More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_3757 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_3757  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 321 aa  639    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5280  LysR family transcriptional regulator  34.1 
 
 		 318 aa  156  6e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6370  LysR family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 309 aa  143  5e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5497  transcriptional regulator, LysR family  29.45 
 
 		 316 aa  136  4e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.315237  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3526  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.3 
 
 		 301 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.33739  normal  0.82105 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0659  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 314 aa  129  5.0000000000000004e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1338  putative transcriptional regulator  30.82 
 
 		 311 aa  125  1e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15210  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 311 aa  125  1e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.017601  hitchhiker  0.00000000286911 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3711  LysR family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 302 aa  122  9e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.282395  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4657  LysR family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 302 aa  122  9e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.501857  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5647  LysR family transcriptional regulator  26.73 
 
 		 302 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.287338 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1879  transcriptional regulator, LysR family  31.43 
 
 		 283 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0397318  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5630  LysR family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 302 aa  120  3e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0341867 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5847  LysR family transcriptional regulator  25.74 
 
 		 302 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.632072  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5126  LysR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 319 aa  119  4.9999999999999996e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.255501  normal  0.155944 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1704  LysR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 307 aa  118  9.999999999999999e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.407381  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4986  LysR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 304 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.910518 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0513  LysR family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 302 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.810346  normal  0.24806 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0140  LysR family transcriptional regulator  28 
 
 		 300 aa  109  5e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.273009  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4299  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  26.64 
 
 		 302 aa  107  4e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.941417  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4825  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 303 aa  102  9e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.861271  normal  0.185461 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5567  LysR family transcriptional regulator  26.49 
 
 		 304 aa  101  2e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.397683  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1487  LysR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 317 aa  99.8  5e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.235813  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1507  LysR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 317 aa  98.6  1e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3380  LysR family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 323 aa  98.2  2e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.846396 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1646  LysR family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 317 aa  97.4  3e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3441  LysR family transcriptional regulator  28.73 
 
 		 306 aa  96.7  5e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.985803  hitchhiker  0.000545962 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0909  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.34 
 
 		 298 aa  96.3  6e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1765  transcriptional regulator, LysR family  26.6 
 
 		 320 aa  96.3  6e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.348978  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1272  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 295 aa  95.5  1e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1111  LysR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 317 aa  95.1  1e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1568  LysR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 317 aa  95.5  1e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.841213  normal  0.890695 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3236  transcriptional regulator, LysR family  27.27 
 
 		 307 aa  94.7  2e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4729  LysR family transcriptional regulator  25.74 
 
 		 317 aa  94.7  2e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.417319  normal  0.651457 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0528  LysR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 301 aa  94.4  2e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000454001 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2416  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  22.45 
 
 		 297 aa  94.7  2e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.0000387203  decreased coverage  0.000000509864 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5289  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 302 aa  95.1  2e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.127771  normal  0.048203 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1591  LysR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 324 aa  95.1  2e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0175342  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4662  transcriptional regulator, LysR family  26.43 
 
 		 329 aa  94  3e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0963  LysR family transcriptional regulator  23.72 
 
 		 334 aa  93.2  5e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01751  putative Rubisco transcriptional regulator  25.94 
 
 		 317 aa  93.2  6e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.348697  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2256  LysR family transcriptional regulator  25.43 
 
 		 333 aa  92.8  7e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.585656  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0586  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.31 
 
 		 304 aa  92.4  9e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2943  LysR family transcriptional regulator  31.64 
 
 		 326 aa  92  1e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1297  LysR family transcriptional regulator  31.64 
 
 		 318 aa  92  1e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3069  LysR family transcriptional regulator  31.64 
 
 		 318 aa  92  1e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.227283  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6176  transcriptional regulator, LysR family  30 
 
 		 320 aa  92.4  1e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3790  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 307 aa  91.7  1e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.98544 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3263  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 307 aa  92  1e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.266954  normal  0.470905 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0178  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 303 aa  90.9  2e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.758946 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3548  transcriptional regulator LysR family  26.4 
 
 		 318 aa  91.7  2e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.280114  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1590  LysR family transcriptional regulator  27.23 
 
 		 302 aa  90.5  4e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1720  LysR family transcriptional regulator  25.45 
 
 		 304 aa  90.1  4e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.501523 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3312  transcriptional regulator, LysR family  24.89 
 
 		 301 aa  89.7  6e-17  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.782402 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6698  LysR family transcriptional regulator  24.5 
 
 		 310 aa  89.7  6e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.526973  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3794  transcriptional regulator, LysR family  25.38 
 
