More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_4630 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011004  Rpal_4630  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 290 aa  573  1.0000000000000001e-162  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.474885  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0718  LysR family transcriptional regulator  57.19 
 
 		 294 aa  306  2.0000000000000002e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.235527 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3079  LysR family transcriptional regulator  51.86 
 
 		 345 aa  285  8e-76  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2879  LysR family transcriptional regulator  53.79 
 
 		 292 aa  278  9e-74  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0627  transcriptional regulator, LysR family  49.15 
 
 		 295 aa  258  6e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.133406  normal  0.406767 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4358  transcriptional regulator, LysR family  50.53 
 
 		 289 aa  256  3e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.261709  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4073  LysR family transcriptional regulator  48.62 
 
 		 322 aa  252  6e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0352  LysR family transcriptional regulator  48.12 
 
 		 297 aa  247  2e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3809  LysR family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 291 aa  235  8e-61  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.22688  hitchhiker  0.00755616 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3575  LysR family transcriptional regulator  48.08 
 
 		 290 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.441848  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5490  LysR family transcriptional regulator  48.08 
 
 		 290 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.19276 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4792  LysR family transcriptional regulator  48.08 
 
 		 290 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4698  LysR family transcriptional regulator  48.08 
 
 		 290 aa  232  5e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.981446 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0919  LysR family transcriptional regulator  48.08 
 
 		 290 aa  232  5e-60  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4176  LysR family transcriptional regulator  48.08 
 
 		 290 aa  231  8.000000000000001e-60  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3463  LysR family transcriptional regulator  45.21 
 
 		 305 aa  224  1e-57  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.600683 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2757  LysR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 292 aa  145  6e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.486201  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2477  LysR family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 290 aa  145  7.0000000000000006e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2665  transcriptional regulator LrhA  34.18 
 
 		 312 aa  139  3.9999999999999997e-32  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0194806  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3428  transcriptional regulator LrhA  34.18 
 
 		 312 aa  140  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0286077  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2582  transcriptional regulator LrhA  34.18 
 
 		 312 aa  139  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.210285  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1367  transcriptional regulator, LysR family  33.82 
 
 		 312 aa  139  4.999999999999999e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.189941  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02214  DNA-binding transcriptional repressor of flagellar, motility and chemotaxis genes  33.82 
 
 		 312 aa  138  8.999999999999999e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2438  transcriptional regulator LrhA  33.82 
 
 		 312 aa  138  8.999999999999999e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.340717  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02174  hypothetical protein  33.82 
 
 		 312 aa  138  8.999999999999999e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2444  transcriptional regulator LrhA  33.82 
 
 		 312 aa  138  8.999999999999999e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.531383  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1363  LysR family transcriptional regulator  33.82 
 
 		 312 aa  138  8.999999999999999e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.556937 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2551  transcriptional regulator, LysR family  32.44 
 
 		 311 aa  138  1e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.405251  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1467  LysR family transcriptional regulator  37.83 
 
 		 285 aa  137  1e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.398942 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3309  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 311 aa  136  3.0000000000000003e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000301615  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2569  HTH-type transcriptional regulator PecT  32.36 
 
 		 312 aa  136  4e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00146874  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2514  HTH-type transcriptional regulator PecT  32.36 
 
 		 312 aa  135  8e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00051335  normal  0.704874 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2469  HTH-type transcriptional regulator PecT  32.36 
 
 		 312 aa  135  8e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.00000000000182505  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2676  HTH-type transcriptional regulator PecT  32.36 
 
 		 312 aa  135  8e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.00370653  normal  0.784227 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2043  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 301 aa  135  9e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0201239 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0525  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 316 aa  134  1.9999999999999998e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2558  HTH-type transcriptional regulator PecT  32 
 
 		 312 aa  134  1.9999999999999998e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.00000175067  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2002  transcriptional regulator, LysR family  34.51 
 
 		 292 aa  133  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1683  LysR substrate-binding  34.51 
 
 		 292 aa  132  6e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1220  transcriptional regulator, LysR family  30.55 
 
 		 289 aa  132  6.999999999999999e-30  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.286254  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0717  transcriptional regulator, LysR family  33.71 
 
 		 292 aa  132  1.0000000000000001e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.313627  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4138  LysR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 292 aa  131  1.0000000000000001e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.151589 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1273  transcriptional regulator, LysR family  29.55 
 
 		 309 aa  130  2.0000000000000002e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0230632  normal  0.266535 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1817  LysR-family transcriptional regulatory protein  33.21 
 
