More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ping_0418 on replicon NC_008709
Organism: Psychromonas ingrahamii 37



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008709  Ping_0418  transcriptional regulator of LysR family protein  100 
 
 		 120 aa  244  3e-64  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0250154 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2416  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  88.79 
 
 		 297 aa  199  1.9999999999999998e-50  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  decreased coverage  0.0000387203  decreased coverage  0.000000509864 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4570  LysR family transcriptional regulator  52.63 
 
 		 298 aa  124  3e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0395  LysR family transcriptional regulator  51.75 
 
 		 315 aa  122  1e-27  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.662274 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1259  transcriptional regulator, LysR family  51.75 
 
 		 300 aa  119  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0761  transcriptional regulator, LysR family  49.53 
 
 		 316 aa  117  4.9999999999999996e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.211674  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0907  transcriptional regulator, LysR family  49.53 
 
 		 302 aa  117  4.9999999999999996e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02870  putative transcriptional regulator  44.55 
 
 		 313 aa  95.1  3e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00238694 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3501  LysR family transcriptional regulator  43.56 
 
 		 304 aa  93.6  9e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.829127  normal  0.0458146 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0319  putative transcriptional regulator  43.56 
 
 		 313 aa  92  2e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.404994  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1092  transcriptional regulator, LysR family  45.65 
 
 		 301 aa  89.7  1e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0509948  normal  0.0429857 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1722  LysR substrate-binding  45.65 
 
 		 301 aa  89.4  1e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0793479  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2041  transcriptional regulator, LysR family  45.65 
 
 		 301 aa  89.7  1e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.416222 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1272  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 295 aa  87  9e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1293  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 320 aa  84.3  5e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00171024  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3568  transcriptional regulator, LysR family  43.16 
 
 		 312 aa  82.8  0.000000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2072  transcriptional regulator, LysR family  37.62 
 
 		 305 aa  82  0.000000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0751025 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1239  transcriptional regulator, LysR family  36.11 
 
 		 307 aa  82.4  0.000000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.138802  normal  0.188644 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3548  transcriptional regulator LysR family  43.62 
 
 		 318 aa  82  0.000000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.280114  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3756  LysR family transcriptional regulator  41.11 
 
 		 301 aa  81.6  0.000000000000003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.231956  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1472  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 300 aa  81.3  0.000000000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.166956  normal  0.322339 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4035  transcriptional regulator, LysR family  40.38 
 
 		 305 aa  80.5  0.000000000000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.176512  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1679  transcriptional regulator, LysR family  42.55 
 
 		 316 aa  80.5  0.000000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.409194  normal  0.896834 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1590  LysR family transcriptional regulator  37.96 
 
 		 302 aa  80.5  0.000000000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_3921  transcriptional regulator, LysR family  40.38 
 
 		 305 aa  80.5  0.000000000000007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4629  transcriptional regulator, LysR family  38.95 
 
 		 332 aa  80.1  0.00000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.31234 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0548  LysR family transcriptional regulator  41.05 
 
 		 316 aa  79.3  0.00000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1185  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 310 aa  79  0.00000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000000537468  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4662  transcriptional regulator, LysR family  41.49 
 
 		 329 aa  79  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1720  LysR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 304 aa  78.6  0.00000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.501523 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4202  transcriptional regulator, LysR family  37.14 
 
 		 302 aa  78.2  0.00000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3825  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 306 aa  77.8  0.00000000000005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.363475 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6622  LysR family transcriptional regulator  39.78 
 
 		 318 aa  77.4  0.00000000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.536281  normal  0.255489 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5851  LysR family transcriptional regulator  39.78 
 
 		 321 aa  77  0.00000000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.121988  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6218  LysR family transcriptional regulator  39.78 
 
 		 321 aa  77  0.00000000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00215178 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6694  LysR family transcriptional regulator  39.78 
 
 		 321 aa  77  0.00000000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.32621 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5122  transcriptional regulator, LysR family  38.39 
 
 		 298 aa  76.3  0.0000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5409  LysR family protein  40.62 
 
 		 300 aa  75.9  0.0000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.152867  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0778  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 306 aa  75.1  0.0000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2268  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  38.61 
 
 		 302 aa  74.3  0.0000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.170931  normal  0.112201 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4982  LysR family transcriptional regulator  40.57 
 
 		 307 aa  74.3  0.0000000000005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.960154 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2577  transcriptional regulator, LysR family  38.61 
 
 		 297 aa  73.9  0.0000000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.216536  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0223  transcriptional regulator, LysR family  40.91 
 
 		 308 aa  73.9  0.0000000000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0239924 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2928  transcriptional regulator, LysR family  34.02 
 
 		 309 aa  73.6  0.0000000000008  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5523  transcriptional regulator, LysR family  37.74 
 
 		 322 aa  73.6  0.0000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.553864 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1817  LysR family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 310 aa  73.6  0.0000000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.330978  hitchhiker  0.00360584 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0178  LysR family transcriptional regulator  38.95 
 
