More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_6176 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010676  Bphyt_6176  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 320 aa  652    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2256  LysR family transcriptional regulator  77.1 
 
 		 333 aa  509  1e-143  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.585656  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3069  LysR family transcriptional regulator  78.95 
 
 		 318 aa  508  1e-143  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.227283  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2943  LysR family transcriptional regulator  78.62 
 
 		 326 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1297  LysR family transcriptional regulator  78.62 
 
 		 318 aa  505  9.999999999999999e-143  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6698  LysR family transcriptional regulator  74.17 
 
 		 310 aa  464  1e-129  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.526973  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5121  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  69.74 
 
 		 306 aa  452  1.0000000000000001e-126  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3263  LysR family transcriptional regulator  70.3 
 
 		 307 aa  443  1e-123  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.266954  normal  0.470905 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3790  LysR family transcriptional regulator  69.97 
 
 		 307 aa  440  9.999999999999999e-123  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.98544 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3380  LysR family transcriptional regulator  62.34 
 
 		 323 aa  391  1e-108  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.846396 
 
 
-
 
NC_003296  RS02127  transcriptional regulator transcription regulator protein  39.09 
 
 		 324 aa  240  2e-62  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2287  nitrogen assimilation regulatory protein Nac, putative  40.4 
 
 		 310 aa  230  3e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3105  LysR family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 304 aa  227  2e-58  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1328  LysR family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 304 aa  227  2e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2980  LysR family transcriptional regulator  39.74 
 
 		 304 aa  227  2e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.562875  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4986  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 304 aa  216  4e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.910518 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5280  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 318 aa  206  3e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6370  LysR family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 309 aa  201  9.999999999999999e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5126  LysR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 319 aa  201  9.999999999999999e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.255501  normal  0.155944 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5647  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 302 aa  200  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.287338 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4657  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 302 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.501857  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3711  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 302 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.282395  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5630  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 302 aa  200  3e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0341867 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5497  transcriptional regulator, LysR family  35.23 
 
 		 316 aa  200  3e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.315237  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5847  LysR family transcriptional regulator  34.56 
 
 		 302 aa  199  5e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.632072  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3526  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.22 
 
 		 301 aa  194  1e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.33739  normal  0.82105 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1338  putative transcriptional regulator  31.35 
 
 		 311 aa  176  6e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15210  LysR family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 311 aa  176  7e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.017601  hitchhiker  0.00000000286911 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4825  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 303 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.861271  normal  0.185461 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1879  transcriptional regulator, LysR family  34.91 
 
 		 283 aa  171  1e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0397318  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1704  LysR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 307 aa  162  5.0000000000000005e-39  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.407381  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0659  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 314 aa  155  1e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4299  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  26.35 
 
 		 302 aa  143  3e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.941417  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3825  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 306 aa  134  3e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.363475 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4735  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 305 aa  132  1.0000000000000001e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.52327  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1765  transcriptional regulator, LysR family  27.97 
 
 		 320 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.348978  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5409  LysR family protein  30.2 
 
 		 300 aa  122  6e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.152867  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1472  LysR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 300 aa  122  8e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.166956  normal  0.322339 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5567  LysR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 304 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.397683  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2577  transcriptional regulator, LysR family  29.7 
 
 		 297 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.216536  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1487  LysR family transcriptional regulator  29.6 
 
 		 317 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.235813  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2268  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.78 
 
 		 302 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.170931  normal  0.112201 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3548  transcriptional regulator LysR family  28.98 
 
 		 318 aa  119  7e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.280114  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1646  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 317 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4662  transcriptional regulator, LysR family  27.45 
 
 		 329 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4035  transcriptional regulator, LysR family  27.36 
 
 		 305 aa  117  3.9999999999999997e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.176512  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3921  transcriptional regulator, LysR family  27.36 
 
 		 305 aa  117  3.9999999999999997e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1507  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 317 aa  116  5e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1656  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.28 
 
 		 321 aa  115  6.9999999999999995e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.227102  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5122  transcriptional regulator, LysR family  29.39 
 
 		 298 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3652  transcriptional regulator, LysR family  31.75 
 
