More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_0548 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_0548  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 316 aa  634    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4629  transcriptional regulator, LysR family  61.89 
 
 		 332 aa  377  1e-103  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.31234 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6622  LysR family transcriptional regulator  62.71 
 
 		 318 aa  375  1e-103  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.536281  normal  0.255489 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6694  LysR family transcriptional regulator  62.09 
 
 		 321 aa  377  1e-103  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.32621 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6218  LysR family transcriptional regulator  61.76 
 
 		 321 aa  374  1e-102  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00215178 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5851  LysR family transcriptional regulator  61.76 
 
 		 321 aa  374  1e-102  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.121988  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3187  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 307 aa  185  9e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0761  transcriptional regulator, LysR family  35.29 
 
 		 316 aa  171  1e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.211674  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0907  transcriptional regulator, LysR family  35.29 
 
 		 302 aa  171  1e-41  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5409  LysR family protein  35.74 
 
 		 300 aa  171  1e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.152867  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1092  transcriptional regulator, LysR family  38.52 
 
 		 301 aa  168  1e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0509948  normal  0.0429857 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1293  LysR family transcriptional regulator  36.64 
 
 		 320 aa  167  2e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00171024  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2041  transcriptional regulator, LysR family  38.13 
 
 		 301 aa  166  4e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.416222 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1722  LysR substrate-binding  37.45 
 
 		 301 aa  165  9e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0793479  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3548  transcriptional regulator LysR family  34.95 
 
 		 318 aa  159  4e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.280114  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1272  LysR family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 295 aa  157  2e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1472  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 300 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.166956  normal  0.322339 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1185  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 310 aa  155  1e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000000537468  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4662  transcriptional regulator, LysR family  32.86 
 
 		 329 aa  149  4e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1679  transcriptional regulator, LysR family  31.14 
 
 		 316 aa  150  4e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.409194  normal  0.896834 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1590  LysR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 302 aa  145  8.000000000000001e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4570  LysR family transcriptional regulator  35.6 
 
 		 298 aa  144  1e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02870  putative transcriptional regulator  33.08 
 
 		 313 aa  142  5e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00238694 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0395  LysR family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 315 aa  139  6e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.662274 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3501  LysR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 304 aa  138  1e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.829127  normal  0.0458146 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0178  LysR family transcriptional regulator  34.15 
 
 		 303 aa  137  2e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.758946 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3825  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 306 aa  137  3.0000000000000003e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.363475 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0319  putative transcriptional regulator  32.31 
 
 		 313 aa  135  7.000000000000001e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.404994  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1259  transcriptional regulator, LysR family  32.64 
 
 		 300 aa  135  8e-31  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3568  transcriptional regulator, LysR family  35.21 
 
 		 312 aa  132  1.0000000000000001e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3756  LysR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 301 aa  131  2.0000000000000002e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.231956  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1264  LysR family transcriptional regulator  33.47 
 
 		 317 aa  130  3e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1340  LysR family transcriptional regulator  33.47 
 
 		 317 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.875316  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2416  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  30.62 
 
 		 297 aa  129  8.000000000000001e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.0000387203  decreased coverage  0.000000509864 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5497  transcriptional regulator, LysR family  31.65 
 
 		 316 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.315237  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2518  LysR family regulatory protein  33.77 
 
 		 311 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3118  transcriptional regulator, LysR family  34.8 
 
 		 313 aa  126  4.0000000000000003e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.752623  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0778  LysR family transcriptional regulator  38.61 
 
 		 306 aa  126  4.0000000000000003e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1817  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 310 aa  126  5e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.330978  hitchhiker  0.00360584 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4202  transcriptional regulator, LysR family  32.3 
 
 		 302 aa  125  6e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1674  transcriptional regulator, LysR family  35.55 
 
 		 312 aa  123  3e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.247325  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5126  LysR family transcriptional regulator  31.13 
 
 		 319 aa  123  4e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.255501  normal  0.155944 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1656  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.2 
 
 		 321 aa  122  6e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.227102  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1765  transcriptional regulator, LysR family  35.15 
 
 		 320 aa  122  8e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.348978  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0711  transcriptional regulator, LysR family  32.82 
 
