4144  LysR family transcriptional regulator  48.48 
 
 		 307 aa  282  5.000000000000001e-75  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1487  LysR family transcriptional regulator  47.95 
 
 		 317 aa  282  5.000000000000001e-75  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.235813  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4729  LysR family transcriptional regulator  47.28 
 
 		 317 aa  281  8.000000000000001e-75  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.417319  normal  0.651457 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4035  transcriptional regulator, LysR family  47.97 
 
 		 305 aa  280  2e-74  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.176512  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3921  transcriptional regulator, LysR family  47.97 
 
 		 305 aa  280  2e-74  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1158  LysR family transcriptional regulator  48.97 
 
 		 301 aa  276  2e-73  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1817  LysR family transcriptional regulator  48.81 
 
 		 310 aa  275  9e-73  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.330978  hitchhiker  0.00360584 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4735  LysR family transcriptional regulator  46.28 
 
 		 305 aa  271  7e-72  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.52327  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0711  transcriptional regulator, LysR family  43.73 
 
 		 304 aa  267  2e-70  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5122  transcriptional regulator, LysR family  47.96 
 
 		 298 aa  264  1e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4382  LysR family transcriptional regulator  48.3 
 
 		 300 aa  264  1e-69  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0178  LysR family transcriptional regulator  46.28 
 
 		 303 aa  258  1e-67  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.758946 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2826  LysR family transcriptional regulator  47.96 
 
 		 302 aa  254  1.0000000000000001e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.123766 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3652  transcriptional regulator, LysR family  45.92 
 
 		 301 aa  252  4.0000000000000004e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0887356  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1656  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  43.05 
 
 		 321 aa  249  3e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.227102  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2975  LysR family transcriptional regulator  43.88 
 
 		 297 aa  247  2e-64  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.819316  normal  0.0269268 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3236  transcriptional regulator, LysR family  43.99 
 
 		 307 aa  246  4e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0778  LysR family transcriptional regulator  45.17 
 
 		 306 aa  229  6e-59  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4153  LysR family transcriptional regulator  38.98 
 
 		 299 aa  215  7e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1340  LysR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 317 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.875316  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1264  LysR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 317 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1720  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 304 aa  212  7e-54  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.501523 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2928  transcriptional regulator, LysR family  36.36 
 
 		 309 aa  209  3e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2518  LysR family regulatory protein  38.1 
 
 		 311 aa  209  5e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1674  transcriptional regulator, LysR family  37.2 
 
 		 312 aa  206  5e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.247325  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3118  transcriptional regulator, LysR family  37.71 
 
 		 313 aa  204  1e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.752623  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2216  transcriptional regulator, LysR family  36.95 
 
 		 311 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3122  LysR family transcriptional regulator  38.83 
 
 		 315 aa  197  2.0000000000000003e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3501  transcriptional regulator, LysR family  36.27 
 
 		 310 aa  196  3e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.7374  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2528  transcriptional regulator, LysR family  36.27 
 
 		 310 aa  189  4e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3624  transcriptional regulator, LysR family  34.34 
 
 		 310 aa  184  1.0000000000000001e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2416  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  32.99 
 
 		 297 aa  158  1e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.0000387203  decreased coverage  0.000000509864 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4492  transcriptional regulator, LysR family  32.41 
 
 		 306 aa  143  3e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.957194 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3526  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.17 
 
 		 301 aa  136  4e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.33739  normal  0.82105 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5280  LysR family transcriptional regulator  31.77 
 
 		 318 aa  136  4e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4570  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 298 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4202  transcriptional regulator, LysR family  31.38 
 
 		 302 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5289  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 302 aa  132  9e-30  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.127771  normal  0.048203 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5409  LysR family protein  33.1 
 
 		 300 aa  132  1.0000000000000001e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.152867  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02870  putative transcriptional regulator  34.01 
 
 		 313 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00238694 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0140  LysR family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 300 aa  130  3e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.273009  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3501  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 304 aa  129  5.0000000000000004e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.829127  normal  0.0458146 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2041  transcriptional regulator, LysR family  32.59 
 
 		 301 aa  129  6e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.416222 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3176  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 304 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.594001  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4986  LysR family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 304 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.910518 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1092  transcriptional regulator, LysR family  32.22 
 
 		 301 aa  129  8.000000000000001e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0509948  normal  0.0429857 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6370  LysR family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 309 aa  127  2.0000000000000002e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1338  putative transcriptional regulator  29.43 
 
 		 311 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4825  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 303 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.861271  normal  0.185461 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15210  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 311 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.017601  hitchhiker  0.00000000286911 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1722  LysR substrate-binding  32.39 
 
 		 301 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0793479  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1879  transcriptional regulator, LysR family  33.75 
 
 		 283 aa  127  3e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0397318  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3711  LysR family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 302 aa  126  5e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.282395  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4657  LysR family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 302 aa  126  5e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.501857  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5640  transcriptional regulator LysR family  30.33 
 
 		 300 aa  125  6e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.203557  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5630  LysR family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 302 aa  125  6e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0341867 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5847  LysR family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 302 aa  125  7e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.632072  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5121  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.72 
 
 		 306 aa  125  8.000000000000001e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0319  putative transcriptional regulator  32.99 
 
 		 313 aa  125  1e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.404994  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2256  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 333 aa  125  1e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.585656  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5647  LysR family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 302 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.287338 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3756  LysR family transcriptional regulator  25.65 
 
 		 301 aa  124  2e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.231956  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3187  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 307 aa  124  2e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5497  transcriptional regulator, LysR family  27.56 
 
 		 316 aa  123  4e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.315237  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3069  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 318 aa  123  4e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.227283  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1259  transcriptional regulator, LysR family  30.31 
 
 		 300 aa  123  4e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6698  LysR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 310 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.526973  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1472  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 300 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.166956  normal  0.322339 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2943  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 326 aa  120  3e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1297  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 318 aa  120  3e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2072  transcriptional regulator, LysR family  30.86 
 
 		 305 aa  120  3e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0751025 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6176  transcriptional regulator, LysR family  29.7 
 
 		 320 aa  120  3e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5126  LysR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 319 aa  120  3.9999999999999996e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.255501  normal  0.155944 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4662  transcriptional regulator, LysR family  30.27 
 
 		 329 aa  119  4.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  30.95 
 
 		 301 aa  119  7.999999999999999e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1679  transcriptional regulator, LysR family  29.15 
 
 		 316 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.409194  normal  0.896834 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3380  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 323 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.846396 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1272  LysR family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 295 aa  117  3e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0884  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 298 aa  117  3e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1366  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 298 aa  117  3e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3263  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 307 aa  116  5e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.266954  normal  0.470905 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3790  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 307 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.98544 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1344  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 298 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.749958  normal  0.0693843 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4509  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 298 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.391554 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1185  LysR family transcriptional regulator  35.61 
 
 		 310 aa  114  3e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000000537468  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0395  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 315 aa  113  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.662274 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0761  transcriptional regulator, LysR family  28.03 
 
 		 316 aa  112  5e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.211674  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0907  transcriptional regulator, LysR family  28.03 
 
 		 302 aa  112  6e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1225  LysR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 306 aa  112  7.000000000000001e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1239  transcriptional regulator, LysR family  30.86 
 
 		 307 aa  112  9e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.138802  normal  0.188644 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1293  LysR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 320 aa  110  2.0000000000000002e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00171024  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>