 		 294 aa  89.4  8e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.689518 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2452  LysR family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 304 aa  89.4  8e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.60115  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  27.89 
 
 		 301 aa  88.6  1e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0149  putative Rubisco transcriptional regulator  25.61 
 
 		 319 aa  89  1e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1264  LysR family transcriptional regulator  25.77 
 
 		 317 aa  88.2  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2268  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  25.34 
 
 		 302 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.170931  normal  0.112201 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_02191  putative Rubisco transcriptional regulator  25.42 
 
 		 316 aa  88.2  2e-16  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  0.989894 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1340  LysR family transcriptional regulator  25.6 
 
 		 317 aa  87.8  2e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.875316  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2097  LysR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 306 aa  88.2  2e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.732708  normal  0.0491263 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1513  putative Rubisco transcriptional regulator  25.42 
 
 		 316 aa  87.4  3e-16  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1679  transcriptional regulator, LysR family  25.33 
 
 		 316 aa  87.4  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.409194  normal  0.896834 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2518  LysR family regulatory protein  25.77 
 
 		 311 aa  87  4e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3624  transcriptional regulator, LysR family  24.91 
 
 		 310 aa  86.7  5e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5409  LysR family protein  27.7 
 
 		 300 aa  85.9  8e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.152867  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0342  transcriptional regulator, LysR family  27.27 
 
 		 336 aa  85.9  9e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01641  putative Rubisco transcriptional regulator  24 
 
 		 314 aa  85.1  0.000000000000001  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.569388  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4144  LysR family transcriptional regulator  25.1 
 
 		 307 aa  85.1  0.000000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2398  putative Rubisco transcriptional regulator  25.45 
 
 		 329 aa  85.5  0.000000000000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0898  transcriptional regulator, LysR family  27.8 
 
 		 293 aa  85.5  0.000000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0482  transcriptional regulator, LysR family  25.73 
 
 		 327 aa  85.1  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.545808  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5425  Transcriptional regulator  25.88 
 
 		 316 aa  84.3  0.000000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0468  transcriptional regulator, LysR family  25.73 
 
 		 327 aa  85.1  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1735  LysR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 300 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.26615  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4735  LysR family transcriptional regulator  26.58 
 
 		 305 aa  84.7  0.000000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.52327  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26681  putative Rubisco transcriptional regulator  26.26 
 
 		 323 aa  84.7  0.000000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1047  LysR family transcriptional regulator  26.3 
 
 		 318 aa  84.3  0.000000000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  hitchhiker  0.00687136  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3855  transcriptional regulator, LysR family  22.89 
 
 		 316 aa  84.7  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2710  transcriptional regulator, LysR family  22.59 
 
 		 309 aa  84.3  0.000000000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.79073 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1859  LysR family transcriptional regulator  24.48 
 
 		 314 aa  84  0.000000000000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.430795  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3406  transcriptional regulator, LysR family  22.59 
 
 		 309 aa  84.3  0.000000000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3568  transcriptional regulator, LysR family  23.59 
 
 		 312 aa  84  0.000000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2659  OsmT protein  25.99 
 
 		 308 aa  83.6  0.000000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2072  transcriptional regulator, LysR family  25 
 
 		 305 aa  84  0.000000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0751025 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1472  LysR family transcriptional regulator  26.47 
 
 		 300 aa  83.6  0.000000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.166956  normal  0.322339 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4335  LysR family transcriptional regulator  25.95 
 
 		 297 aa  83.6  0.000000000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.385889  normal  0.337801 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1626  transcriptional regulator, LysR family  25.96 
 
 		 300 aa  82.8  0.000000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0614386 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01661  putative Rubisco transcriptional regulator  24 
 
 		 314 aa  82.4  0.000000000000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3501  transcriptional regulator, LysR family  24.35 
 
 		 310 aa  82.4  0.000000000000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.7374  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0907  transcriptional regulator, LysR family  25.68 
 
 		 302 aa  82.4  0.000000000000009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0269  hypothetical protein  26.12 
 
 		 294 aa  82.4  0.000000000000009  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2159  transcriptional regulator, LysR family  23.46 
 
 		 308 aa  82  0.00000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.597139  hitchhiker  0.0000167573 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1293  LysR family transcriptional regulator  26.26 
 
 		 320 aa  82.4  0.00000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00171024  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0761  transcriptional regulator, LysR family  25.68 
 
 		 316 aa  82  0.00000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.211674  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2531  transcriptional regulator, LysR family  23.46 
 
 		 308 aa  82  0.00000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.351481  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0896  LysR family transcriptional regulator  27.01 
 
 		 291 aa  82.4  0.00000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000948666 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>