More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mchl_2072 on replicon NC_011757
Organism: Methylobacterium chloromethanicum CM4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011757  Mchl_2072  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 305 aa  590  1e-168  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0751025 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1239  transcriptional regulator, LysR family  97.57 
 
 		 307 aa  521  1e-147  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.138802  normal  0.188644 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5425  Transcriptional regulator  57.62 
 
 		 316 aa  333  2e-90  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1092  transcriptional regulator, LysR family  39.07 
 
 		 301 aa  169  5e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0509948  normal  0.0429857 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1722  LysR substrate-binding  38.41 
 
 		 301 aa  166  4e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0793479  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2041  transcriptional regulator, LysR family  38.41 
 
 		 301 aa  165  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.416222 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1272  LysR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 295 aa  165  1.0000000000000001e-39  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1590  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 302 aa  162  5.0000000000000005e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0319  putative transcriptional regulator  36.06 
 
 		 313 aa  157  3e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.404994  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02870  putative transcriptional regulator  34.94 
 
 		 313 aa  157  3e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00238694 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1185  LysR family transcriptional regulator  38.28 
 
 		 310 aa  154  2e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000000537468  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1293  LysR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 320 aa  151  1e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00171024  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1472  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 300 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.166956  normal  0.322339 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5409  LysR family protein  35.04 
 
 		 300 aa  147  2.0000000000000003e-34  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.152867  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1679  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 316 aa  146  4.0000000000000006e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.409194  normal  0.896834 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3548  transcriptional regulator LysR family  33.89 
 
 		 318 aa  144  1e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.280114  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4662  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 329 aa  144  2e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3756  LysR family transcriptional regulator  32.1 
 
 		 301 aa  141  1.9999999999999998e-32  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.231956  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1591  LysR family transcriptional regulator  35.61 
 
 		 324 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0175342  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4729  LysR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 317 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.417319  normal  0.651457 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1111  LysR family transcriptional regulator  35.61 
 
 		 317 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1568  LysR family transcriptional regulator  35.23 
 
 		 317 aa  139  6e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.841213  normal  0.890695 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1646  LysR family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 317 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1507  LysR family transcriptional regulator  34.09 
 
 		 317 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3568  transcriptional regulator, LysR family  30.79 
 
 		 312 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1487  LysR family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 317 aa  133  3e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.235813  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0223  transcriptional regulator, LysR family  32.58 
 
 		 308 aa  131  1.0000000000000001e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0239924 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1765  transcriptional regulator, LysR family  32.84 
 
 		 320 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.348978  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1264  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 317 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3187  LysR family transcriptional regulator  30.6 
 
 		 307 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3825  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 306 aa  130  3e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.363475 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1340  LysR family transcriptional regulator  30.72 
 
 		 317 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.875316  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1656  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.13 
 
 		 321 aa  129  7.000000000000001e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.227102  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2518  LysR family regulatory protein  30.45 
 
 		 311 aa  127  3e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2577  transcriptional regulator, LysR family  30.86 
 
 		 297 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.216536  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0140  LysR family transcriptional regulator  33.95 
 
 		 300 aa  120  3e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.273009  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3652  transcriptional regulator, LysR family  32.56 
 
 		 301 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0887356  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1817  LysR family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 310 aa  120  3.9999999999999996e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.330978  hitchhiker  0.00360584 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2268  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.51 
 
 		 302 aa  119  9e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.170931  normal  0.112201 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4382  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 300 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0548  LysR family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 316 aa  117  1.9999999999999998e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0178  LysR family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 303 aa  117  1.9999999999999998e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.758946 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3176  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 304 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.594001  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0907  transcriptional regulator, LysR family  28.82 
 
 		 302 aa  117  3e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0761  transcriptional regulator, LysR family  28.82 
 
 		 316 aa  117  3e-25  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.211674  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5126  LysR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 319 aa  117  3e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.255501  normal  0.155944 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2975  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 297 aa  116  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.819316  normal  0.0269268 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4153  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 299 aa  115  7.999999999999999e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0711  transcriptional regulator, LysR family  28.28 
 
