More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3079 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_3079  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 345 aa  686    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2879  LysR family transcriptional regulator  74.32 
 
 		 292 aa  428  1e-119  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4073  LysR family transcriptional regulator  54.21 
 
 		 322 aa  305  9.000000000000001e-82  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0627  transcriptional regulator, LysR family  54.24 
 
 		 295 aa  305  9.000000000000001e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.133406  normal  0.406767 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3809  LysR family transcriptional regulator  57.29 
 
 		 291 aa  302  5.000000000000001e-81  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.22688  hitchhiker  0.00755616 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5490  LysR family transcriptional regulator  57.29 
 
 		 290 aa  290  2e-77  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.19276 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3575  LysR family transcriptional regulator  57.29 
 
 		 290 aa  290  2e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.441848  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4792  LysR family transcriptional regulator  57.29 
 
 		 290 aa  290  2e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4358  transcriptional regulator, LysR family  55.25 
 
 		 289 aa  290  3e-77  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.261709  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3463  LysR family transcriptional regulator  54.28 
 
 		 305 aa  288  7e-77  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.600683 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4176  LysR family transcriptional regulator  56.61 
 
 		 290 aa  288  1e-76  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4698  LysR family transcriptional regulator  56.95 
 
 		 290 aa  286  2.9999999999999996e-76  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.981446 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0919  LysR family transcriptional regulator  56.27 
 
 		 290 aa  285  9e-76  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4630  transcriptional regulator, LysR family  51.86 
 
 		 290 aa  285  1.0000000000000001e-75  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.474885  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0352  LysR family transcriptional regulator  52.38 
 
 		 297 aa  285  1.0000000000000001e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0718  LysR family transcriptional regulator  53.45 
 
 		 294 aa  273  3e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.235527 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2757  LysR family transcriptional regulator  35.94 
 
 		 292 aa  139  4.999999999999999e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.486201  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0301  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 294 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3916  LysR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 300 aa  128  1.0000000000000001e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0255667  normal  0.120293 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0717  transcriptional regulator, LysR family  33.82 
 
 		 292 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.313627  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4450  LysR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 283 aa  127  3e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2674  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 294 aa  124  2e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1578  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 367 aa  124  3e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.170227  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1319  transcriptional regulator, LysR family  32.65 
 
 		 299 aa  122  8e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.232258  normal  0.131151 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5304  transcriptional regulator, LysR family  32.19 
 
 		 289 aa  121  9.999999999999999e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1448  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 321 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.427766  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0384  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 316 aa  121  1.9999999999999998e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4609  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 287 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.46805  hitchhiker  0.000318313 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5238  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 287 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4898  LysR family transcriptional regulator  34.96 
 
 		 288 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.552051 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5621  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 287 aa  121  1.9999999999999998e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5448  LysR family transcriptional regulator  34.96 
 
 		 288 aa  120  3e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.778769 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1266  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 328 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.496224  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3226  LysR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 306 aa  120  3e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.60856 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1478  LysR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 286 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1252  LysR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 286 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0535  LysR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 286 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.605661  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2995  LysR family transcriptional regulator  32.09 
 
 		 321 aa  120  3.9999999999999996e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0618  LysR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 286 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2045  transcriptional regulator, LysR family  31.1 
 
 		 285 aa  119  6e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000182672 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4236  transcriptional regulator  35.04 
 
 		 309 aa  119  7e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.999782  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0765  LysR family transcriptional regulator  32.39 
 
 		 322 aa  119  9e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.144728  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0087  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 301 aa  118  9.999999999999999e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2477  LysR family transcriptional regulator  30.47 
 
 		 290 aa  118  9.999999999999999e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2002  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 292 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1683  LysR substrate-binding  33.45 
 
 		 292 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3040  LysR family transcriptional regulator  32.49 
 
 		 282 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.165856  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2337  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 296 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1129  transcriptional regulator, LysR family  29.3 
 
