More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSP_3400 on replicon NC_007494
Organism: Rhodobacter sphaeroides 2.4.1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007494  RSP_3400  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 296 aa  581  1.0000000000000001e-165  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0974424  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3045  LysR family transcriptional regulator  99.66 
 
 		 296 aa  579  1e-164  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.458337  normal  0.369645 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0007  LysR family transcriptional regulator  65.98 
 
 		 298 aa  380  1e-104  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3815  LysR family transcriptional regulator  40.75 
 
 		 361 aa  204  1e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000407942 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1096  transcriptional regulator, LysR family  39.42 
 
 		 297 aa  203  3e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.000448558  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2124  LysR family transcriptional regulator  39.27 
 
 		 297 aa  202  6e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.01237  normal  0.0125374 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0404  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 311 aa  199  3e-50  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.480543  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4170  LysR family transcriptional regulator  40.75 
 
 		 349 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5498  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 345 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.232176 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0927  LysR family transcriptional regulator  40.21 
 
 		 348 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4785  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 342 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0237769  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3582  LysR family transcriptional regulator  40.07 
 
 		 342 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.283353  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4692  LysR family transcriptional regulator  40.41 
 
 		 347 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4468  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 315 aa  195  9e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.996518 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4763  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 307 aa  192  6e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1729  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 291 aa  191  1e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0978912  normal  0.139934 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1507  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 304 aa  188  1e-46  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1667  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 321 aa  188  1e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1443  LysR family transcriptional regulator  38.08 
 
 		 311 aa  187  2e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.748078 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1946  transcriptional regulator, LysR family  35.86 
 
 		 316 aa  187  2e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3622  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 316 aa  184  1.0000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.85611 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1845  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 315 aa  181  9.000000000000001e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.136314  normal  0.795683 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2882  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 320 aa  173  2.9999999999999996e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.130369 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3349  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 297 aa  171  1e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.89818  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2571  LysR family transcriptional regulator  36.9 
 
 		 292 aa  163  4.0000000000000004e-39  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.159237  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1403  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 303 aa  158  1e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.311386  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4579  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 303 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.263741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1310  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 303 aa  156  3e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.000494191  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37220  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 		 317 aa  156  3e-37  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.923921  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3879  LysR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 303 aa  156  4e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4100  LysR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 303 aa  155  7e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.733  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1775  LysR family transcriptional regulator  37.27 
 
 		 304 aa  154  1e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0671659 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3195  putative transcriptional regulator  34.4 
 
 		 363 aa  154  1e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2263  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 299 aa  152  7e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0007  LysR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 324 aa  149  7e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.702355 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3151  transcriptional regulator  35.86 
 
 		 302 aa  148  1.0000000000000001e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.117197  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4149  LysR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 307 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.438214  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3293  transcriptional regulator, LysR family  35.59 
 
 		 301 aa  138  1e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.563306  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1027  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 314 aa  138  1e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5799  transcriptional regulator, LysR family  30.18 
 
 		 332 aa  134  1.9999999999999998e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2257  transcriptional regulator, LysR family  34.72 
 
 		 296 aa  134  1.9999999999999998e-30  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.304398 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0888  transcriptional regulator, LysR family  30.5 
 
 		 300 aa  132  6.999999999999999e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4745  LysR family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 313 aa  129  8.000000000000001e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.729487  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3458  LysR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 310 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5281  LysR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 310 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.971291  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3079  LysR family transcriptional regulator  27.99 
 
 		 300 aa  127  3e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.149584  normal  0.0381152 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2901  LysR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 325 aa  125  7e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0129461 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2466  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 311 aa  125  9e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4814  transcriptional regulator, LysR family  31.1 
 
 		 312 aa  124  1e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0274542 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6251  LysR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 327 aa  124  2e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.3738  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3810  LysR family transcriptional regulator  30.16 
 
 		 293 aa  120  3e-26  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00430923 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6469  LysR family transcriptional regulator  31.39 
 
