More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS02127 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS02127  transcriptional regulator transcription regulator protein  100 
 
 		 324 aa  665    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3069  LysR family transcriptional regulator  41.25 
 
 		 318 aa  246  4e-64  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.227283  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2256  LysR family transcriptional regulator  40.26 
 
 		 333 aa  245  6e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.585656  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1297  LysR family transcriptional regulator  41.25 
 
 		 318 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2943  LysR family transcriptional regulator  41.25 
 
 		 326 aa  245  9.999999999999999e-64  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6176  transcriptional regulator, LysR family  39.09 
 
 		 320 aa  240  2e-62  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6698  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 310 aa  236  4e-61  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.526973  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3380  LysR family transcriptional regulator  39.46 
 
 		 323 aa  233  5e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.846396 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5121  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.49 
 
 		 306 aa  231  1e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3263  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 307 aa  215  5.9999999999999996e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.266954  normal  0.470905 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3790  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 307 aa  214  1.9999999999999998e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.98544 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2980  LysR family transcriptional regulator  37.17 
 
 		 304 aa  208  1e-52  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.562875  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1328  LysR family transcriptional regulator  37.17 
 
 		 304 aa  208  1e-52  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3105  LysR family transcriptional regulator  37.17 
 
 		 304 aa  208  1e-52  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2287  nitrogen assimilation regulatory protein Nac, putative  37.17 
 
 		 310 aa  203  4e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5497  transcriptional regulator, LysR family  33.1 
 
 		 316 aa  158  1e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.315237  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5126  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 319 aa  150  3e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.255501  normal  0.155944 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5630  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 302 aa  150  4e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0341867 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5847  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 302 aa  149  5e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.632072  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5647  LysR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 302 aa  149  7e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.287338 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4657  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 302 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.501857  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3711  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 302 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.282395  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4986  LysR family transcriptional regulator  26.42 
 
 		 304 aa  147  3e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.910518 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5280  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 318 aa  144  2e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4825  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 303 aa  142  6e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.861271  normal  0.185461 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6370  LysR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 309 aa  142  9.999999999999999e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1704  LysR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 307 aa  135  9.999999999999999e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.407381  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3526  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.3 
 
 		 301 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.33739  normal  0.82105 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15210  LysR family transcriptional regulator  25.33 
 
 		 311 aa  125  1e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.017601  hitchhiker  0.00000000286911 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1338  putative transcriptional regulator  25.33 
 
 		 311 aa  125  1e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0659  LysR family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 314 aa  123  5e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4299  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.49 
 
 		 302 aa  117  3e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.941417  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2452  LysR family transcriptional regulator  25.82 
 
 		 304 aa  115  1.0000000000000001e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.60115  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1879  transcriptional regulator, LysR family  30.43 
 
 		 283 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0397318  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0513  LysR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 302 aa  108  1e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.810346  normal  0.24806 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4382  LysR family transcriptional regulator  25.78 
 
 		 300 aa  107  3e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3825  LysR family transcriptional regulator  25.71 
 
 		 306 aa  107  4e-22  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.363475 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3652  transcriptional regulator, LysR family  25.94 
 
 		 301 aa  106  5e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0887356  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1656  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  26.48 
 
 		 321 aa  103  4e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.227102  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0711  transcriptional regulator, LysR family  26.03 
 
 		 304 aa  100  2e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2523  LysR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 298 aa  100  5e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0665746  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2975  LysR family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 297 aa  99.8  5e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.819316  normal  0.0269268 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3236  transcriptional regulator, LysR family  24.48 
 
 		 307 aa  99.8  5e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  27.05 
 
 		 293 aa  99.8  6e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6622  LysR family transcriptional regulator  26.27 
 
 		 318 aa  99  9e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.536281  normal  0.255489 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1765  transcriptional regulator, LysR family  24.4 
 
 		 320 aa  99  1e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.348978  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5409  LysR family protein  25.88 
 
 		 300 aa  98.2  2e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.152867  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0178  LysR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 303 aa  98.2  2e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.758946 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1472  LysR family transcriptional regulator  24.49 
 
 		 300 aa  98.2  2e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.166956  normal  0.322339 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1340  LysR family transcriptional regulator  23.34 
 
 		 317 aa  97.4  3e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.875316  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1817  LysR family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 310 aa  97.4  3e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.330978  hitchhiker  0.00360584 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1591  LysR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 324 aa  96.7  5e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0175342  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1111  LysR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 317 aa  96.3  6e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3921  transcriptional regulator, LysR family  22.97 
 
 		 305 aa  96.3  7e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4035  transcriptional regulator, LysR family  22.97 
 
