More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_4698 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010552  BamMC406_4698  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 290 aa  580  1e-164  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.981446 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4176  LysR family transcriptional regulator  99.66 
 
 		 290 aa  575  1.0000000000000001e-163  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3809  LysR family transcriptional regulator  94.85 
 
 		 291 aa  546  1e-154  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.22688  hitchhiker  0.00755616 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3575  LysR family transcriptional regulator  95.86 
 
 		 290 aa  537  1e-151  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.441848  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5490  LysR family transcriptional regulator  95.86 
 
 		 290 aa  537  1e-151  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.19276 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4792  LysR family transcriptional regulator  95.86 
 
 		 290 aa  537  1e-151  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0919  LysR family transcriptional regulator  95.52 
 
 		 290 aa  532  1e-150  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3079  LysR family transcriptional regulator  56.95 
 
 		 345 aa  301  9e-81  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2879  LysR family transcriptional regulator  55.48 
 
 		 292 aa  295  7e-79  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4358  transcriptional regulator, LysR family  54.33 
 
 		 289 aa  292  6e-78  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.261709  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4073  LysR family transcriptional regulator  52.25 
 
 		 322 aa  276  4e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0627  transcriptional regulator, LysR family  52.26 
 
 		 295 aa  275  5e-73  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.133406  normal  0.406767 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3463  LysR family transcriptional regulator  51.53 
 
 		 305 aa  266  2e-70  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.600683 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0352  LysR family transcriptional regulator  50.51 
 
 		 297 aa  263  2e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0718  LysR family transcriptional regulator  49.27 
 
 		 294 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.235527 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4630  transcriptional regulator, LysR family  48.08 
 
 		 290 aa  243  3e-63  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.474885  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0384  LysR family transcriptional regulator  34.5 
 
 		 316 aa  140  3e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0070  LysR family transcriptional regulator  34 
 
 		 286 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1273  transcriptional regulator, LysR family  32.53 
 
 		 309 aa  139  4.999999999999999e-32  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0230632  normal  0.266535 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5448  LysR family transcriptional regulator  33.86 
 
 		 288 aa  138  8.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.778769 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4898  LysR family transcriptional regulator  33.86 
 
 		 288 aa  138  8.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.552051 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5621  LysR family transcriptional regulator  33.6 
 
 		 287 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5238  LysR family transcriptional regulator  33.6 
 
 		 287 aa  138  1e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2757  LysR family transcriptional regulator  36.58 
 
 		 292 aa  136  3.0000000000000003e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.486201  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0405  LysR family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 298 aa  136  4e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4609  LysR family transcriptional regulator  33.6 
 
 		 287 aa  136  4e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.46805  hitchhiker  0.000318313 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3226  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 		 306 aa  135  5e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.60856 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0438  transcriptional regulator, LysR family  33.46 
 
 		 322 aa  135  7.000000000000001e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0482  transcriptional regulator, LysR family  33.46 
 
 		 322 aa  135  7.000000000000001e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5774  transcriptional regulator LysR family  35 
 
 		 332 aa  134  1.9999999999999998e-30  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21400  Transcriptional regulator, LysR family  31.62 
 
 		 317 aa  131  1.0000000000000001e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49640  transcriptional regulator  35.38 
 
 		 300 aa  131  1.0000000000000001e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.097129  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0185  LysR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 299 aa  130  2.0000000000000002e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4236  transcriptional regulator  35.38 
 
 		 309 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.999782  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4450  LysR family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 283 aa  129  6e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3309  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 311 aa  129  7.000000000000001e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000301615  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0745  LysR family transcriptional regulator  34.66 
 
 		 287 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0683  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 283 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4357  transcriptional regulator, LysR family  31.68 
 
 		 283 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0795  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.69 
 
 		 291 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2391  transcriptional regulator, LysR family  33.59 
 
 		 293 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.586074 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2879  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 284 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.624518 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0301  LysR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 294 aa  125  6e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1284  LysR family transcriptional regulator  34.04 
 
