More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bpro_3233 on replicon NC_007948
Organism: Polaromonas sp. JS666



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007948  Bpro_3233  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 299 aa  605  9.999999999999999e-173  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.409104  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4473  transcriptional regulator, LysR family  70.25 
 
 		 288 aa  409  1e-113  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.240645  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5068  LysR family transcriptional regulator  57.14 
 
 		 317 aa  310  2e-83  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.728384 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5373  LysR family transcriptional regulator  54.96 
 
 		 280 aa  310  2e-83  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0478258  normal  0.118386 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3159  LysR family transcriptional regulator  53.36 
 
 		 282 aa  292  4e-78  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.358465  normal  0.467321 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3644  LysR family transcriptional regulator  44.52 
 
 		 300 aa  265  7e-70  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.130745  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3128  LysR family transcriptional regulator  50.54 
 
 		 306 aa  263  2e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.133122 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3438  putative transcriptional regulator  46.95 
 
 		 287 aa  257  2e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40550  LysR family transcriptional regulator  45.88 
 
 		 287 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3346  LysR family transcriptional regulator  47.08 
 
 		 288 aa  251  1e-65  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2350  LysR family transcriptional regulator  47.08 
 
 		 288 aa  250  2e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000822225 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51150  LysR family transcriptional regulator protein  49.45 
 
 		 283 aa  250  2e-65  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.390095  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1950  LysR family transcriptional regulator  46.39 
 
 		 288 aa  249  5e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.189656  normal  0.030866 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1790  LysR family transcriptional regulator  46.05 
 
 		 288 aa  248  7e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.971037  normal  0.169978 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3076  transcriptional regulator  43.53 
 
 		 281 aa  239  4e-62  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.513194  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3498  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  45.76 
 
 		 288 aa  234  1.0000000000000001e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.30302  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2328  transcriptional regulator  43.37 
 
 		 283 aa  232  6e-60  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.475016 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2990  HTH-type transcriptional regulator  43.33 
 
 		 299 aa  227  2e-58  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0429  LysR family transcriptional regulator  41.6 
 
 		 283 aa  222  7e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0398764  normal  1 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8398  transcriptional regulator, LysR family  41.33 
 
 		 284 aa  221  9.999999999999999e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.276908  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0151  LysR family transcriptional regulator  33.81 
 
 		 279 aa  155  1e-36  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0562554  normal  0.687826 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3087  LysR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 282 aa  152  5e-36  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.964725 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000959  transcriptional regulator LysR family  32.43 
 
 		 297 aa  151  1e-35  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000225633  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3668  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 281 aa  149  7e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.013804  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06999  transcriptional regulator  32.05 
 
 		 297 aa  149  7e-35  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1884  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 289 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000190321  normal  0.897251 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2441  transcriptional regulator, LysR family  31.65 
 
 		 289 aa  147  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0102974  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1850  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 289 aa  147  3e-34  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000138291  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1836  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 		 289 aa  147  3e-34  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000103059  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0220  LysR family transcriptional regulator  32.84 
 
 		 306 aa  145  9e-34  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2897  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 294 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000450249  normal  0.952694 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0178  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  32.1 
 
 		 290 aa  140  3e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2202  LysR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 286 aa  139  3.9999999999999997e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1595  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 281 aa  137  2e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.352603  normal  0.949342 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2403  LysR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 285 aa  137  2e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0937382  normal  0.998699 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1482  transcriptional regulator, LysR family protein  30.69 
 
 		 284 aa  137  2e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.0000799068  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2193  LysR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 286 aa  136  4e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0865555  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2270  LysR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 286 aa  133  3.9999999999999996e-30  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1746  LysR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 282 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1997  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 290 aa  131  1.0000000000000001e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000823864  normal  0.228125 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2759  transcriptional regulator of LysR family protein  30.15 
 
 		 282 aa  128  1.0000000000000001e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.219454  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2309  regulatory protein, LysR  29.81 
 
 		 279 aa  127  2.0000000000000002e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000228634  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3779  transcriptional regulator HdfR  28.62 
 
 		 275 aa  119  7e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3309  transcriptional regulator, LysR family  31.27 
 
 		 283 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.317431  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0150  transcriptional regulator HdfR  25.76 
 
 		 293 aa  114  2.0000000000000002e-24  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.275664  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0478  transcriptional regulator HdfR  25.76 
 
 		 293 aa  114  2.0000000000000002e-24  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.76751  normal  0.0689063 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4064  transcriptional regulator HdfR  25.76 
 
 		 293 aa  114  2.0000000000000002e-24  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.656049  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4764  transcriptional regulator HdfR  27.61 
 
