More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_5281 on replicon NC_008391
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008391  Bamb_5281  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 310 aa  621  1e-177  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.971291  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3458  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 310 aa  621  1e-177  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2577  LysR family transcriptional regulator  96.77 
 
 		 310 aa  582  1.0000000000000001e-165  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.571324  normal  0.28199 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3970  LysR family transcriptional regulator  96.13 
 
 		 310 aa  577  1.0000000000000001e-163  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0573169 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3549  LysR family transcriptional regulator  95.81 
 
 		 310 aa  575  1.0000000000000001e-163  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450879  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5126  LysR family transcriptional regulator  95.16 
 
 		 310 aa  568  1e-161  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0428454 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2365  LysR family transcriptional regulator  83.87 
 
 		 310 aa  520  1e-146  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4814  transcriptional regulator, LysR family  55.16 
 
 		 312 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0274542 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4978  LysR family transcriptional regulator  40.26 
 
 		 309 aa  211  1e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4745  LysR family transcriptional regulator  38.44 
 
 		 313 aa  190  2.9999999999999997e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.729487  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3879  LysR family transcriptional regulator  37.87 
 
 		 303 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4763  LysR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 307 aa  172  5e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4579  LysR family transcriptional regulator  37.27 
 
 		 303 aa  172  6.999999999999999e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.263741  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4100  LysR family transcriptional regulator  37.27 
 
 		 303 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.733  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1310  LysR family transcriptional regulator  37.27 
 
 		 303 aa  171  1e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.000494191  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1403  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 303 aa  168  1e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.311386  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3815  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 361 aa  168  1e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000407942 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37220  LysR family transcriptional regulator  35.8 
 
 		 317 aa  167  2e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.923921  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3195  putative transcriptional regulator  35.41 
 
 		 363 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4468  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 		 315 aa  162  7e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.996518 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4170  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 349 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4692  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 347 aa  161  1e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0927  LysR family transcriptional regulator  35.67 
 
 		 348 aa  161  1e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5498  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 345 aa  158  9e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.232176 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3582  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 342 aa  158  9e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.283353  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0404  LysR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 311 aa  158  9e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.480543  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4785  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 		 342 aa  158  9e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0237769  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1729  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 291 aa  157  2e-37  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0978912  normal  0.139934 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3349  LysR family transcriptional regulator  35.45 
 
 		 297 aa  153  2.9999999999999998e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.89818  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2882  LysR family transcriptional regulator  36.02 
 
 		 320 aa  153  4e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.130369 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1443  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 311 aa  152  7e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.748078 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0474  LysR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 311 aa  145  7.0000000000000006e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1027  LysR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 314 aa  145  1e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1946  transcriptional regulator, LysR family  34.07 
 
 		 316 aa  144  2e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0007  LysR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 324 aa  144  2e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.702355 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1845  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 315 aa  143  3e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.136314  normal  0.795683 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1667  LysR family transcriptional regulator  33.07 
 
 		 321 aa  143  5e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2466  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 311 aa  140  1.9999999999999998e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1096  transcriptional regulator, LysR family  36.82 
 
 		 297 aa  140  3.9999999999999997e-32  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.000448558  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3622  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 316 aa  139  4.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.85611 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1507  LysR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 304 aa  137  2e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2124  LysR family transcriptional regulator  36.16 
 
 		 297 aa  136  5e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.01237  normal  0.0125374 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1775  LysR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 304 aa  130  3e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0671659 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3400  LysR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 296 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0974424  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3045  LysR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 296 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.458337  normal  0.369645 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3293  transcriptional regulator, LysR family  34.13 
 
 		 301 aa  125  9e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.563306  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4149  LysR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 307 aa  124  2e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.438214  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2263  transcriptional regulator, LysR family  30.42 
 
 		 299 aa  119  7e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0007  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 298 aa  116  3.9999999999999997e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2571  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 292 aa  115  1.0000000000000001e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.159237  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3810  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 293 aa  114  1.0000000000000001e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00430923 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3079  LysR family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 300 aa  112  9e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.149584  normal  0.0381152 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5799  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 306 aa  111  2.0000000000000002e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.192087 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3151  transcriptional regulator  31.5 
 
