More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dd703_3236 on replicon NC_012880
Organism: Dickeya dadantii Ech703



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012880  Dd703_3236  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 307 aa  625  1e-178  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3825  LysR family transcriptional regulator  48.66 
 
 		 306 aa  295  5e-79  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.363475 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0711  transcriptional regulator, LysR family  46.62 
 
 		 304 aa  264  2e-69  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4735  LysR family transcriptional regulator  44.93 
 
 		 305 aa  260  2e-68  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.52327  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2826  LysR family transcriptional regulator  45.08 
 
 		 302 aa  254  2.0000000000000002e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.123766 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4144  LysR family transcriptional regulator  45.36 
 
 		 307 aa  252  5.000000000000001e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2268  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  45.02 
 
 		 302 aa  249  3e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.170931  normal  0.112201 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2577  transcriptional regulator, LysR family  43.99 
 
 		 297 aa  246  4e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.216536  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1656  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  44.11 
 
 		 321 aa  245  8e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.227102  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3921  transcriptional regulator, LysR family  42.95 
 
 		 305 aa  243  3.9999999999999997e-63  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4035  transcriptional regulator, LysR family  42.95 
 
 		 305 aa  243  3.9999999999999997e-63  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.176512  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4382  LysR family transcriptional regulator  41.33 
 
 		 300 aa  241  7.999999999999999e-63  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3652  transcriptional regulator, LysR family  42.61 
 
 		 301 aa  239  4e-62  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0887356  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1817  LysR family transcriptional regulator  42.37 
 
 		 310 aa  239  5e-62  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.330978  hitchhiker  0.00360584 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2975  LysR family transcriptional regulator  42.27 
 
 		 297 aa  234  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.819316  normal  0.0269268 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1507  LysR family transcriptional regulator  39.06 
 
 		 317 aa  226  3e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0178  LysR family transcriptional regulator  41.02 
 
 		 303 aa  226  4e-58  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.758946 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1158  LysR family transcriptional regulator  41.36 
 
 		 301 aa  224  1e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1487  LysR family transcriptional regulator  37.95 
 
 		 317 aa  224  1e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.235813  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1646  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 317 aa  222  6e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4729  LysR family transcriptional regulator  38.03 
 
 		 317 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.417319  normal  0.651457 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0778  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 306 aa  219  3e-56  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1568  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 317 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.841213  normal  0.890695 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1765  transcriptional regulator, LysR family  38.83 
 
 		 320 aa  217  2e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.348978  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1111  LysR family transcriptional regulator  37.95 
 
 		 317 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1591  LysR family transcriptional regulator  37.95 
 
 		 324 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0175342  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5122  transcriptional regulator, LysR family  37.71 
 
 		 298 aa  207  1e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1674  transcriptional regulator, LysR family  38.81 
 
 		 312 aa  190  2.9999999999999997e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.247325  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1720  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 304 aa  181  9.000000000000001e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.501523 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4153  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 299 aa  179  7e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1264  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 317 aa  179  7e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1340  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 317 aa  178  1e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.875316  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3122  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 315 aa  176  4e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2518  LysR family regulatory protein  33.77 
 
 		 311 aa  175  7e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2928  transcriptional regulator, LysR family  31.67 
 
 		 309 aa  170  3e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3501  transcriptional regulator, LysR family  34.15 
 
 		 310 aa  167  2e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.7374  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3118  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 		 313 aa  166  4e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.752623  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3624  transcriptional regulator, LysR family  36.21 
 
 		 310 aa  157  3e-37  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2416  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  29.9 
 
 		 297 aa  156  4e-37  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.0000387203  decreased coverage  0.000000509864 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5497  transcriptional regulator, LysR family  32.12 
 
 		 316 aa  154  1e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.315237  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4492  transcriptional regulator, LysR family  32.43 
 
 		 306 aa  153  4e-36  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.957194 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2216  transcriptional regulator, LysR family  32.55 
 
 		 311 aa  149  6e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2528  transcriptional regulator, LysR family  32.55 
 
 		 310 aa  149  7e-35  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4202  transcriptional regulator, LysR family  32.2 
 