 		 277 aa  113  3e-24  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4108  transcriptional regulator HdfR  28.09 
 
 		 278 aa  112  8.000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4288  transcriptional regulator HdfR  27.72 
 
 		 278 aa  110  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4180  transcriptional regulator HdfR  27.72 
 
 		 278 aa  110  2.0000000000000002e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2199  LysR family transcriptional regulator  30.43 
 
 		 281 aa  111  2.0000000000000002e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0928681 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4225  transcriptional regulator HdfR  28.62 
 
 		 275 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4229  transcriptional regulator HdfR  27.72 
 
 		 278 aa  110  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.778273  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4123  transcriptional regulator HdfR  27.72 
 
 		 278 aa  110  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0134  transcriptional regulator HdfR  25.09 
 
 		 275 aa  110  3e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4018  transcriptional regulator HdfR  26.97 
 
 		 273 aa  109  5e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0119675 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4035  transcriptional regulator HdfR  27.78 
 
 		 275 aa  107  3e-22  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4276  transcriptional regulator HdfR  27.31 
 
 		 279 aa  107  3e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.669275  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5199  transcriptional regulator HdfR  27.31 
 
 		 279 aa  107  3e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.077479  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03642  transcriptional regulator HdfR  27.31 
 
 		 279 aa  106  4e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.653155  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4211  transcriptional regulator, LysR family  27.31 
 
 		 279 aa  106  4e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4131  transcriptional regulator HdfR  27.31 
 
 		 279 aa  106  4e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.136622  normal  0.368379 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4238  transcriptional regulator HdfR  27.31 
 
 		 279 aa  106  4e-22  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.115223  normal  0.0994443 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03591  hypothetical protein  27.31 
 
 		 279 aa  106  4e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.732971  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3981  transcriptional regulator HdfR  27.31 
 
 		 279 aa  106  4e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4155  transcriptional regulator HdfR  26.94 
 
 		 279 aa  104  2e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0309  transcriptional regulator, LysR family protein  26.77 
 
 		 289 aa  90.1  4e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1102  LysR family transcriptional regulator  24.05 
 
 		 289 aa  89.4  8e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3186  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 291 aa  87  4e-16  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.992217 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0714  LysR family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 298 aa  82.4  0.000000000000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5919  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 332 aa  81.3  0.00000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0217311  normal  0.163471 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0727  LysR family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 298 aa  81.6  0.00000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2695  LysR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 299 aa  79.3  0.00000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.311344 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5176  transcriptional regulator, LysR family  30.81 
 
 		 300 aa  79.3  0.00000000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1711  LysR family transcriptional regulator  31.94 
 
 		 311 aa  79  0.00000000000009  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.316204  normal  0.702777 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8459  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 310 aa  78.6  0.0000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.983783  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2148  LysR family transcriptional regulator  31.61 
 
 		 329 aa  77.4  0.0000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3631  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 306 aa  78.2  0.0000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.489296 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1293  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 294 aa  77.4  0.0000000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000772751  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3562  transcriptional regulator  29.82 
 
 		 281 aa  76.6  0.0000000000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.105 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3936  LysR family transcriptional regulator  22.95 
 
 		 295 aa  76.6  0.0000000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2180  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.41 
 
 		 307 aa  76.3  0.0000000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.15464  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_12140  putative transcriptional regulator  36.05 
 
 		 297 aa  76.3  0.0000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2077  LysR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 296 aa  75.9  0.0000000000007  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.235572  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3129  nitrogen assimilation transcriptional regulator  33.53 
 
 		 307 aa  75.9  0.0000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1708  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 311 aa  75.1  0.000000000001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00211796 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3392  LysR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 281 aa  75.5  0.000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0913399 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1410  LysR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 286 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2824  LysR family transcriptional regulator  35.26 
 
 		 306 aa  74.7  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0879  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 300 aa  74.7  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.388933 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0989  LysR, substrate-binding  29.65 
 
 		 300 aa  74.3  0.000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.745768  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0561  LysR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 281 aa  74.3  0.000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0476  LysR family transcriptional regulator  30.51 
 
 		 319 aa  73.9  0.000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3464  LysR family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 316 aa  73.9  0.000000000003  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0263  transcriptional regulator, LysR family  25.25 
 
 		 322 aa  73.9  0.000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0383  transcriptional regulator, LysR family  32.16 
 
 		 297 aa  73.6  0.000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.715241  normal  0.903063 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01942  probable transcriptional regulator  27.68 
 
 		 287 aa  73.2  0.000000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.22412  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2246  transcriptional regulator, LysR family  31.43 
 
 		 286 aa  73.2  0.000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2022  LysR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 286 aa  72.8  0.000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>