More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0140 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_0140  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 300 aa  599  1e-170  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.273009  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5280  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 318 aa  154  1e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3176  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 304 aa  145  9e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.594001  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6370  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 309 aa  144  1e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3825  LysR family transcriptional regulator  26.51 
 
 		 306 aa  141  9.999999999999999e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.363475 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1656  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.33 
 
 		 321 aa  140  3e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.227102  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0411  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.86 
 
 		 299 aa  138  1e-31  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1765  transcriptional regulator, LysR family  30.2 
 
 		 320 aa  137  2e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.348978  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4729  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 317 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.417319  normal  0.651457 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0369  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.86 
 
 		 299 aa  136  4e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0178  LysR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 303 aa  134  9.999999999999999e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.758946 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0403  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.48 
 
 		 299 aa  134  9.999999999999999e-31  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0362  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.48 
 
 		 299 aa  134  9.999999999999999e-31  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.709016  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3287  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.48 
 
 		 299 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5630  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 302 aa  134  3e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0341867 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5497  transcriptional regulator, LysR family  32.23 
 
 		 316 aa  133  3e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.315237  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5847  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 302 aa  134  3e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.632072  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1817  LysR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 310 aa  132  5e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.330978  hitchhiker  0.00360584 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00292  DNA-binding transcriptional dual regulator  29.74 
 
 		 299 aa  132  6e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3268  transcriptional regulator, LysR family  29.74 
 
 		 299 aa  132  6e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00296  hypothetical protein  29.74 
 
 		 299 aa  132  6e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1646  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 317 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4492  transcriptional regulator, LysR family  31.63 
 
 		 306 aa  132  7.999999999999999e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.957194 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3236  transcriptional regulator, LysR family  28.76 
 
 		 307 aa  132  9e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5647  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 302 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.287338 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3711  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 302 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.282395  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1568  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 317 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.841213  normal  0.890695 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4657  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 302 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.501857  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1272  LysR family transcriptional regulator  32.31 
 
 		 295 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2577  transcriptional regulator, LysR family  27.7 
 
 		 297 aa  130  3e-29  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.216536  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1111  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 317 aa  130  3e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1591  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 324 aa  130  3e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0175342  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1185  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 310 aa  129  4.0000000000000003e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000000537468  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2826  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 302 aa  128  1.0000000000000001e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.123766 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3526  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30 
 
 		 301 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.33739  normal  0.82105 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0963  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 334 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4986  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 304 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.910518 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3069  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 318 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.227283  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1487  LysR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 317 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.235813  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2943  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 326 aa  127  3e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1297  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 318 aa  126  4.0000000000000003e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1259  transcriptional regulator, LysR family  32.99 
 
 		 300 aa  126  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2268  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.95 
 
 		 302 aa  126  5e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.170931  normal  0.112201 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3118  transcriptional regulator, LysR family  32.44 
 
 		 313 aa  125  6e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.752623  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4382  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 300 aa  125  7e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2256  LysR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 333 aa  125  7e-28  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.585656  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5409  LysR family protein  30.77 
 
 		 300 aa  125  7e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.152867  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2928  transcriptional regulator, LysR family  32 
 
 		 309 aa  125  8.000000000000001e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0711  transcriptional regulator, LysR family  26.94 
 
 		 304 aa  125  9e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3624  transcriptional regulator, LysR family  33.04 
 
 		 310 aa  125  9e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0778  LysR family transcriptional regulator  30.23 
 
 		 306 aa  124  1e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1720  LysR family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 304 aa  124  1e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.501523 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1507  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 317 aa  125  1e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1472  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 300 aa  124  3e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.166956  normal  0.322339 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4735  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 305 aa  123  3e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.52327  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1293  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 320 aa  123  4e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00171024  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3501  transcriptional regulator, LysR family  32.89 
 
 		 310 aa  122  7e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.7374  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3263  LysR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 307 aa  122  7e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.266954  normal  0.470905 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0319  putative transcriptional regulator  32.33 
 
 		 313 aa  122  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.404994  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1338  putative transcriptional regulator  29.96 
 
 		 311 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15210  LysR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 311 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.017601  hitchhiker  0.00000000286911 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2072  transcriptional regulator, LysR family  33.95 
 
 		 305 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0751025 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1158  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 301 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4035  transcriptional regulator, LysR family  28.28 
 
 		 305 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.176512  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2216  transcriptional regulator, LysR family  29 
 
 		 311 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3921  transcriptional regulator, LysR family  28.28 
 
 		 305 aa  120  1.9999999999999998e-26  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2528  transcriptional regulator, LysR family  29 
 
 		 310 aa  120  3e-26  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3652  transcriptional regulator, LysR family  29.23 
 
 		 301 aa  120  3e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0887356  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3790  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 307 aa  119  6e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.98544 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4570  LysR family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 298 aa  119  6e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5425  Transcriptional regulator  32.87 
 
 		 316 aa  119  9e-26  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5121  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.47 
 
 		 306 aa  118  9.999999999999999e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1674  transcriptional regulator, LysR family  29.9 
 
 		 312 aa  118  9.999999999999999e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.247325  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02870  putative transcriptional regulator  30.92 
 
 		 313 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00238694 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3380  LysR family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 323 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.846396 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3094  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.74 
 
 		 295 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.899085  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2975  LysR family transcriptional regulator  29.7 
 
 		 297 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.819316  normal  0.0269268 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0513  LysR family transcriptional regulator  29 
 
 		 302 aa  117  3e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.810346  normal  0.24806 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4825  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 303 aa  116  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.861271  normal  0.185461 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0659  LysR family transcriptional regulator  30.35 
 
 		 314 aa  116  3.9999999999999997e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1879  transcriptional regulator, LysR family  32.24 
 
 		 283 aa  115  6e-25  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0397318  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1590  LysR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 302 aa  116  6e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4202  transcriptional regulator, LysR family  30.94 
 
 		 302 aa  116  6e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1264  LysR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 317 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1340  LysR family transcriptional regulator  32.91 
 
 		 317 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.875316  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6176  transcriptional regulator, LysR family  27.88 
 
 		 320 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4144  LysR family transcriptional regulator  26.41 
 
 		 307 aa  114  2.0000000000000002e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4153  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 299 aa  114  2.0000000000000002e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2518  LysR family regulatory protein  32.91 
 
 		 311 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0395  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 315 aa  113  4.0000000000000004e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.662274 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2416  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  24.66 
 
 		 297 aa  111  2.0000000000000002e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.0000387203  decreased coverage  0.000000509864 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2817  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.2 
 
 		 298 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1239  transcriptional regulator, LysR family  33.95 
 
 		 307 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.138802  normal  0.188644 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1092  transcriptional regulator, LysR family  28.28 
 
 		 301 aa  109  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0509948  normal  0.0429857 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3757  LysR family transcriptional regulator  28 
 
 		 321 aa  109  5e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1722  LysR substrate-binding  28.28 
 
 		 301 aa  109  6e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0793479  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4130  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.76 
 
 		 298 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.717557 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5640  transcriptional regulator LysR family  29.41 
 
 		 300 aa  109  7.000000000000001e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.203557  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4781  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.76 
 
 		 298 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.749024  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3386  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.76 
 
 		 298 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>