More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1036 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_1036  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 291 aa  576  1.0000000000000001e-163  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.391737  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1198  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 296 aa  177  2e-43  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.369484  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2122  transcriptional regulator, LysR family  36.08 
 
 		 296 aa  163  3e-39  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.371996  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2092  transcriptional regulator, LysR family  33.68 
 
 		 298 aa  150  2e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0300  transcriptional regulator, LysR family  38.37 
 
 		 301 aa  148  1.0000000000000001e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03093  transcription regulator protein  37.37 
 
 		 297 aa  146  3e-34  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.386003 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2130  transcriptional regulator, LysR family  32.99 
 
 		 292 aa  147  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.175681  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4798  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 304 aa  145  8.000000000000001e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0115843  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2178  transcriptional regulator, LysR family  32.65 
 
 		 292 aa  145  9e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0263296  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3373  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 295 aa  142  6e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3380  LysR family transcriptional regulator  39.27 
 
 		 299 aa  142  8e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.771452  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2930  LysR family transcriptional regulator  39.27 
 
 		 299 aa  142  8e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4072  LysR family transcriptional regulator  39.27 
 
 		 299 aa  142  8e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3998  LysR family transcriptional regulator  39.27 
 
 		 299 aa  142  8e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2989  LysR family transcriptional regulator  39.27 
 
 		 299 aa  142  8e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0203  LysR family transcriptional regulator  39.27 
 
 		 299 aa  142  8e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1613  LysR family transcriptional regulator  39.27 
 
 		 299 aa  142  8e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3334  LysR family transcriptional regulator  39.27 
 
 		 299 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0988  LysR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 310 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.665564 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0181  LysR family transcriptional regulator  35.83 
 
 		 314 aa  137  2e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.835722  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0014  LysR family transcriptional regulator  37.65 
 
 		 299 aa  137  2e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3918  transcriptional regulator, LysR family  37.65 
 
 		 299 aa  137  2e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.369694  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3388  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 305 aa  135  9e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.604965 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3052  LysR family transcriptional regulator  37.45 
 
 		 299 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3456  transcriptional regulator, LysR family  34.18 
 
 		 296 aa  134  1.9999999999999998e-30  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.192038  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2246  transcriptional regulator, LysR family  39.09 
 
 		 321 aa  134  3e-30  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.604756 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0099  LysR family transcriptional regulator  37.6 
 
 		 312 aa  123  3e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2974  LysR family transcriptional regulator  38 
 
 		 312 aa  123  3e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0081  LysR family transcriptional regulator  38 
 
 		 312 aa  123  3e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3262  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 299 aa  122  7e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.467777 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0072  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 312 aa  122  9e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0081  LysR family transcriptional regulator  36.8 
 
 		 312 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0083  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 299 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1600  LysR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 310 aa  118  9e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.102225 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1976  transcriptional regulator, LysR family  35.77 
 
 		 343 aa  113  4.0000000000000004e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.66022  normal  0.44727 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4609  transcriptional regulator, LysR family  34.04 
 
 		 289 aa  107  3e-22  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.461419 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4879  transcriptional regulator, LysR family  36.1 
 
 		 298 aa  107  3e-22  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3565  LysR family transcriptional regulator  32.49 
 
 		 303 aa  104  2e-21  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.116622  normal  0.0782096 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6793  transcriptional regulator, LysR family  32.82 
 
 		 319 aa  103  3e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0804  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 288 aa  103  4e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0513022 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0055  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 309 aa  102  7e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5919  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 332 aa  101  1e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0217311  normal  0.163471 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1084  LysR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 297 aa  101  2e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000126748  hitchhiker  0.00000896339 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0746  transcriptional regulator, LysR family  40.1 
 
 		 298 aa  100  3e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.265691  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4518  LysR family transcriptional regulator  35.35 
 
 		 306 aa  100  4e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26180  transcriptional regulator  34.27 
 
 		 302 aa  99.8  4e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.112143  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2323  transcriptional regulator, LysR family  35.68 
 
 		 307 aa  99.4  6e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2953  LysR family transcriptional regulator  41.78 
 
 		 294 aa  98.6  1e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0341  transcriptional regulator CysB  31.05 
 