 		 301 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0887356  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0140  LysR family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 300 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.273009  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3236  transcriptional regulator, LysR family  28.37 
 
 		 307 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1679  transcriptional regulator, LysR family  28.9 
 
 		 316 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.409194  normal  0.896834 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4570  LysR family transcriptional regulator  31.22 
 
 		 298 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4382  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 300 aa  113  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4492  transcriptional regulator, LysR family  29.9 
 
 		 306 aa  113  4.0000000000000004e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.957194 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4729  LysR family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 317 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.417319  normal  0.651457 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0513  LysR family transcriptional regulator  27.57 
 
 		 302 aa  113  5e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.810346  normal  0.24806 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1817  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 310 aa  112  9e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.330978  hitchhiker  0.00360584 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1259  transcriptional regulator, LysR family  30.77 
 
 		 300 aa  111  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2452  LysR family transcriptional regulator  23.84 
 
 		 304 aa  110  3e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.60115  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0178  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 303 aa  110  4.0000000000000004e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.758946 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1568  LysR family transcriptional regulator  28.16 
 
 		 317 aa  110  5e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.841213  normal  0.890695 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1158  LysR family transcriptional regulator  27.86 
 
 		 301 aa  110  5e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0711  transcriptional regulator, LysR family  27 
 
 		 304 aa  109  6e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2416  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  25.09 
 
 		 297 aa  108  9.000000000000001e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.0000387203  decreased coverage  0.000000509864 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2041  transcriptional regulator, LysR family  28.62 
 
 		 301 aa  107  3e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.416222 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0395  LysR family transcriptional regulator  29.36 
 
 		 315 aa  107  4e-22  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.662274 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1591  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 324 aa  106  5e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0175342  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2826  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 302 aa  106  6e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.123766 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1092  transcriptional regulator, LysR family  28.28 
 
 		 301 aa  106  6e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0509948  normal  0.0429857 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1111  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 317 aa  106  6e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3187  LysR family transcriptional regulator  28.84 
 
 		 307 aa  105  9e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1340  LysR family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 317 aa  105  1e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.875316  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1264  LysR family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 317 aa  105  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2975  LysR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 297 aa  105  1e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.819316  normal  0.0269268 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4153  LysR family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 299 aa  105  1e-21  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1674  transcriptional regulator, LysR family  28.73 
 
 		 312 aa  104  2e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.247325  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4202  transcriptional regulator, LysR family  28.91 
 
 		 302 aa  104  2e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  27.47 
 
 		 293 aa  104  2e-21  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4144  LysR family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 307 aa  103  5e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2518  LysR family regulatory protein  26.23 
 
 		 311 aa  102  1e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1722  LysR substrate-binding  27.93 
 
 		 301 aa  102  1e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0793479  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1720  LysR family transcriptional regulator  26.1 
 
 		 304 aa  101  1e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.501523 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3756  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 301 aa  100  4e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.231956  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3176  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 304 aa  99.8  5e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.594001  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5289  LysR family transcriptional regulator  26.16 
 
 		 302 aa  99  1e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.127771  normal  0.048203 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0778  LysR family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 306 aa  97.8  2e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5640  transcriptional regulator LysR family  28.79 
 
 		 300 aa  96.7  5e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.203557  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0963  LysR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 334 aa  95.9  9e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3501  transcriptional regulator, LysR family  27.59 
 
 		 310 aa  95.5  1e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.7374  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0907  transcriptional regulator, LysR family  30.05 
 
 		 302 aa  95.1  1e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0761  transcriptional regulator, LysR family  30.05 
 
 		 316 aa  95.1  1e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.211674  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3425  DNA-binding transcriptional regulator CynR  26.35 
 
 		 311 aa  94  3e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3462  DNA-binding transcriptional regulator CynR  26.35 
 
 		 311 aa  94  3e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.356635  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1535  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.2 
 
 		 300 aa  94.4  3e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.195582  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4629  transcriptional regulator, LysR family  30.19 
 
 		 332 aa  93.6  4e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.31234 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0383  DNA-binding transcriptional regulator CynR  26.35 
 
 		 311 aa  93.2  5e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3323  DNA-binding transcriptional regulator CynR  26.35 
 
 		 311 aa  93.2  5e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>