More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2097 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_2097  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 306 aa  616  1e-175  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.732708  normal  0.0491263 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1625  transcriptional regulator, LysR family  78.57 
 
 		 298 aa  472  1e-132  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4546  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 300 aa  279  4e-74  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4368  LysR family transcriptional regulator  46.05 
 
 		 300 aa  265  5e-70  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000508648  normal  0.184507 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6871  LysR family transcriptional regulator  46.79 
 
 		 283 aa  256  3e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2340  transcriptional regulator, LysR family  46.74 
 
 		 302 aa  242  7e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.421742  normal  0.887111 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0303  LysR family transcriptional regulator  46.23 
 
 		 307 aa  235  8e-61  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0540  transcriptional regulator, LysR family  35.93 
 
 		 291 aa  172  5.999999999999999e-42  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.15621  normal  0.23196 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2134  transcriptional regulator, LysR family  36.33 
 
 		 287 aa  162  6e-39  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.272007  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0656  transcriptional regulator, MarR family  34.23 
 
 		 312 aa  160  2e-38  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4433  transcriptional regulator, LysR family  35.86 
 
 		 316 aa  160  3e-38  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0569  transcriptional regulator, LysR family  34.66 
 
 		 324 aa  156  5.0000000000000005e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.104836  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6247  transcriptional regulator, LysR family  34.39 
 
 		 328 aa  154  1e-36  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.967227  normal  0.0964504 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2545  transcriptional regulator, LysR family  32.32 
 
 		 309 aa  150  2e-35  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.57327  normal  0.794961 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6024  transcriptional regulator, LysR family  34.36 
 
 		 298 aa  148  1.0000000000000001e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.73094  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34330  transcriptional regulator  34.11 
 
 		 308 aa  147  2.0000000000000003e-34  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.109015 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0838  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 304 aa  143  3e-33  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.00258172  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4824  transcriptional regulator, LysR family  36.01 
 
 		 308 aa  143  3e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00015803  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0914  transcriptional regulator, LysR family  32.55 
 
 		 301 aa  143  4e-33  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2508  LysR substrate-binding protein  34.49 
 
 		 316 aa  143  4e-33  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0267  LysR family transcriptional regulator  35.42 
 
 		 300 aa  142  5e-33  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.334674  normal  0.614052 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5881  transcriptional regulator, LysR family  33.1 
 
 		 304 aa  142  5e-33  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_19590  transcriptional regulator  31.38 
 
 		 311 aa  138  8.999999999999999e-32  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.221792  normal  0.0758544 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2031  transcriptional regulator, LysR family  32.9 
 
 		 333 aa  138  1e-31  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0205829  hitchhiker  0.00632018 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0595  transcriptional regulator, LysR family  32.76 
 
 		 315 aa  137  2e-31  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.553167 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  30.33 
 
 		 301 aa  137  3.0000000000000003e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5689  transcriptional regulator, LysR family  32.47 
 
 		 314 aa  136  4e-31  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.363546  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1422  LysR family transcriptional regulator  32.25 
 
 		 308 aa  136  4e-31  Thermobifida fusca YX  Bacteria  decreased coverage  0.00195938  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2567  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 338 aa  136  5e-31  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.259086  normal  0.599662 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0582  transcriptional regulator, LysR family  36 
 
 		 312 aa  135  6.0000000000000005e-31  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4400  transcriptional regulator, LysR family  32.57 
 
 		 301 aa  134  1.9999999999999998e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.103907  hitchhiker  0.00279425 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3497  transcriptional regulator, LysR family  36.2 
 
 		 307 aa  134  3e-30  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00137062 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1345  transcriptional regulator, LysR family  27.72 
 
 		 300 aa  133  5e-30  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0839604  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3856  transcriptional regulator, LysR family  33.9 
 
 		 313 aa  130  3e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00162069  normal  0.0542249 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2446  transcriptional regulator, LysR family  33.09 
 
 		 308 aa  130  4.0000000000000003e-29  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.415246  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0029  LysR family transcriptional regulator  31.99 
 
 		 305 aa  129  6e-29  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3338  transcriptional regulator, LysR family  30.56 
 
 		 312 aa  129  9.000000000000001e-29  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2018  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 304 aa  129  9.000000000000001e-29  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0853412  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0655  transcriptional regulator, LysR family  33 
 
 		 311 aa  128  1.0000000000000001e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2225  transcriptional regulator, LysR family  31.48 
 
 		 302 aa  128  1.0000000000000001e-28  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00118451  normal  0.339624 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1321  transcriptional regulator, LysR family  29.75 
 
 		 308 aa  128  1.0000000000000001e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.105252  normal  0.107974 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2223  transcriptional regulator, LysR family  26.9 
 
 		 302 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4424  LysR family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 292 aa  127  2.0000000000000002e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00999637 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_7065  transcriptional regulator, LysR family  33.8 
 
 		 294 aa  127  2.0000000000000002e-28  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5552  putative transcriptional regulator protein, LysR family  31.38 
 