 		 289 aa  118  1.9999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.412971  normal  0.826624 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0070  LysR family transcriptional regulator  33.74 
 
 		 286 aa  117  3e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2019  LysR family transcriptional regulator  30.85 
 
 		 285 aa  117  3.9999999999999997e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.682077  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1220  transcriptional regulator, LysR family  28.21 
 
 		 289 aa  117  3.9999999999999997e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.286254  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0185  LysR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 299 aa  117  3.9999999999999997e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4935  LysR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 285 aa  116  5e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.929926  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0795  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.25 
 
 		 291 aa  116  6e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1273  transcriptional regulator, LysR family  29.86 
 
 		 309 aa  116  6.9999999999999995e-25  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0230632  normal  0.266535 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0482  transcriptional regulator, LysR family  29.89 
 
 		 322 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0438  transcriptional regulator, LysR family  29.89 
 
 		 322 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0512  transcriptional regulator LysR family  32.93 
 
 		 287 aa  115  1.0000000000000001e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.440355  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4355  transcriptional regulator, LysR family  32.62 
 
 		 297 aa  114  2.0000000000000002e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21400  Transcriptional regulator, LysR family  29.56 
 
 		 317 aa  114  2.0000000000000002e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1238  LysR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 282 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.804975  normal  0.249608 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1144  LysR family transcriptional regulator  33.59 
 
 		 282 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2053  LysR family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 282 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_49640  transcriptional regulator  35.5 
 
 		 300 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.097129  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5774  transcriptional regulator LysR family  30.1 
 
 		 332 aa  114  2.0000000000000002e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3803  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 285 aa  114  3e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.180645 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1156  LysR family transcriptional regulator  33.59 
 
 		 282 aa  114  3e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.243733 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1845  LysR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 303 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000102688 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4417  LysR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 294 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0255776 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1168  LysR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 291 aa  113  5e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.851796  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2806  LysR family transcriptional regulator  31.67 
 
 		 286 aa  113  6e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.469753  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0785  LysR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 282 aa  113  6e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4409  LysR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 282 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4190  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 282 aa  112  8.000000000000001e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0252504  normal  0.417297 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4590  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 318 aa  112  9e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0615  transcription regulator protein  32.26 
 
 		 289 aa  111  2.0000000000000002e-23  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.528971 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3363  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 294 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.443471  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5283  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 285 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.287276  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5004  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 294 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.492991  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5384  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  36.44 
 
 		 300 aa  110  3e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.629114  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0105  LysR family transcriptional regulator  35.9 
 
 		 284 aa  110  3e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1284  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 283 aa  110  4.0000000000000004e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.32576  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0745  LysR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 287 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5814  LysR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 298 aa  109  6e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.282606 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2391  transcriptional regulator, LysR family  31.88 
 
 		 293 aa  109  6e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.586074 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1647  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 289 aa  109  7.000000000000001e-23  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1479  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 294 aa  109  8.000000000000001e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0277632  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3829  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 289 aa  108  9.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19019  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3167  LysR family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 283 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3882  LysR family transcriptional regulator  27.43 
 
 		 284 aa  108  1e-22  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4938  transcriptional regulator, LysR family  31.46 
 
 		 283 aa  108  2e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6433  transcriptional regulator, LysR family  29.11 
 
 		 291 aa  108  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00757839 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2346  transcriptional regulator, LysR family  32.65 
 
 		 293 aa  108  2e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.886093 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2586  transcriptional regulator LysR family  31.09 
 
 		 324 aa  107  2e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2703  transcriptional regulator, LysR family  28.93 
 
 		 296 aa  107  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4825  transcriptional regulator, LysR family  29.53 
 
 		 293 aa  108  2e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0864247  normal  0.0253512 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4490  transcriptional regulator, LysR family  29.11 
 
 		 302 aa  107  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32360  lysR family transcriptional regulator  33.96 
 
 		 292 aa  108  2e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0231568  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2569  HTH-type transcriptional regulator PecT  30.25 
 
 		 312 aa  107  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.00146874  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>