More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5373 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5373  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 280 aa  570  1.0000000000000001e-162  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0478258  normal  0.118386 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4473  transcriptional regulator, LysR family  55.87 
 
 		 288 aa  315  5e-85  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.240645  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5068  LysR family transcriptional regulator  51.26 
 
 		 317 aa  285  8e-76  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.728384 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3233  LysR family transcriptional regulator  52.84 
 
 		 299 aa  277  1e-73  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.409104  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3159  LysR family transcriptional regulator  50.37 
 
 		 282 aa  268  5e-71  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.358465  normal  0.467321 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3128  LysR family transcriptional regulator  43.57 
 
 		 306 aa  238  6.999999999999999e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.133122 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3438  putative transcriptional regulator  45.35 
 
 		 287 aa  236  4e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_40550  LysR family transcriptional regulator  43.84 
 
 		 287 aa  235  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1790  LysR family transcriptional regulator  43.93 
 
 		 288 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.971037  normal  0.169978 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1950  LysR family transcriptional regulator  43.93 
 
 		 288 aa  231  7.000000000000001e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.189656  normal  0.030866 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2350  LysR family transcriptional regulator  43.84 
 
 		 288 aa  231  8.000000000000001e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000822225 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3346  LysR family transcriptional regulator  43.48 
 
 		 288 aa  230  2e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3644  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 300 aa  227  2e-58  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.130745  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3498  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  43.12 
 
 		 288 aa  221  9.999999999999999e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.30302  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51150  LysR family transcriptional regulator protein  43.68 
 
 		 283 aa  220  1.9999999999999999e-56  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.390095  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3076  transcriptional regulator  41.88 
 
 		 281 aa  220  1.9999999999999999e-56  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.513194  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2328  transcriptional regulator  40.86 
 
 		 283 aa  211  1e-53  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.475016 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8398  transcriptional regulator, LysR family  37.05 
 
 		 284 aa  196  3e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.276908  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2990  HTH-type transcriptional regulator  41.86 
 
 		 299 aa  195  7e-49  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0429  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 283 aa  191  1e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0398764  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0151  LysR family transcriptional regulator  32.71 
 
 		 279 aa  149  6e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0562554  normal  0.687826 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0178  HTH-type transcriptional regulator, LysR family  33.82 
 
 		 290 aa  138  8.999999999999999e-32  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2759  transcriptional regulator of LysR family protein  30.6 
 
 		 282 aa  130  2.0000000000000002e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.219454  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3087  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 282 aa  128  1.0000000000000001e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.964725 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2202  LysR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 286 aa  125  1e-27  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1746  LysR family transcriptional regulator  31.32 
 
 		 282 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2403  LysR family transcriptional regulator  31.7 
 
 		 285 aa  120  3.9999999999999996e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0937382  normal  0.998699 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1884  LysR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 289 aa  119  4.9999999999999996e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000190321  normal  0.897251 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4018  transcriptional regulator HdfR  30.34 
 
 		 273 aa  119  6e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0119675 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2199  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 281 aa  119  6e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0928681 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2441  transcriptional regulator, LysR family  30.19 
 
 		 289 aa  119  7e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0102974  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1836  LysR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 289 aa  119  7e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000103059  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1850  LysR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 289 aa  119  7e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000138291  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2193  LysR family transcriptional regulator  31.7 
 
 		 286 aa  118  7.999999999999999e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0865555  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4155  transcriptional regulator HdfR  30.25 
 
 		 279 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1482  transcriptional regulator, LysR family protein  29.96 
 
 		 284 aa  117  1.9999999999999998e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.0000799068  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3309  transcriptional regulator, LysR family  30 
 
 		 283 aa  117  3e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.317431  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1997  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 290 aa  116  5e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000823864  normal  0.228125 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4108  transcriptional regulator HdfR  31.23 
 
 		 278 aa  116  5e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000959  transcriptional regulator LysR family  28.4 
 
 		 297 aa  115  7.999999999999999e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000000225633  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3981  transcriptional regulator HdfR  29.89 
 
 		 279 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03642  transcriptional regulator HdfR  29.89 
 
 		 279 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.653155  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4211  transcriptional regulator, LysR family  29.89 
 
 		 279 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03591  hypothetical protein  29.89 
 
 		 279 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.732971  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5199  transcriptional regulator HdfR  29.89 
 
 		 279 aa  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.077479  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4229  transcriptional regulator HdfR  30.86 
 
 		 278 aa  114  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.778273  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4180  transcriptional regulator HdfR  30.86 
 
 		 278 aa  114  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4238  transcriptional regulator HdfR  29.89 
 