 		 309 aa  130  3e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1452  transcriptional regulator LrhA  33.21 
 
 		 309 aa  130  3e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1393  transcriptional regulator, LysR family  31.3 
 
 		 309 aa  130  4.0000000000000003e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00391228  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1129  transcriptional regulator, LysR family  30.3 
 
 		 289 aa  129  4.0000000000000003e-29  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.412971  normal  0.826624 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0795  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.82 
 
 		 291 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1559  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 310 aa  129  5.0000000000000004e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.30474  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1461  transcriptional regulator, LysR family  31.84 
 
 		 301 aa  129  6e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2773  transcriptional regulator, LysR family  29.89 
 
 		 316 aa  129  8.000000000000001e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.785949  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0301  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 294 aa  128  9.000000000000001e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2713  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 281 aa  127  2.0000000000000002e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0696841  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4355  transcriptional regulator, LysR family  33.7 
 
 		 297 aa  127  2.0000000000000002e-28  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4935  LysR family transcriptional regulator  33.83 
 
 		 285 aa  127  3e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.929926  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2045  transcriptional regulator, LysR family  32.76 
 
 		 285 aa  125  7e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000182672 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2674  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 294 aa  125  8.000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1845  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 303 aa  125  1e-27  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000102688 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2337  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 296 aa  125  1e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3829  LysR family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 289 aa  125  1e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19019  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2391  transcriptional regulator, LysR family  32.2 
 
 		 293 aa  124  1e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.586074 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1491  transcriptional regulator, LysR family  30.25 
 
 		 316 aa  125  1e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2833  LysR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 312 aa  125  1e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000597917  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0482  transcriptional regulator, LysR family  29.96 
 
 		 322 aa  124  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3081  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 323 aa  124  2e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5283  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 285 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.287276  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3363  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 294 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.443471  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0438  transcriptional regulator, LysR family  29.96 
 
 		 322 aa  124  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4417  LysR family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 294 aa  124  2e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0255776 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5004  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 294 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.492991  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21400  Transcriptional regulator, LysR family  29.37 
 
 		 317 aa  123  3e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3916  LysR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 300 aa  123  4e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0255667  normal  0.120293 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1319  transcriptional regulator, LysR family  31.47 
 
 		 299 aa  122  8e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.232258  normal  0.131151 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5774  transcriptional regulator LysR family  30.53 
 
 		 332 aa  122  8e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0185  LysR family transcriptional regulator  32.83 
 
 		 299 aa  121  9.999999999999999e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3585  transcriptional regulator, LysR family  31.99 
 
 		 298 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0651173 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3972  transcriptional regulator, LysR family  32.28 
 
 		 290 aa  122  9.999999999999999e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.539767  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0877  transcriptional regulator, LysR family  32.39 
 
 		 287 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.672229  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3226  LysR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 306 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.60856 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4590  LysR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 318 aa  120  1.9999999999999998e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2383  LysR family transcriptional regulator  32.82 
 
 		 294 aa  120  3e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0384  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 316 aa  120  3e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0666  LysR family transcriptional regulator  32.7 
 
 		 294 aa  119  3.9999999999999996e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.659834  normal  0.452137 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4609  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 287 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.46805  hitchhiker  0.000318313 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2980  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 311 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0695506  normal  0.804372 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3618  transcriptional regulator, LysR family  32.29 
 
 		 284 aa  119  4.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0243  LysR family transcriptional regulator  29.52 
 
 		 289 aa  119  6e-26  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2879  LysR family transcriptional regulator  33.71 
 
 		 284 aa  118  9e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.624518 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49640  transcriptional regulator  33.08 
 
 		 300 aa  118  9e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.097129  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3319  transcriptional regulator, LysR family  31.36 
 
 		 284 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.914032  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4450  LysR family transcriptional regulator  34.18 
 
 		 283 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1647  LysR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 289 aa  117  1.9999999999999998e-25  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5238  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 287 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0274  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 286 aa  117  1.9999999999999998e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0607  transcriptional regulator, LysR family  31.8 
 
 		 298 aa  117  1.9999999999999998e-25  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5621  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 287 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0512  transcriptional regulator LysR family  32.34 
 
 		 287 aa  117  3e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.440355  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0070  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 286 aa  117  3e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4236  transcriptional regulator  32.71 
 
 		 309 aa  117  3e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.999782  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5304  transcriptional regulator, LysR family  31.25 
 
 		 289 aa  116  3e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>