 		 304 aa  121  9.999999999999999e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3176  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 304 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.594001  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2928  transcriptional regulator, LysR family  33 
 
 		 309 aa  119  6e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4492  transcriptional regulator, LysR family  31.91 
 
 		 306 aa  119  7e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.957194 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4825  LysR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 303 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.861271  normal  0.185461 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4144  LysR family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 307 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4729  LysR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 317 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.417319  normal  0.651457 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2072  transcriptional regulator, LysR family  31.3 
 
 		 305 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0751025 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4735  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 305 aa  115  6.9999999999999995e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.52327  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2840  LysR family transcriptional regulator  34 
 
 		 299 aa  115  7.999999999999999e-25  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1720  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 304 aa  115  1.0000000000000001e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.501523 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3660  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 295 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.141797 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2158  transcriptional regulator, LysR family  30.77 
 
 		 301 aa  114  2.0000000000000002e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1817  transcriptional regulator, LysR family  30.77 
 
 		 303 aa  114  2.0000000000000002e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3236  transcriptional regulator, LysR family  34.07 
 
 		 307 aa  113  4.0000000000000004e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1568  LysR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 317 aa  113  5e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.841213  normal  0.890695 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3501  transcriptional regulator, LysR family  33 
 
 		 310 aa  113  5e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.7374  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8309  transcriptional regulator, LysR family  32.86 
 
 		 318 aa  112  6e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.207125  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2069  LysR family transcriptional regulator  34.5 
 
 		 295 aa  112  6e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.450351  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4630  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 302 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1646  LysR family transcriptional regulator  33.17 
 
 		 317 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1487  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 317 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.235813  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5504  LysR family transcriptional regulator  32.03 
 
 		 300 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2000  transcriptional regulator, LysR family  31.38 
 
 		 299 aa  110  3e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.40236  normal  0.73412 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3624  transcriptional regulator, LysR family  32.5 
 
 		 310 aa  110  3e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4035  transcriptional regulator, LysR family  28.92 
 
 		 305 aa  109  5e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.176512  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3921  transcriptional regulator, LysR family  28.92 
 
 		 305 aa  109  5e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2975  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 297 aa  109  6e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.819316  normal  0.0269268 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1591  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 324 aa  109  6e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0175342  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5640  transcriptional regulator LysR family  31.52 
 
 		 300 aa  109  7.000000000000001e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.203557  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2243  LysR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 302 aa  108  8.000000000000001e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.839693  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1111  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 317 aa  109  8.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2243  LysR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 289 aa  108  9.000000000000001e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3560  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 322 aa  108  9.000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0436094  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0140  LysR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 300 aa  108  1e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.273009  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1345  transcriptional regulator, LysR family  30.69 
 
 		 300 aa  107  2e-22  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0839604  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1477  LysR family transcriptional regulator  34.1 
 
 		 314 aa  108  2e-22  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.490418  normal  0.438801 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2223  transcriptional regulator, LysR family  31.6 
 
 		 302 aa  107  2e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3757  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 316 aa  108  2e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.634887 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3652  transcriptional regulator, LysR family  30.03 
 
 		 301 aa  108  2e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0887356  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1507  LysR family transcriptional regulator  32.67 
 
 		 317 aa  108  2e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2826  LysR family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 302 aa  107  2e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.123766 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 305 aa  107  3e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2216  transcriptional regulator, LysR family  34.8 
 
 		 311 aa  107  3e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2256  LysR family transcriptional regulator  28.02 
 
 		 333 aa  107  4e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.585656  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5425  Transcriptional regulator  29.8 
 
 		 316 aa  107  4e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0223  transcriptional regulator, LysR family  27.76 
 
 		 308 aa  106  5e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0239924 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4382  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 300 aa  106  7e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0963  LysR family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 334 aa  105  9e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  29.08 
 
 		 293 aa  105  1e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4657  LysR family transcriptional regulator  28 
 
 		 312 aa  105  1e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.659873  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4153  LysR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 299 aa  105  1e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0369  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.52 
 
 		 299 aa  105  1e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3122  LysR family transcriptional regulator  30.79 
 
 		 315 aa  105  1e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0411  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.53 
 
 		 299 aa  105  1e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0362  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.1 
 
 		 299 aa  105  1e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.709016  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>