More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcen2424_6218 on replicon NC_008544
Organism: Burkholderia cenocepacia HI2424



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008544  Bcen2424_6218  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 321 aa  646    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00215178 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6694  LysR family transcriptional regulator  99.07 
 
 		 321 aa  639    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.32621 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5851  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 321 aa  646    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.121988  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6622  LysR family transcriptional regulator  94.41 
 
 		 318 aa  580  1e-164  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.536281  normal  0.255489 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4629  transcriptional regulator, LysR family  73.44 
 
 		 332 aa  486  1e-136  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.31234 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0548  LysR family transcriptional regulator  61.76 
 
 		 316 aa  374  1e-102  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3187  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 307 aa  197  3e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1722  LysR substrate-binding  38.01 
 
 		 301 aa  166  5e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0793479  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1092  transcriptional regulator, LysR family  38.01 
 
 		 301 aa  164  2.0000000000000002e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0509948  normal  0.0429857 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2041  transcriptional regulator, LysR family  37.64 
 
 		 301 aa  163  4.0000000000000004e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.416222 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3548  transcriptional regulator LysR family  32.77 
 
 		 318 aa  162  6e-39  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.280114  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1293  LysR family transcriptional regulator  35.77 
 
 		 320 aa  157  2e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00171024  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5409  LysR family protein  33.79 
 
 		 300 aa  157  2e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.152867  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4662  transcriptional regulator, LysR family  32.57 
 
 		 329 aa  156  4e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0907  transcriptional regulator, LysR family  29.59 
 
 		 302 aa  153  2.9999999999999998e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0761  transcriptional regulator, LysR family  29.59 
 
 		 316 aa  154  2.9999999999999998e-36  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.211674  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1272  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 295 aa  150  3e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1679  transcriptional regulator, LysR family  31.91 
 
 		 316 aa  149  9e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.409194  normal  0.896834 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1185  LysR family transcriptional regulator  36.98 
 
 		 310 aa  147  3e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000000537468  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02870  putative transcriptional regulator  36.54 
 
 		 313 aa  145  9e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00238694 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1590  LysR family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 302 aa  144  1e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4570  LysR family transcriptional regulator  34.73 
 
 		 298 aa  140  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0319  putative transcriptional regulator  35.66 
 
 		 313 aa  139  4.999999999999999e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.404994  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3501  LysR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 304 aa  136  5e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.829127  normal  0.0458146 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1472  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 300 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.166956  normal  0.322339 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3568  transcriptional regulator, LysR family  31.23 
 
 		 312 aa  134  3e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0178  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 303 aa  134  3e-30  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.758946 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0395  LysR family transcriptional regulator  33.05 
 
 		 315 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.662274 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1259  transcriptional regulator, LysR family  31.8 
 
 		 300 aa  130  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5497  transcriptional regulator, LysR family  30.74 
 
 		 316 aa  128  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.315237  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5126  LysR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 319 aa  128  2.0000000000000002e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.255501  normal  0.155944 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1340  LysR family transcriptional regulator  30.7 
 
 		 317 aa  123  3e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.875316  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1264  LysR family transcriptional regulator  30.7 
 
 		 317 aa  124  3e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0778  LysR family transcriptional regulator  36.07 
 
 		 306 aa  122  6e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4035  transcriptional regulator, LysR family  30.61 
 
 		 305 aa  122  9.999999999999999e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.176512  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3921  transcriptional regulator, LysR family  30.61 
 
 		 305 aa  122  9.999999999999999e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4825  LysR family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 303 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.861271  normal  0.185461 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2518  LysR family regulatory protein  30.94 
 
 		 311 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1817  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 310 aa  120  3e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.330978  hitchhiker  0.00360584 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4144  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 307 aa  119  6e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3825  LysR family transcriptional regulator  27.41 
 
 		 306 aa  118  9.999999999999999e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.363475 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4735  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 305 aa  117  1.9999999999999998e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.52327  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0634  transcriptional regulator, LysR family  30.39 
 
 		 310 aa  117  3e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2416  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  29.11 
 
 		 297 aa  117  3e-25  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.0000387203  decreased coverage  0.000000509864 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4492  transcriptional regulator, LysR family  30.31 
 
 		 306 aa  115  6.9999999999999995e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.957194 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4202  transcriptional regulator, LysR family  30.31 
 
