More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_3790 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010552  BamMC406_3790  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 307 aa  620  1e-177  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.98544 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3263  LysR family transcriptional regulator  99.35 
 
 		 307 aa  616  1e-175  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.266954  normal  0.470905 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5121  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  81.05 
 
 		 306 aa  503  1e-141  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6698  LysR family transcriptional regulator  74.92 
 
 		 310 aa  464  1e-129  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.526973  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6176  transcriptional regulator, LysR family  69.97 
 
 		 320 aa  440  9.999999999999999e-123  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2256  LysR family transcriptional regulator  67.43 
 
 		 333 aa  430  1e-119  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.585656  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3069  LysR family transcriptional regulator  67.99 
 
 		 318 aa  425  1e-118  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.227283  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2943  LysR family transcriptional regulator  67.66 
 
 		 326 aa  423  1e-117  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1297  LysR family transcriptional regulator  67.66 
 
 		 318 aa  423  1e-117  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3380  LysR family transcriptional regulator  61.06 
 
 		 323 aa  378  1e-104  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.846396 
 
 
-
 
NC_003296  RS02127  transcriptional regulator transcription regulator protein  36.95 
 
 		 324 aa  214  9.999999999999999e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2287  nitrogen assimilation regulatory protein Nac, putative  39.2 
 
 		 310 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2980  LysR family transcriptional regulator  38.87 
 
 		 304 aa  210  3e-53  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.562875  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3105  LysR family transcriptional regulator  38.87 
 
 		 304 aa  210  3e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1328  LysR family transcriptional regulator  38.87 
 
 		 304 aa  210  3e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4986  LysR family transcriptional regulator  35.12 
 
 		 304 aa  206  4e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.910518 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5126  LysR family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 319 aa  202  6e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.255501  normal  0.155944 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5497  transcriptional regulator, LysR family  36.12 
 
 		 316 aa  199  3.9999999999999996e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.315237  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6370  LysR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 309 aa  191  1e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5280  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 318 aa  191  1e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3526  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.09 
 
 		 301 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.33739  normal  0.82105 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4657  LysR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 302 aa  186  6e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.501857  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3711  LysR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 302 aa  186  6e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.282395  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5647  LysR family transcriptional regulator  34.21 
 
 		 302 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.287338 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5630  LysR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 302 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0341867 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5847  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 302 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.632072  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15210  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 311 aa  169  7e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.017601  hitchhiker  0.00000000286911 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1338  putative transcriptional regulator  32.67 
 
 		 311 aa  169  8e-41  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1879  transcriptional regulator, LysR family  35.66 
 
 		 283 aa  156  4e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0397318  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0659  LysR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 314 aa  156  4e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1704  LysR family transcriptional regulator  32.69 
 
 		 307 aa  152  8.999999999999999e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.407381  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4825  LysR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 303 aa  149  6e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.861271  normal  0.185461 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4299  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.95 
 
 		 302 aa  147  3e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.941417  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1472  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 300 aa  127  3e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.166956  normal  0.322339 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3548  transcriptional regulator LysR family  29.73 
 
 		 318 aa  121  9.999999999999999e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.280114  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1259  transcriptional regulator, LysR family  32.35 
 
 		 300 aa  122  9.999999999999999e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4662  transcriptional regulator, LysR family  29.73 
 
 		 329 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0178  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 303 aa  119  4.9999999999999996e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.758946 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0140  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 300 aa  119  6e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.273009  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2268  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.55 
 
 		 302 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.170931  normal  0.112201 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2416  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  26.53 
 
 		 297 aa  117  1.9999999999999998e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.0000387203  decreased coverage  0.000000509864 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4735  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 305 aa  117  3e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.52327  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4570  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 298 aa  116  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2577  transcriptional regulator, LysR family  29.55 
 
 		 297 aa  115  8.999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.216536  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5567  LysR family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 304 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.397683  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3825  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 306 aa  114  3e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.363475 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1487  LysR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 317 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.235813  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2452  LysR family transcriptional regulator  25.41 
 