 		 305 aa  96.3  7e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.176512  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6694  LysR family transcriptional regulator  25.88 
 
 		 321 aa  95.9  7e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.32621 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2416  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  23.3 
 
 		 297 aa  95.9  8e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.0000387203  decreased coverage  0.000000509864 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1507  LysR family transcriptional regulator  26.81 
 
 		 317 aa  95.9  8e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1264  LysR family transcriptional regulator  23.34 
 
 		 317 aa  95.9  9e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1568  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 317 aa  95.9  9e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.841213  normal  0.890695 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2518  LysR family regulatory protein  23.91 
 
 		 311 aa  95.5  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6218  LysR family transcriptional regulator  25.49 
 
 		 321 aa  95.1  1e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00215178 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5851  LysR family transcriptional regulator  25.49 
 
 		 321 aa  95.1  1e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.121988  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1487  LysR family transcriptional regulator  26.81 
 
 		 317 aa  95.5  1e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.235813  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3187  LysR family transcriptional regulator  25.69 
 
 		 307 aa  94.7  2e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4729  LysR family transcriptional regulator  26.81 
 
 		 317 aa  94  3e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.417319  normal  0.651457 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1293  LysR family transcriptional regulator  23.21 
 
 		 320 aa  93.6  4e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00171024  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0778  LysR family transcriptional regulator  26.03 
 
 		 306 aa  93.2  5e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4629  transcriptional regulator, LysR family  25 
 
 		 332 aa  93.2  6e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.31234 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3548  transcriptional regulator LysR family  25.93 
 
 		 318 aa  93.2  6e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.280114  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2268  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  24.31 
 
 		 302 aa  92.8  7e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.170931  normal  0.112201 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0319  putative transcriptional regulator  26.15 
 
 		 313 aa  92.8  7e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.404994  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1084  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 297 aa  90.9  2e-17  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000126748  hitchhiker  0.00000896339 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0963  LysR family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 334 aa  90.5  3e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2159  transcriptional regulator, LysR family  25.19 
 
 		 308 aa  90.1  4e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.597139  hitchhiker  0.0000167573 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2531  transcriptional regulator, LysR family  25.19 
 
 		 308 aa  90.1  4e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.351481  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1272  LysR family transcriptional regulator  26.24 
 
 		 295 aa  90.1  4e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5122  transcriptional regulator, LysR family  23.45 
 
 		 298 aa  90.1  4e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02870  putative transcriptional regulator  25.44 
 
 		 313 aa  89.7  6e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00238694 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1185  LysR family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 310 aa  89.7  7e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000000537468  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1158  LysR family transcriptional regulator  24.39 
 
 		 301 aa  89  1e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2354  LysR family transcriptional regulator  25.73 
 
 		 303 aa  88.2  2e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.260436  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1646  LysR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 317 aa  87.8  2e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4735  LysR family transcriptional regulator  22.14 
 
 		 305 aa  87.4  3e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.52327  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2577  transcriptional regulator, LysR family  24.29 
 
 		 297 aa  86.7  5e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.216536  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0548  LysR family transcriptional regulator  24.71 
 
 		 316 aa  86.7  5e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2072  transcriptional regulator, LysR family  25.67 
 
 		 305 aa  86.3  6e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0751025 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0140  LysR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 300 aa  86.3  6e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.273009  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5931  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 307 aa  86.3  6e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.145733  normal  0.0470213 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4144  LysR family transcriptional regulator  21.99 
 
 		 307 aa  85.9  9e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3144  LysR family transcriptional regulator  26.22 
 
 		 300 aa  85.1  0.000000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.285484  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1755  transcriptional regulator, LysR family  29.51 
 
 		 305 aa  84.7  0.000000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1674  transcriptional regulator, LysR family  27.15 
 
 		 312 aa  84.7  0.000000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.247325  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2826  LysR family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 302 aa  85.1  0.000000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.123766 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0439  LysR family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 318 aa  84  0.000000000000003  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2491  transcriptional regulator, LysR family  26.22 
 
 		 300 aa  83.6  0.000000000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.499432  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5641  LysR family transcriptional regulator  24.01 
 
 		 320 aa  83.2  0.000000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.123252 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2539  LysR family transcriptional regulator  23.51 
 
 		 300 aa  83.2  0.000000000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.224397  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1679  transcriptional regulator, LysR family  24.92 
 
 		 316 aa  83.2  0.000000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.409194  normal  0.896834 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4492  transcriptional regulator, LysR family  25.25 
 
 		 306 aa  82.8  0.000000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.957194 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>