 		 305 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.113472  normal  0.0944873 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2122  LysR family transcriptional regulator  28.73 
 
 		 297 aa  119  6e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.303428  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0474  LysR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 311 aa  119  6e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5126  LysR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 310 aa  119  7.999999999999999e-26  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0428454 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5969  LysR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 305 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0037011 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1231  transcriptional regulator, LysR family  30.15 
 
 		 298 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.214878  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5605  LysR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 305 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0569  LysR family transcriptional regulator  31.75 
 
 		 290 aa  117  3e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3970  LysR family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 310 aa  116  3.9999999999999997e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0573169 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0076  transcriptional regulator, LysR family  30.3 
 
 		 302 aa  116  5e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2577  LysR family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 310 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.571324  normal  0.28199 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0960  LysR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 295 aa  115  7.999999999999999e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.234863  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3549  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 310 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450879  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2365  LysR family transcriptional regulator  30.4 
 
 		 310 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0204  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 339 aa  109  5e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2361  LysR family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 318 aa  109  7.000000000000001e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.683125  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3933  transcriptional regulator, LysR family  26.69 
 
 		 306 aa  108  1e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5155  LysR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 303 aa  108  1e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4978  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 309 aa  107  3e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1892  LysR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 304 aa  107  3e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0154443  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6329  transcriptional regulator, LysR family  31.18 
 
 		 299 aa  106  5e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0290063  hitchhiker  0.00524783 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2259  LysR family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 314 aa  103  4e-21  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5799  LysR family transcriptional regulator  30.19 
 
 		 306 aa  102  5e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.192087 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6072  transcriptional regulator, LysR family  27.43 
 
 		 311 aa  101  1e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2124  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  29.3 
 
 		 320 aa  101  1e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.797631  normal  0.149196 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_02870  putative transcriptional regulator  30.95 
 
 		 313 aa  101  1e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00238694 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2150  LysR family substrate binding transcriptional regulator  28.94 
 
 		 320 aa  100  2e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.651941  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0319  putative transcriptional regulator  30.1 
 
 		 313 aa  95.5  9e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.404994  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1151  transcriptional regulator, LysR family  29.43 
 
 		 302 aa  95.1  1e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0055  LysR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 309 aa  92.4  8e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3953  transcriptional regulator, LysR family  31.85 
 
 		 300 aa  91.7  1e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.319845  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3273  LysR family transcriptional regulator  33.88 
 
 		 293 aa  90.9  2e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.215219 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0456  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 294 aa  89.7  5e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2156  LysR family transcriptional regulator  26.24 
 
 		 300 aa  88.6  1e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0788  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 334 aa  88.6  1e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2775  transcriptional regulator, LysR family  29.84 
 
 		 297 aa  88.2  2e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.332368  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2223  transcriptional regulator, LysR family  29.84 
 
 		 302 aa  88.2  2e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3123  transcriptional regulator, LysR family  28.22 
 
 		 293 aa  87.4  2e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_5986  transcriptional regulator, LysR family  33.6 
 
 		 309 aa  87.8  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.431484  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3076  transcriptional regulator  35.06 
 
 		 281 aa  88.2  2e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.513194  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8309  transcriptional regulator, LysR family  32.64 
 
 		 318 aa  87.8  2e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.207125  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6478  transcriptional regulator, LysR family  33.6 
 
 		 309 aa  87.8  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3623  LysR family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 299 aa  87.4  3e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0498  transcriptional regulator, LysR family  26.64 
 
 		 292 aa  87.4  3e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1345  transcriptional regulator, LysR family  29.51 
 
 		 300 aa  87.4  3e-16  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0839604  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0080  LysR family transcriptional regulator  24.05 
 
 		 303 aa  87  4e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2269  transcriptional regulator, LysR family  28.91 
 
 		 303 aa  87  4e-16  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0276  transcriptional regulator, LysR family  29.63 
 
 		 295 aa  85.9  7e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.265614 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  21.48 
 
 		 300 aa  85.9  8e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>