More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2865 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2865  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 300 aa  596  1e-169  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2824  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 300 aa  596  1e-169  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2916  LysR family transcriptional regulator  99 
 
 		 300 aa  591  1e-168  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2753  LysR family transcriptional regulator  96.33 
 
 		 300 aa  556  1e-157  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2605  LysR family transcriptional regulator  76 
 
 		 302 aa  456  1e-127  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.983354  normal  0.529075 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3335  putative transcriptional regulator  58.84 
 
 		 311 aa  344  8.999999999999999e-94  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.661224  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39160  LysR family transcriptional regulator  59.18 
 
 		 311 aa  339  4e-92  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.255585  normal  0.408672 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2001  LysR family transcriptional regulator  60.27 
 
 		 300 aa  318  6e-86  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0200858  normal  0.0149686 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2339  LysR family transcriptional regulator  48.82 
 
 		 317 aa  277  1e-73  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.243483  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2532  transcriptional regulator, LysR family  51.71 
 
 		 330 aa  276  2e-73  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1518  transcriptional regulator, LysR family  48.48 
 
 		 317 aa  275  9e-73  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.462963  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01082  transcriptional regulator  51.37 
 
 		 337 aa  271  8.000000000000001e-72  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  decreased coverage  0.0000539431  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06237  transcriptional regulator  51.37 
 
 		 337 aa  271  8.000000000000001e-72  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.926001  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2542  LysR family transcriptional regulator  50 
 
 		 311 aa  270  2.9999999999999997e-71  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.535938  normal  0.053524 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4261  LysR family transcriptional regulator  49.17 
 
 		 303 aa  267  1e-70  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.902003  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4592  LysR family transcriptional regulator  51.7 
 
 		 309 aa  265  5.999999999999999e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0999  LysR family transcriptional regulator  47 
 
 		 302 aa  257  1e-67  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3747  LysR, substrate-binding  43.85 
 
 		 301 aa  258  1e-67  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1442  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  47.95 
 
 		 315 aa  256  2e-67  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1973  LysR family transcriptional regulator  46.94 
 
 		 307 aa  252  5.000000000000001e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0331729  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1994  LysR family substrate binding transcriptional regulator  44.85 
 
 		 301 aa  249  4e-65  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.415294  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2104  LysR family transcriptional regulator  44.85 
 
 		 301 aa  249  4e-65  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2357  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  44.85 
 
 		 301 aa  249  4e-65  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.189784  normal  0.547268 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1472  LysR family transcriptional regulator  47.18 
 
 		 301 aa  249  4e-65  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4759  LysR family transcriptional regulator  47.81 
 
 		 314 aa  249  4e-65  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.983634  normal  0.183649 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3985  LysR family transcriptional regulator  42.47 
 
 		 309 aa  248  1e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.927728  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4685  LysR family transcriptional regulator  46.96 
 
 		 301 aa  247  2e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.775055  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5304  LysR family transcriptional regulator  44.11 
 
 		 303 aa  242  5e-63  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.707101 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0615  LysR family transcriptional regulator  44.75 
 
 		 312 aa  241  1e-62  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.683803  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0225  LysR family transcriptional regulator  44.44 
 
 		 303 aa  241  1e-62  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.890252 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1541  LysR family transcriptional regulator  48 
 
 		 309 aa  240  2e-62  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01787  transcription regulator protein  43.77 
 
 		 297 aa  239  4e-62  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.933146 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2889  LysR family transcriptional regulator  48.84 
 
 		 300 aa  239  4e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.766287 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4053  LysR family transcriptional regulator  47.1 
 
 		 302 aa  239  4e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4313  LysR family transcriptional regulator  47.1 
 
 		 302 aa  239  4e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5249  LysR family transcriptional regulator  43.77 
 
 		 303 aa  239  5e-62  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.930091  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3472  LysR family transcriptional regulator  46.76 
 
 		 297 aa  239  5e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.106111 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5159  LysR family transcriptional regulator  43.77 
 
 		 303 aa  239  5e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.345446  normal  0.286178 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2373  LysR family transcriptional regulator  47.26 
 
 		 301 aa  237  2e-61  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2842  LysR family transcriptional regulator  44.19 
 
 		 322 aa  236  2e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.163599  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4265  transcriptional regulator, LysR family  46.08 
 
 		 315 aa  235  6e-61  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.562442 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4153  transcriptional regulator, LysR family  46.08 
 
 		 315 aa  235  6e-61  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0243  LysR family transcriptional regulator  45.95 
 
 		 302 aa  235  9e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33440  LysR family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 312 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0395632  normal  0.113428 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1127  LysR family transcriptional regulator  47.81 
 
 		 305 aa  233  3e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.157186  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4416  LysR family transcriptional regulator  42.81 
 
 		 309 aa  232  6e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.238609  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3986  LysR family transcriptional regulator  44.48 
 
 		 305 aa  232  7.000000000000001e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8248  transcriptional regulator, LysR family  43.19 
 
 		 301 aa  232  7.000000000000001e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.778214  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1405  transcriptional regulator, LysR family  42.38 
 