 		 303 aa  72.8  0.000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.758946 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5425  Transcriptional regulator  39.53 
 
 		 316 aa  72.8  0.000000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1674  transcriptional regulator, LysR family  34.95 
 
 		 312 aa  73.2  0.000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.247325  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2975  LysR family transcriptional regulator  34.82 
 
 		 297 aa  72  0.000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.819316  normal  0.0269268 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4382  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 300 aa  72.8  0.000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2824  LysR family transcriptional regulator  33.03 
 
 		 300 aa  72  0.000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2865  LysR family transcriptional regulator  33.03 
 
 		 300 aa  72  0.000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1340  LysR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 317 aa  71.6  0.000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.875316  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1708  LysR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 311 aa  71.6  0.000000000003  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00211796 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3512  LysR family transcriptional regulator  42.11 
 
 		 304 aa  71.6  0.000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.069263  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3118  transcriptional regulator, LysR family  34.02 
 
 		 313 aa  71.6  0.000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.752623  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0687  LysR family transcriptional regulator  34.51 
 
 		 328 aa  72  0.000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.730291 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02400  transcriptional regulator  35.78 
 
 		 300 aa  71.6  0.000000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2916  LysR family transcriptional regulator  33.03 
 
 		 300 aa  72  0.000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6374  LysR family transcriptional regulator  38.68 
 
 		 313 aa  71.6  0.000000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.436439 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1264  LysR family transcriptional regulator  33.01 
 
 		 317 aa  71.6  0.000000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5626  LysR family transcriptional regulator  38.68 
 
 		 316 aa  71.6  0.000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0807108 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3187  LysR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 307 aa  70.9  0.000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2511  transcriptional regulator, LysR family  33.04 
 
 		 290 aa  70.9  0.000000000006  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3652  transcriptional regulator, LysR family  33.93 
 
 		 301 aa  70.5  0.000000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0887356  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2826  LysR family transcriptional regulator  35.24 
 
 		 302 aa  70.1  0.000000000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.123766 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3501  transcriptional regulator, LysR family  34.02 
 
 		 310 aa  70.1  0.000000000009  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.7374  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4603  LysR family transcriptional regulator  38.61 
 
 		 294 aa  70.1  0.000000000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0215938 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3334  transcriptional regulator, LysR family  40 
 
 		 302 aa  69.7  0.00000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4144  LysR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 307 aa  69.7  0.00000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1158  LysR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 301 aa  70.1  0.00000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4492  transcriptional regulator, LysR family  34.29 
 
 		 306 aa  69.7  0.00000000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.957194 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3236  transcriptional regulator, LysR family  36.36 
 
 		 307 aa  68.9  0.00000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3924  transcriptional regulator, LysR family  32.71 
 
 		 316 aa  68.9  0.00000000002  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4735  LysR family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 305 aa  69.3  0.00000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.52327  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3165  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  40 
 
 		 302 aa  68.9  0.00000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.314195 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1656  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.37 
 
 		 321 aa  69.3  0.00000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.227102  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1711  LysR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 311 aa  69.3  0.00000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.316204  normal  0.702777 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0711  transcriptional regulator, LysR family  35.35 
 
 		 304 aa  69.3  0.00000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0140  LysR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 300 aa  69.3  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.273009  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3176  LysR family transcriptional regulator  35.14 
 
 		 304 aa  68.9  0.00000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.594001  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0963  LysR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 334 aa  68.6  0.00000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2518  LysR family regulatory protein  32.04 
 
 		 311 aa  68.2  0.00000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6427  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 307 aa  68.2  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6260  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 307 aa  68.2  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6662  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 307 aa  68.2  0.00000000004  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4825  LysR family transcriptional regulator  32.04 
 
 		 303 aa  67.8  0.00000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.861271  normal  0.185461 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4729  LysR family transcriptional regulator  35.92 
 
 		 317 aa  67.4  0.00000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.417319  normal  0.651457 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1111  LysR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 317 aa  67.4  0.00000000007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1591  LysR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 324 aa  67.4  0.00000000007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0175342  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1568  LysR family transcriptional regulator  36.63 
 
 		 317 aa  67.4  0.00000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.841213  normal  0.890695 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3624  transcriptional regulator, LysR family  31.96 
 
 		 310 aa  67  0.00000000008  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1646  LysR family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 317 aa  67  0.00000000009  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2454  lysR family transcriptional regulator  31.78 
 
 		 317 aa  66.6  0.0000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1507  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 317 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1487  LysR family transcriptional regulator  34.95 
 
 		 317 aa  66.6  0.0000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.235813  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2398  transcriptional regulator, LysR family  43.42 
 
 		 90 aa  65.9  0.0000000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5012  LysR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 294 aa  65.5  0.0000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2486  transcriptional regulator, LysR family  43.42 
 
 		 90 aa  65.9  0.0000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.297229  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>