 		 279 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.115223  normal  0.0994443 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4123  transcriptional regulator HdfR  30.86 
 
 		 278 aa  114  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4131  transcriptional regulator HdfR  29.89 
 
 		 279 aa  114  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.136622  normal  0.368379 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4276  transcriptional regulator HdfR  29.89 
 
 		 279 aa  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.669275  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4288  transcriptional regulator HdfR  30.94 
 
 		 278 aa  114  2.0000000000000002e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2270  LysR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 286 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06999  transcriptional regulator  28.79 
 
 		 297 aa  114  3e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2897  LysR family transcriptional regulator  29 
 
 		 294 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000450249  normal  0.952694 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1595  LysR family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 281 aa  110  2.0000000000000002e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.352603  normal  0.949342 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0220  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 306 aa  110  2.0000000000000002e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0134  transcriptional regulator HdfR  30.22 
 
 		 275 aa  110  3e-23  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2309  regulatory protein, LysR  28.79 
 
 		 279 aa  109  4.0000000000000004e-23  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000000228634  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1102  LysR family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 289 aa  107  2e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4225  transcriptional regulator HdfR  28.57 
 
 		 275 aa  105  1e-21  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3779  transcriptional regulator HdfR  28.31 
 
 		 275 aa  105  1e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4064  transcriptional regulator HdfR  28.57 
 
 		 293 aa  103  4e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.656049  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3668  LysR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 281 aa  103  4e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.013804  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0150  transcriptional regulator HdfR  28.57 
 
 		 293 aa  103  4e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.275664  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0478  transcriptional regulator HdfR  28.57 
 
 		 293 aa  103  4e-21  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.76751  normal  0.0689063 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4035  transcriptional regulator HdfR  29.21 
 
 		 275 aa  103  4e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4764  transcriptional regulator HdfR  30.19 
 
 		 277 aa  102  1e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0309  transcriptional regulator, LysR family protein  27.24 
 
 		 289 aa  93.6  4e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6619  transcriptional regulator, LysR family  30.33 
 
 		 300 aa  86.7  4e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5155  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 303 aa  86.7  4e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3464  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 316 aa  85.5  8e-16  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3838  LysR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 327 aa  85.1  0.000000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.204635  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2122  LysR family transcriptional regulator  28.73 
 
 		 297 aa  85.1  0.000000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.303428  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5919  LysR family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 332 aa  85.1  0.000000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0217311  normal  0.163471 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1151  transcriptional regulator, LysR family  31.64 
 
 		 302 aa  84.3  0.000000000000002  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3151  transcriptional regulator  35.62 
 
 		 302 aa  83.6  0.000000000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.117197  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3924  transcriptional regulator, LysR family  35.58 
 
 		 316 aa  84  0.000000000000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2695  LysR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 299 aa  84  0.000000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.311344 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5176  transcriptional regulator, LysR family  30.86 
 
 		 300 aa  83.6  0.000000000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2443  DNA-binding transcriptional activator GcvA  31.56 
 
 		 300 aa  82.8  0.000000000000006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.586469  normal  0.671238 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3186  LysR family transcriptional regulator  29.27 
 
 		 291 aa  82.8  0.000000000000006  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.992217 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2608  LysR family transcriptional regulator  30.18 
 
 		 300 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1279  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 310 aa  80.9  0.00000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.574858 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2034  LysR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 303 aa  80.1  0.00000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.376919  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3534  LysR substrate-binding protein  32.93 
 
 		 292 aa  80.5  0.00000000000003  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0357  transcriptional regulator  31.84 
 
 		 286 aa  80.1  0.00000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.449267  unclonable  0.0000000664485 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2511  transcriptional regulator, LysR family  31.94 
 
 		 290 aa  80.1  0.00000000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49340  LysR family transcriptional regulator protein  31.36 
 
 		 312 aa  79.7  0.00000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2180  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.14 
 
 		 307 aa  79.7  0.00000000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.15464  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3085  LysR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 341 aa  79.3  0.00000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1477  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 302 aa  79.3  0.00000000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3400  LysR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 296 aa  79.3  0.00000000000007  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0974424  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3045  LysR family transcriptional regulator  31.45 
 
 		 296 aa  79.3  0.00000000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.458337  normal  0.369645 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3267  LysR family transcriptional regulator  25.31 
 
 		 283 aa  79  0.00000000000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.486644  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0007  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 298 aa  79  0.00000000000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0165  LysR family transcriptional regulator  31.74 
 
 		 306 aa  78.6  0.0000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.945791  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1892  LysR family transcriptional regulator  35.48 
 
 		 304 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0154443  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6272  LysR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 316 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5976  LysR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 316 aa  78.2  0.0000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>