 		 304 aa  113  5e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.60115  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0395  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 315 aa  112  6e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.662274 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1765  transcriptional regulator, LysR family  26.12 
 
 		 320 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.348978  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4492  transcriptional regulator, LysR family  32.76 
 
 		 306 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.957194 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0513  LysR family transcriptional regulator  27.48 
 
 		 302 aa  112  1.0000000000000001e-23  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.810346  normal  0.24806 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1679  transcriptional regulator, LysR family  27.7 
 
 		 316 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.409194  normal  0.896834 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2041  transcriptional regulator, LysR family  29.89 
 
 		 301 aa  110  3e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.416222 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1092  transcriptional regulator, LysR family  30.19 
 
 		 301 aa  108  8.000000000000001e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0509948  normal  0.0429857 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1507  LysR family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 317 aa  108  1e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5409  LysR family protein  29.89 
 
 		 300 aa  108  1e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.152867  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4729  LysR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 317 aa  107  2e-22  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.417319  normal  0.651457 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4202  transcriptional regulator, LysR family  31.27 
 
 		 302 aa  107  3e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3425  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.47 
 
 		 311 aa  107  3e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3462  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.47 
 
 		 311 aa  107  3e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.356635  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1158  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 301 aa  107  3e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3236  transcriptional regulator, LysR family  26.51 
 
 		 307 aa  106  4e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1646  LysR family transcriptional regulator  27.39 
 
 		 317 aa  106  4e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1568  LysR family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 317 aa  106  5e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.841213  normal  0.890695 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3652  transcriptional regulator, LysR family  30.33 
 
 		 301 aa  106  5e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0887356  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2464  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.47 
 
 		 311 aa  105  6e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3323  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.47 
 
 		 311 aa  105  6e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0383  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.47 
 
 		 311 aa  105  6e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1243  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.47 
 
 		 311 aa  105  6e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1817  LysR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 310 aa  105  9e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.330978  hitchhiker  0.00360584 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1722  LysR substrate-binding  29.18 
 
 		 301 aa  105  1e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0793479  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1720  LysR family transcriptional regulator  29.33 
 
 		 304 aa  105  1e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.501523 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3462  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.82 
 
 		 311 aa  104  2e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4382  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 300 aa  104  2e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1111  LysR family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 317 aa  103  3e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1591  LysR family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 324 aa  103  3e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0175342  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3921  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 305 aa  103  4e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3176  LysR family transcriptional regulator  27.85 
 
 		 304 aa  103  4e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.594001  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4035  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 305 aa  103  4e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.176512  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3187  LysR family transcriptional regulator  26.25 
 
 		 307 aa  101  1e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1264  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 317 aa  101  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1656  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  25.84 
 
 		 321 aa  101  2e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.227102  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3368  DNA-binding transcriptional regulator CynR  26.47 
 
 		 292 aa  100  2e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.578087  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1340  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 317 aa  101  2e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.875316  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5640  transcriptional regulator LysR family  30.17 
 
 		 300 aa  100  3e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.203557  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5122  transcriptional regulator, LysR family  27.7 
 
 		 298 aa  100  4e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2975  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 297 aa  99.8  5e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.819316  normal  0.0269268 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1293  LysR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 320 aa  99.4  6e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00171024  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4153  LysR family transcriptional regulator  24.66 
 
 		 299 aa  99  1e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0761  transcriptional regulator, LysR family  30.21 
 
 		 316 aa  97.8  2e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.211674  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2518  LysR family regulatory protein  28.33 
 
 		 311 aa  97.8  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0319  putative transcriptional regulator  29.87 
 
 		 313 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.404994  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1535  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.61 
 
 		 300 aa  97.8  2e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.195582  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3756  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 301 aa  98.2  2e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.231956  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0907  transcriptional regulator, LysR family  30.21 
 
 		 302 aa  97.8  2e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0963  LysR family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 334 aa  97.1  3e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02870  putative transcriptional regulator  30.03 
 
 		 313 aa  96.7  5e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00238694 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  28.63 
 
 		 293 aa  95.9  7e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3234  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.52 
 
 		 295 aa  95.9  7e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.842433  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>