 		 283 aa  125  1e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.32576  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2477  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 290 aa  124  1e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1647  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 289 aa  124  1e-27  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2346  transcriptional regulator, LysR family  30.94 
 
 		 293 aa  124  2e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.886093 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2046  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 287 aa  123  3e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.396353  normal  0.96684 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1608  LysR family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 287 aa  123  4e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4590  LysR family transcriptional regulator  35.08 
 
 		 318 aa  122  6e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12140  putative transcriptional regulator  33.08 
 
 		 297 aa  122  7e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5283  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 285 aa  122  9e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.287276  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2626  transcriptional regulator, LysR family  30.6 
 
 		 290 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.117522  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1806  LysR family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 284 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.712022 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0105  LysR family transcriptional regulator  38.82 
 
 		 284 aa  121  9.999999999999999e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3829  LysR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 289 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19019  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3363  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 294 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.443471  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5004  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 294 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.492991  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4785  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 291 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.285424  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4134  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 291 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.949354 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3382  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 291 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2821  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 291 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1683  LysR substrate-binding  33.07 
 
 		 292 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2002  transcriptional regulator, LysR family  33.07 
 
 		 292 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0525  LysR family transcriptional regulator  30.65 
 
 		 316 aa  120  1.9999999999999998e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4653  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 317 aa  120  1.9999999999999998e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.519057 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3167  LysR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 283 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2204  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 306 aa  121  1.9999999999999998e-26  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.150057 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2773  transcriptional regulator, LysR family  30.5 
 
 		 316 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.785949  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1319  transcriptional regulator, LysR family  33.62 
 
 		 299 aa  120  3e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.232258  normal  0.131151 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0877  transcriptional regulator, LysR family  31.76 
 
 		 287 aa  120  3e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.672229  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5203  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 291 aa  120  3e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.715781  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0717  transcriptional regulator, LysR family  33.85 
 
 		 292 aa  120  3e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.313627  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2337  LysR family transcriptional regulator  33.07 
 
 		 296 aa  120  3e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1467  LysR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 285 aa  120  3e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.398942 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2569  HTH-type transcriptional regulator PecT  33.33 
 
 		 312 aa  119  4.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00146874  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3803  LysR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 285 aa  119  4.9999999999999996e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.180645 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2833  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 312 aa  119  4.9999999999999996e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000597917  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0765  LysR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 322 aa  119  6e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.144728  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3317  LysR family transcriptional regulator  31.7 
 
 		 291 aa  119  6e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.176434 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5091  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 295 aa  119  6e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0219442 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2995  LysR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 321 aa  119  6e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0087  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 301 aa  119  7e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1300  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 299 aa  119  7e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.841181  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1448  LysR family transcriptional regulator  32.36 
 
 		 321 aa  119  7e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.427766  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2676  HTH-type transcriptional regulator PecT  33.33 
 
 		 312 aa  118  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00370653  normal  0.784227 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3534  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 293 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.154456  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0618  LysR family transcriptional regulator  32.36 
 
 		 286 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3040  LysR family transcriptional regulator  32.36 
 
 		 282 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.165856  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1578  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 367 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.170227  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3993  LysR family transcriptional regulator  29.56 
 
 		 296 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243747  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2514  HTH-type transcriptional regulator PecT  33.33 
 
 		 312 aa  118  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00051335  normal  0.704874 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2469  HTH-type transcriptional regulator PecT  33.33 
 
 		 312 aa  118  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000182505  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2239  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 293 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1478  LysR family transcriptional regulator  32.36 
 
 		 286 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0535  LysR family transcriptional regulator  32.36 
 
 		 286 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.605661  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3671  transcriptional regulator, LysR family  30.04 
 
 		 288 aa  118  9.999999999999999e-26  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1252  LysR family transcriptional regulator  32.36 
 
 		 286 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0804  LysR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 288 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0513022 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1326  LysR family transcriptional regulator  33.48 
 
 		 284 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0433346  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>