 		 333 aa  97.4  2e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.136754  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2391  transcriptional regulator, LysR family  32.65 
 
 		 293 aa  97.4  2e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.586074 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0745  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 287 aa  97.4  3e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0276  transcriptional regulator, LysR family  31.48 
 
 		 295 aa  96.7  4e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.265614 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1045  transcriptional regulator, LysR family  33.8 
 
 		 303 aa  97.1  4e-19  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1477  LysR family transcriptional regulator  31 
 
 		 302 aa  96.7  4e-19  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1697  transcriptional regulator CysB  29.32 
 
 		 326 aa  96.7  4e-19  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.828749 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2086  transcriptional regulator, LysR family  34.02 
 
 		 307 aa  95.5  8e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.363313  normal  0.654508 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4950  LysR family transcriptional regulator  28.24 
 
 		 335 aa  95.9  8e-19  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1618  LysR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 311 aa  95.9  8e-19  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.340872  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49640  transcriptional regulator  33.2 
 
 		 300 aa  95.5  8e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.097129  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1669  transcriptional regulator CysB-like protein  26.49 
 
 		 312 aa  95.1  1e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0453898  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4236  transcriptional regulator  33.07 
 
 		 309 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.999782  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0815  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 288 aa  95.1  1e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 296 aa  94.4  2e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2469  transcriptional regulator CysB  28.74 
 
 		 324 aa  94.4  2e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1835  LysR family transcriptional regulator  34.96 
 
 		 287 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2805  LysR family transcriptional regulator  27.48 
 
 		 316 aa  94.4  2e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1151  transcriptional regulator, LysR family  30.92 
 
 		 302 aa  94.7  2e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0800  transcriptional regulator CysB-like protein  29.55 
 
 		 313 aa  94.4  2e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2204  LysR family transcriptional regulator  33.47 
 
 		 306 aa  94  2e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.150057 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3053  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 307 aa  94  3e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0266  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 307 aa  94  3e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1684  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 299 aa  93.6  3e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00688867  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1536  LysR, substrate-binding  37.43 
 
 		 294 aa  94  3e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.93912 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4229  putative LysR family transcriptional regulator  35.98 
 
 		 301 aa  92.8  5e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.552994  normal  0.0655244 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2180  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.37 
 
 		 307 aa  92.8  6e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.15464  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3528  LysR family transcriptional regulator  35.77 
 
 		 287 aa  92.4  7e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.235162  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3027  LysR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 296 aa  92.4  8e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.210707  normal  0.0983391 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3534  LysR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 293 aa  92  9e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.154456  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2000  transcriptional regulator, LysR family  30.84 
 
 		 299 aa  92.4  9e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.40236  normal  0.73412 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2239  LysR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 293 aa  92  9e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4044  transcriptional regulator, LysR family  33.47 
 
 		 307 aa  92.4  9e-18  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.180327  normal  0.114171 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2210  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 287 aa  92  1e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.441288  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0748  LysR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 310 aa  91.7  1e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4866  transcriptional regulator, LysR family  32.83 
 
 		 304 aa  91.7  1e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26681  putative Rubisco transcriptional regulator  29.14 
 
 		 323 aa  91.7  1e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3799  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 300 aa  91.7  1e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.353569  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2223  transcriptional regulator, LysR family  28.16 
 
 		 302 aa  91.7  1e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3226  LysR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 306 aa  91.7  1e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.60856 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2110  transcriptional regulator Cbl  31.02 
 
 		 316 aa  90.9  2e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  3.3178700000000003e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3737  LysR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 292 aa  91.3  2e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.440992 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3807  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 326 aa  90.9  2e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3724  LysR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 300 aa  91.3  2e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.282606 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1478  LysR family transcriptional regulator  35.58 
 
 		 309 aa  91.3  2e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0854082  hitchhiker  0.000187974 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4082  putative transcriptional regulator  33.88 
 
 		 286 aa  90.9  2e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1262  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 310 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0948373  normal  0.0721838 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1405  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 302 aa  91.3  2e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.893483  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5238  LysR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 287 aa  91.3  2e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0550  transcriptional regulator, LysR family  35.66 
 
 		 329 aa  90.9  2e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.644349  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47310  LysR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 286 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5621  LysR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 287 aa  91.3  2e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0412955 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>