 		 329 aa  231  1e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.223999  normal  0.124738 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4263  LysR family transcriptional regulator  47.14 
 
 		 305 aa  230  2e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.391438  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1948  LysR family transcriptional regulator  43.45 
 
 		 325 aa  230  2e-59  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0632109  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2154  LysR family transcriptional regulator  47.81 
 
 		 305 aa  230  3e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.224535  normal  0.610808 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2189  transcriptional regulator, LysR family  47.65 
 
 		 308 aa  229  4e-59  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1781  LysR family transcriptional regulator  43.99 
 
 		 313 aa  229  4e-59  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.334421  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4320  LysR family transcriptional regulator  44.04 
 
 		 307 aa  228  7e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3143  LysR family transcriptional regulator  41.39 
 
 		 336 aa  228  8e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.937784  normal  0.0533201 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2964  transcriptional regulator, LysR family  45.73 
 
 		 304 aa  228  9e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.232186  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4092  LysR family transcriptional regulator  44.3 
 
 		 305 aa  228  9e-59  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.141925  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2119  LysR family transcriptional regulator  42.35 
 
 		 325 aa  227  2e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5530  LysR family transcriptional regulator  42.35 
 
 		 324 aa  226  3e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1746  LysR family transcriptional regulator  48.83 
 
 		 303 aa  226  3e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1075  LysR family transcriptional regulator  42.35 
 
 		 324 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0356329  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2240  LysR family transcriptional regulator  42.02 
 
 		 325 aa  225  8e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS05302  transcription regulator protein  44.66 
 
 		 329 aa  225  9e-58  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2226  LysR family transcriptional regulator  42.02 
 
 		 324 aa  224  1e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2201  LysR family transcriptional regulator  42.02 
 
 		 324 aa  224  1e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.253143  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5876  LysR family transcriptional regulator  42.02 
 
 		 324 aa  224  1e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1481  LysR family transcriptional regulator  44.83 
 
 		 301 aa  223  3e-57  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.354725  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1929  LysR family transcriptional regulator  42.52 
 
 		 323 aa  223  4e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.965755  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0518  LysR family transcriptional regulator  42.52 
 
 		 330 aa  222  4.9999999999999996e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0616  LysR family transcriptional regulator  42.52 
 
 		 330 aa  222  4.9999999999999996e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0756  LysR family transcriptional regulator  43.79 
 
 		 305 aa  222  6e-57  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5499  LysR family transcriptional regulator  45.7 
 
 		 297 aa  222  7e-57  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2822  LysR family transcriptional regulator  47.33 
 
 		 302 aa  221  9e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0559  LysR family transcriptional regulator  47.33 
 
 		 302 aa  221  9e-57  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.278274  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2878  LysR family transcriptional regulator  47.33 
 
 		 302 aa  221  9e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2830  LysR family transcriptional regulator  47.33 
 
 		 302 aa  221  9e-57  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0509138  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2451  LysR family transcriptional regulator  47.33 
 
 		 302 aa  221  9e-57  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1774  LysR family transcriptional regulator  47.33 
 
 		 302 aa  221  9e-57  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.793189  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2763  LysR family transcriptional regulator  47.33 
 
 		 302 aa  221  9e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.216588  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0781  LysR family transcriptional regulator  42.52 
 
 		 330 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2027  LysR family transcriptional regulator  41.37 
 
 		 321 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.4312  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1508  LysR family transcriptional regulator  42.52 
 
 		 323 aa  220  3e-56  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.922844  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2097  LysR family transcriptional regulator  42.52 
 
 		 323 aa  220  3e-56  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1052  LysR family transcriptional regulator  44.37 
 
 		 303 aa  219  6e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1067  transcriptional regulator, LysR family  44.37 
 
 		 303 aa  219  6e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.513058  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1018  LysR family transcriptional regulator  44.37 
 
 		 303 aa  219  6e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0986  LysR family transcriptional regulator  44.37 
 
 		 303 aa  219  6e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.27213  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0958  transcriptional regulator, LysR family  44.37 
 
 		 303 aa  219  6e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.360669  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1029  LysR family transcriptional regulator  47.14 
 
 		 305 aa  217  2e-55  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.874195  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1151  LysR family transcriptional regulator  46.8 
 
 		 305 aa  217  2e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0672  LysR family transcriptional regulator  46.8 
 
 		 305 aa  217  2e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5119  LysR family transcriptional regulator  44.78 
 
 		 305 aa  215  5.9999999999999996e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1033  LysR family transcriptional regulator  46.8 
 
 		 305 aa  213  4.9999999999999996e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.780318 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1955  LysR family transcriptional regulator  39.73 
 
 		 310 aa  210  2e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.043876 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2074  transcriptional regulator, LysR family  38.49 
 
 		 298 aa  210  3e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2311  transcriptional regulator, LysR family  38.83 
 
 		 298 aa  209  5e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.886713 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3137  transcriptional regulator, LysR family  43.05 
 
 		 319 aa  208  1e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00811136  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3004  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  44.26 
 
 		 319 aa  204  1e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0965  LysR family transcriptional regulator  39.67 
 
 		 314 aa  204  2e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.292002  normal  0.0128926 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>