 		 303 aa  127  2.0000000000000002e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.409042 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2872  transcriptional regulator, LysR family  29.79 
 
 		 302 aa  127  3e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.175198  normal  0.844619 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5125  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 296 aa  127  3e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0932924  normal  0.723753 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1988  transcriptional regulator, LysR family  30.77 
 
 		 301 aa  126  4.0000000000000003e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.994481 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3489  LysR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 323 aa  126  4.0000000000000003e-28  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.256692  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3552  LysR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 323 aa  126  4.0000000000000003e-28  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.191532  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3502  LysR family transcriptional regulator  31.52 
 
 		 323 aa  126  4.0000000000000003e-28  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0505657  normal  0.786831 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3999  transcriptional regulator, LysR family  32.89 
 
 		 311 aa  126  5e-28  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1104  transcriptional regulator, LysR family  30.34 
 
 		 298 aa  126  5e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3118  transcriptional regulator, LysR family  30.1 
 
 		 309 aa  125  8.000000000000001e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.181053  normal  0.0120636 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2386  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 309 aa  125  9e-28  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00159604  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3713  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 334 aa  125  1e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0563526  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6763  transcriptional regulator, LysR family  30.64 
 
 		 303 aa  124  2e-27  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4632  transcriptional regulator, LysR family  30.45 
 
 		 295 aa  124  3e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22480  transcriptional regulator  32.65 
 
 		 308 aa  122  7e-27  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.542371 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2421  LysR substrate-binding  27.9 
 
 		 300 aa  122  7e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6522  transcriptional regulator, LysR family  30.3 
 
 		 300 aa  122  8e-27  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2145  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.29 
 
 		 304 aa  122  9e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.276237  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0815  LysR family transcriptional regulator  35.08 
 
 		 288 aa  121  9.999999999999999e-27  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_02220  transcriptional regulator  29.8 
 
 		 304 aa  120  1.9999999999999998e-26  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17270  transcriptional regulator  31.78 
 
 		 327 aa  121  1.9999999999999998e-26  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.00802596  hitchhiker  0.00407131 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36460  transcriptional regulator  32.99 
 
 		 304 aa  120  1.9999999999999998e-26  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.776376  normal  0.514457 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1796  transcriptional regulator, LysR family  32.53 
 
 		 308 aa  120  1.9999999999999998e-26  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  hitchhiker  0.000282354  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17190  transcriptional regulator  33.33 
 
 		 308 aa  120  3e-26  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  decreased coverage  0.00132066  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0129  transcriptional regulator, LysR family  32.97 
 
 		 315 aa  120  3.9999999999999996e-26  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00685914  normal  0.32072 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3424  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 296 aa  119  6e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4100  transcriptional regulator, LysR family  31.23 
 
 		 319 aa  119  7e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.554738  normal  0.0246683 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2582  LysR family transcriptional regulator  33.07 
 
 		 313 aa  119  7e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.359309 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1507  transcriptional regulator, LysR family  35.18 
 
 		 288 aa  119  9e-26  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.74974  normal  0.352143 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0807  transcriptional regulator, LysR family  30.07 
 
 		 304 aa  119  9e-26  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3939  LysR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 320 aa  118  9.999999999999999e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2098  LysR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 312 aa  117  1.9999999999999998e-25  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.0305237  normal  0.157419 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9290  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 311 aa  117  1.9999999999999998e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.422414 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2292  transcriptional regulator, LysR family  30.56 
 
 		 315 aa  116  6e-25  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.863525  normal  0.0374167 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0716  transcriptional regulator, LysR family  32.04 
 
 		 308 aa  115  6.9999999999999995e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.711839  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 297 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3675  transcriptional regulator, LysR family  28.62 
 
 		 303 aa  115  1.0000000000000001e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6150  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 295 aa  114  2.0000000000000002e-24  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0301422 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4076  transcriptional regulator, LysR family  31.62 
 
 		 331 aa  112  5e-24  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4246  transcriptional regulator, LysR family  31.65 
 
 		 295 aa  112  5e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.20222  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1896  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 296 aa  113  5e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.349748 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4487  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 293 aa  112  6e-24  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1193  transcriptional regulator, LysR family  32.23 
 
 		 347 aa  112  8.000000000000001e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00073439 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 297 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4627  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 293 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3164  LysR family transcriptional regulator  26.33 
 
 		 297 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 297 aa  111  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1740  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 301 aa  111  2.0000000000000002e-23  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0545937  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0898  LysR family transcriptional regulator  29.57 
 
 		 295 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4611  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 293 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0937251  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2848  LysR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 310 aa  110  3e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.93078  normal  0.0328698 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3211  transcriptional regulator, LysR family  26.64 
 
 		 290 aa  110  3e-23  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1352  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 305 aa  110  3e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.156504 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2648  transcriptional regulator, LysR family  33.2 
 
 		 306 aa  110  4.0000000000000004e-23  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.276708  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2521  putative transcriptional regulator  30.25 
 
 		 292 aa  110  4.0000000000000004e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.47835 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3720  LysR family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 305 aa  109  5e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.101076  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>