 		 302 aa  108  8.000000000000001e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.117197  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0814  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 295 aa  108  1e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.35587  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3933  transcriptional regulator, LysR family  26.67 
 
 		 306 aa  105  1e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5605  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 305 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5969  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 305 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0037011 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2111  LysR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 295 aa  103  3e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.308302  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2198  LysR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 295 aa  103  3e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.158475  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0718  LysR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 295 aa  103  3e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.921816  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1564  LysR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 295 aa  103  3e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6469  LysR family transcriptional regulator  28.01 
 
 		 305 aa  103  3e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.113472  normal  0.0944873 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0603  LysR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 295 aa  103  3e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1231  transcriptional regulator, LysR family  27.09 
 
 		 298 aa  103  3e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.214878  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2039  LysR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 295 aa  103  3e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.479863  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2901  LysR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 325 aa  99.8  5e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0129461 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1695  LysR family transcriptional regulator  29.82 
 
 		 299 aa  99.8  6e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0204  LysR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 339 aa  98.6  1e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6530  LysR family transcriptional regulator  30.52 
 
 		 292 aa  97.8  2e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.165496 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3423  LysR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 295 aa  97.8  2e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2361  LysR family transcriptional regulator  40.82 
 
 		 287 aa  97.1  3e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.709154  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3560  LysR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 287 aa  96.7  5e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2214  LysR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 287 aa  96.7  5e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.598338  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3671  transcriptional regulator, LysR family  32.67 
 
 		 288 aa  96.3  6e-19  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3882  LysR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 284 aa  96.3  6e-19  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2257  transcriptional regulator, LysR family  29.89 
 
 		 296 aa  95.9  9e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.304398 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5799  transcriptional regulator, LysR family  28.47 
 
 		 332 aa  95.1  1e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5676  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 292 aa  95.1  1e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2150  LysR family substrate binding transcriptional regulator  28.17 
 
 		 320 aa  95.1  1e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.651941  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6040  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 292 aa  95.1  1e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.061034 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2980  LysR family transcriptional regulator  36.57 
 
 		 311 aa  94.4  2e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0695506  normal  0.804372 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2124  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  28.17 
 
 		 320 aa  94.7  2e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.797631  normal  0.149196 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6251  LysR family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 327 aa  94.7  2e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.3738  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2141  transcriptional regulator, LysR family  37.32 
 
 		 299 aa  94  3e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.882286  normal  0.197682 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2476  transcriptional regulator, LysR family  32.66 
 
 		 295 aa  93.6  3e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.985162  normal  0.348723 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1788  LysR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 298 aa  93.6  3e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00324618 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0066  oxidative stress regulatory protein OxyR, putative  28.77 
 
 		 307 aa  93.6  4e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3436  LysR family transcriptional regulator  41.13 
 
 		 293 aa  93.6  4e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.223747  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2385  transcriptional regulator, LysR family  37.32 
 
 		 313 aa  93.6  4e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0284947  hitchhiker  0.00966213 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6172  transcriptional regulator, LysR family  35.88 
 
 		 290 aa  93.2  4e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.442907  normal  0.0562293 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3081  LysR family transcriptional regulator  41.13 
 
 		 293 aa  93.6  4e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.294093  normal  0.575157 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1461  transcriptional regulator, LysR family  33.67 
 
 		 301 aa  92.8  7e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2361  LysR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 318 aa  92  1e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.683125  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6263  transcriptional regulator, LysR family  34.92 
 
 		 304 aa  91.7  1e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2259  LysR family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 314 aa  91.7  1e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0076  transcriptional regulator, LysR family  26.71 
 
 		 302 aa  90.9  2e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0202  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.42 
 
 		 307 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3812  LysR family transcriptional regulator  33.09 
 
 		 321 aa  90.5  3e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7727  LysR family transcriptional regulator  31.98 
 
 		 298 aa  90.9  3e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.840004  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>