 		 302 aa  115  7.999999999999999e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4630  LysR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 302 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2072  transcriptional regulator, LysR family  31.8 
 
 		 305 aa  114  3e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0751025 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3756  LysR family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 301 aa  112  1.0000000000000001e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.231956  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1817  transcriptional regulator, LysR family  31.03 
 
 		 303 aa  110  2.0000000000000002e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3118  transcriptional regulator, LysR family  31.37 
 
 		 313 aa  110  4.0000000000000004e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.752623  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1338  putative transcriptional regulator  29.53 
 
 		 311 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2158  transcriptional regulator, LysR family  31.13 
 
 		 301 aa  110  5e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15210  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 311 aa  110  5e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.017601  hitchhiker  0.00000000286911 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0223  transcriptional regulator, LysR family  31.37 
 
 		 308 aa  109  6e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0239924 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2975  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 297 aa  109  6e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.819316  normal  0.0269268 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1684  LysR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 299 aa  108  1e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00688867  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5504  LysR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 300 aa  107  3e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2928  transcriptional regulator, LysR family  29.09 
 
 		 309 aa  107  3e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5640  transcriptional regulator LysR family  30.92 
 
 		 300 aa  106  4e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.203557  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2640  RuBisCO operon transcriptional regulator  26.94 
 
 		 305 aa  106  6e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0963  LysR family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 334 aa  106  6e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3416  LysR family transcriptional regulator  29.19 
 
 		 320 aa  106  6e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1047  LysR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 318 aa  106  6e-22  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00687136  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6370  LysR family transcriptional regulator  26.59 
 
 		 309 aa  105  7e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3236  transcriptional regulator, LysR family  31.22 
 
 		 307 aa  105  7e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1466  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 314 aa  105  1e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5280  LysR family transcriptional regulator  26.59 
 
 		 318 aa  104  2e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4729  LysR family transcriptional regulator  29.58 
 
 		 317 aa  104  2e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.417319  normal  0.651457 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0383  transcriptional regulator, LysR family  30.34 
 
 		 297 aa  104  2e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.715241  normal  0.903063 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1293  LysR family transcriptional regulator  23.93 
 
 		 294 aa  104  2e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000772751  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2826  LysR family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 302 aa  104  2e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.123766 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6698  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 310 aa  103  3e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.526973  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4836  LysR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 328 aa  103  3e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1239  transcriptional regulator, LysR family  31.8 
 
 		 307 aa  103  3e-21  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.138802  normal  0.188644 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0456  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 294 aa  103  4e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01942  probable transcriptional regulator  28.94 
 
 		 287 aa  103  4e-21  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.22412  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3757  LysR family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 316 aa  103  4e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.634887 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2840  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 299 aa  103  4e-21  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3176  LysR family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 304 aa  103  6e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.594001  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0140  LysR family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 300 aa  102  9e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.273009  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3652  transcriptional regulator, LysR family  28.29 
 
 		 301 aa  101  1e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0887356  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1713  transcriptional regulator, LysR family  25.61 
 
 		 304 aa  101  1e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5425  Transcriptional regulator  29.8 
 
 		 316 aa  102  1e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0687  LysR family transcriptional regulator  24.75 
 
 		 311 aa  102  1e-20  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.591422  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3691  transcriptional regulator, LysR family  30.27 
 
 		 301 aa  101  1e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 305 aa  101  2e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3660  LysR family transcriptional regulator  31.69 
 
 		 295 aa  101  2e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.141797 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2980  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 304 aa  100  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.562875  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4382  LysR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 300 aa  101  2e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2577  transcriptional regulator, LysR family  27.34 
 
 		 297 aa  100  2e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.216536  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0369  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.57 
 
 		 299 aa  101  2e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1328  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 304 aa  100  2e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4153  LysR family transcriptional regulator  26.25 
 
 		 299 aa  101  2e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1626  transcriptional regulator, LysR family  31.93 
 
 		 300 aa  100  2e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0614386 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2287  nitrogen assimilation regulatory protein Nac, putative  28.74 
 
 		 310 aa  101  2e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3105  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 304 aa  100  2e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1765  transcriptional regulator, LysR family  26.87 
 
 		 320 aa  100  3e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.348978  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0362  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.17 
 
 		 299 aa  100  3e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.709016  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1535  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.35 
 
 		 300 aa  100  3e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.195582  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>