 		 302 aa  146  3e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5640  transcriptional regulator LysR family  32.66 
 
 		 300 aa  147  3e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.203557  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5280  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 318 aa  144  1e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5289  LysR family transcriptional regulator  31.71 
 
 		 302 aa  144  2e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.127771  normal  0.048203 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4825  LysR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 303 aa  143  4e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.861271  normal  0.185461 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4570  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 298 aa  143  4e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1272  LysR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 295 aa  143  5e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6370  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 309 aa  142  6e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4986  LysR family transcriptional regulator  32.4 
 
 		 304 aa  138  1e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.910518 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1259  transcriptional regulator, LysR family  31.93 
 
 		 300 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0907  transcriptional regulator, LysR family  30.53 
 
 		 302 aa  134  3e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0761  transcriptional regulator, LysR family  30.53 
 
 		 316 aa  133  3e-30  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.211674  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5647  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 302 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.287338 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5630  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 302 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0341867 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0140  LysR family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 300 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.273009  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0395  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 315 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.662274 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1472  LysR family transcriptional regulator  30.12 
 
 		 300 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.166956  normal  0.322339 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3711  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 302 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.282395  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5847  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 302 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.632072  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4657  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 302 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.501857  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3176  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 304 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.594001  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3187  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 307 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5126  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 319 aa  125  7e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.255501  normal  0.155944 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0319  putative transcriptional regulator  30.23 
 
 		 313 aa  124  1e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.404994  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2041  transcriptional regulator, LysR family  35.48 
 
 		 301 aa  124  2e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.416222 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3526  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.91 
 
 		 301 aa  124  3e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.33739  normal  0.82105 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1590  LysR family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 302 aa  124  3e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0513  LysR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 302 aa  124  3e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.810346  normal  0.24806 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1092  transcriptional regulator, LysR family  35.94 
 
 		 301 aa  124  3e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0509948  normal  0.0429857 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1722  LysR substrate-binding  35.48 
 
 		 301 aa  123  5e-27  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0793479  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1293  LysR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 320 aa  122  6e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00171024  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1185  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 310 aa  122  7e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000000537468  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3501  LysR family transcriptional regulator  29.67 
 
 		 304 aa  122  9.999999999999999e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.829127  normal  0.0458146 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1338  putative transcriptional regulator  30.17 
 
 		 311 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15210  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 311 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.017601  hitchhiker  0.00000000286911 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1879  transcriptional regulator, LysR family  34.47 
 
 		 283 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0397318  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5121  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.81 
 
 		 306 aa  121  1.9999999999999998e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3105  LysR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 304 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1328  LysR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 304 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2980  LysR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 304 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.562875  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3568  transcriptional regulator, LysR family  30.58 
 
 		 312 aa  117  3e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02870  putative transcriptional regulator  29.9 
 
 		 313 aa  117  3e-25  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00238694 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1704  LysR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 307 aa  117  3.9999999999999997e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.407381  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6698  LysR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 310 aa  116  6e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.526973  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2287  nitrogen assimilation regulatory protein Nac, putative  28.72 
 
 		 310 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6176  transcriptional regulator, LysR family  28.37 
 
 		 320 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0659  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 314 aa  114  3e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0548  LysR family transcriptional regulator  34.07 
 
 		 316 aa  113  4.0000000000000004e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5409  LysR family protein  30.63 
 
 		 300 aa  113  5e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.152867  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00292  DNA-binding transcriptional dual regulator  33.92 
 
 		 299 aa  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3268  transcriptional regulator, LysR family  33.92 
 
 		 299 aa  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00296  hypothetical protein  33.92 
 
 		 299 aa  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0403  DNA-binding transcriptional regulator CynR  33.92 
 
 		 299 aa  110  3e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0362  DNA-binding transcriptional regulator CynR  33.92 
 
 		 299 aa  110  3e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.709016  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3380  LysR family transcriptional regulator  29 
 
 		 323 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.846396 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4509  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 298 aa  109  5e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.391554 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2256  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 333 aa  109  5e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.585656  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>