 		 304 aa  115  8.999999999999998e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2928  transcriptional regulator, LysR family  34.78 
 
 		 309 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6218  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 321 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00215178 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3501  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 304 aa  114  2.0000000000000002e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.829127  normal  0.0458146 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5851  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 321 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.121988  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5122  transcriptional regulator, LysR family  30.45 
 
 		 298 aa  114  3e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3501  transcriptional regulator, LysR family  31.11 
 
 		 310 aa  113  4.0000000000000004e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.7374  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1720  LysR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 304 aa  113  5e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.501523 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1259  transcriptional regulator, LysR family  33.59 
 
 		 300 aa  112  6e-24  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6694  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 321 aa  112  9e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.32621 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4570  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 298 aa  112  9e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4035  transcriptional regulator, LysR family  30.22 
 
 		 305 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.176512  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3921  transcriptional regulator, LysR family  30.22 
 
 		 305 aa  111  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3118  transcriptional regulator, LysR family  33.84 
 
 		 313 aa  111  2.0000000000000002e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.752623  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6622  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 318 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.536281  normal  0.255489 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5280  LysR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 318 aa  110  3e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4629  transcriptional regulator, LysR family  30.6 
 
 		 332 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.31234 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2416  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  32.02 
 
 		 297 aa  110  4.0000000000000004e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.0000387203  decreased coverage  0.000000509864 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0963  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 334 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3624  transcriptional regulator, LysR family  31.11 
 
 		 310 aa  108  8.000000000000001e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2640  RuBisCO operon transcriptional regulator  31.06 
 
 		 305 aa  108  1e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4735  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 305 aa  108  1e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.52327  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3236  transcriptional regulator, LysR family  30.62 
 
 		 307 aa  107  3e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2826  LysR family transcriptional regulator  35.18 
 
 		 302 aa  107  4e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.123766 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6370  LysR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 309 aa  106  5e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5497  transcriptional regulator, LysR family  28.38 
 
 		 316 aa  106  5e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.315237  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4144  LysR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 307 aa  105  8e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4412  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 300 aa  104  2e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.481295  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1674  transcriptional regulator, LysR family  29.25 
 
 		 312 aa  103  3e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.247325  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0659  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 314 aa  103  4e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2671  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.34 
 
 		 313 aa  103  5e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00916902  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1158  LysR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 301 aa  103  5e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4492  transcriptional regulator, LysR family  29.53 
 
 		 306 aa  102  8e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.957194 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1338  putative transcriptional regulator  29.53 
 
 		 311 aa  102  1e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4552  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 307 aa  102  1e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_15210  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 311 aa  102  1e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.017601  hitchhiker  0.00000000286911 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0395  LysR family transcriptional regulator  36.67 
 
 		 315 aa  101  2e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.662274 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1704  LysR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 307 aa  100  2e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.407381  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2980  LysR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 304 aa  100  3e-20  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.562875  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1328  LysR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 304 aa  100  3e-20  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A3105  LysR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 304 aa  100  3e-20  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3526  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.43 
 
 		 301 aa  99.8  6e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.33739  normal  0.82105 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4825  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 303 aa  99  8e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.861271  normal  0.185461 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3334  transcriptional regulator, LysR family  30.77 
 
 		 302 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5397  LysR family transcriptional regulator  27.7 
 
 		 320 aa  98.2  1e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.547943  normal  0.012277 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5348  LysR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 320 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0041705 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2736  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  26.35 
 
 		 294 aa  98.2  2e-19  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  31.56 
 
 		 301 aa  97.1  3e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5512  transcriptional regulator, LysR family  26.92 
 
 		 311 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0909  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.49 
 
 		 298 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5257  LysR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 320 aa  97.1  4e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.85963 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5847  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 302 aa  96.7  5e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.632072  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>