More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_4579 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_4579  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 303 aa  605  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.263741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1310  LysR family transcriptional regulator  99.34 
 
 		 303 aa  601  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.000494191  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4100  LysR family transcriptional regulator  98.01 
 
 		 303 aa  593  1e-168  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.733  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3879  LysR family transcriptional regulator  96.7 
 
 		 303 aa  589  1e-167  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1403  LysR family transcriptional regulator  70.2 
 
 		 303 aa  444  1e-123  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.311386  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3195  putative transcriptional regulator  68.75 
 
 		 363 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37220  LysR family transcriptional regulator  68.42 
 
 		 317 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.923921  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0007  LysR family transcriptional regulator  46.36 
 
 		 324 aa  289  4e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.702355 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4763  LysR family transcriptional regulator  44.15 
 
 		 307 aa  250  3e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3815  LysR family transcriptional regulator  43.3 
 
 		 361 aa  226  4e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000407942 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0927  LysR family transcriptional regulator  44.36 
 
 		 348 aa  225  5.0000000000000005e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4170  LysR family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 349 aa  226  5.0000000000000005e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4692  LysR family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 347 aa  224  2e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4785  LysR family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 342 aa  219  3e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0237769  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3582  LysR family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 342 aa  219  3e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.283353  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5498  LysR family transcriptional regulator  43.64 
 
 		 345 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.232176 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1443  LysR family transcriptional regulator  41.91 
 
 		 311 aa  218  1e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.748078 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4468  LysR family transcriptional regulator  41.54 
 
 		 315 aa  212  7e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.996518 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4745  LysR family transcriptional regulator  39.2 
 
 		 313 aa  211  9e-54  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.729487  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1729  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 291 aa  192  7e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0978912  normal  0.139934 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3458  LysR family transcriptional regulator  37.27 
 
 		 310 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5281  LysR family transcriptional regulator  37.27 
 
 		 310 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.971291  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2365  LysR family transcriptional regulator  36.53 
 
 		 310 aa  172  9e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2124  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 297 aa  169  7e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.01237  normal  0.0125374 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1096  transcriptional regulator, LysR family  36.47 
 
 		 297 aa  167  2e-40  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.000448558  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0404  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 311 aa  164  1.0000000000000001e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.480543  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2577  LysR family transcriptional regulator  37.64 
 
 		 310 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.571324  normal  0.28199 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1667  LysR family transcriptional regulator  33.83 
 
 		 321 aa  163  4.0000000000000004e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5126  LysR family transcriptional regulator  37.27 
 
 		 310 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0428454 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3549  LysR family transcriptional regulator  37.27 
 
 		 310 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450879  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3970  LysR family transcriptional regulator  37.27 
 
 		 310 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0573169 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1946  transcriptional regulator, LysR family  33.59 
 
 		 316 aa  160  3e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3045  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 296 aa  157  2e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.458337  normal  0.369645 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3400  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 296 aa  157  2e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0974424  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0007  LysR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 298 aa  157  2e-37  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1507  LysR family transcriptional regulator  32.96 
 
 		 304 aa  156  5.0000000000000005e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1027  LysR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 314 aa  156  5.0000000000000005e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2882  LysR family transcriptional regulator  32.49 
 
 		 320 aa  155  9e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.130369 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1845  LysR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 315 aa  154  2e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.136314  normal  0.795683 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1775  LysR family transcriptional regulator  36.03 
 
 		 304 aa  153  2.9999999999999998e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0671659 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3293  transcriptional regulator, LysR family  34.43 
 
 		 301 aa  150  4e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.563306  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4814  transcriptional regulator, LysR family  32.17 
 
 		 312 aa  148  9e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0274542 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3622  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 316 aa  146  3e-34  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.85611 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2263  transcriptional regulator, LysR family  30.69 
 
 		 299 aa  144  2e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4978  LysR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 309 aa  139  7e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3349  LysR family transcriptional regulator  33.07 
 
 		 297 aa  139  7.999999999999999e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.89818  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2466  LysR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 311 aa  134  1.9999999999999998e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0474  LysR family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 311 aa  132  7.999999999999999e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4149  LysR family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 307 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.438214  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2571  LysR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 292 aa  129  4.0000000000000003e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.159237  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2257  transcriptional regulator, LysR family  30.61 
 
 		 296 aa  126  4.0000000000000003e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.304398 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0888  transcriptional regulator, LysR family  31.3 
 
 		 300 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2361  LysR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 318 aa  116  3.9999999999999997e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.683125  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1231  transcriptional regulator, LysR family  29.71 
 
 		 298 aa  111  2.0000000000000002e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.214878  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3933  transcriptional regulator, LysR family  27.84 
 
 		 306 aa  110  3e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0814  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 295 aa  109  6e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.35587  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2198  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 295 aa  107  3e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.158475  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2111  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 295 aa  107  3e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.308302  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1564  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 295 aa  107  3e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0603  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 295 aa  107  3e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0718  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 295 aa  107  3e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.921816  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2039  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 295 aa  107  3e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.479863  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3151  transcriptional regulator  28.23 
 
 		 302 aa  104  2e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.117197  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0076  transcriptional regulator, LysR family  29.96 
 
 		 302 aa  104  2e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3079  LysR family transcriptional regulator  28.84 
 
 		 300 aa  104  2e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.149584  normal  0.0381152 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0482  transcriptional regulator, LysR family  28.42 
 
 		 322 aa  102  9e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0438  transcriptional regulator, LysR family  28.42 
 
 		 322 aa  102  9e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0223  transcriptional regulator, LysR family  31.48 
 
 		 314 aa  102  1e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5799  transcriptional regulator, LysR family  26.27 
 
 		 332 aa  101  2e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1695  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 299 aa  100  4e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2065  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 320 aa  100  4e-20  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.102765  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002320  Transcriptional regulator, LysR family  25.93 
 
 		 303 aa  99.4  7e-20  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.726256  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6251  LysR family transcriptional regulator  28.69 
 
 		 327 aa  97.8  2e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.3738  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0384  LysR family transcriptional regulator  33.93 
 
 		 316 aa  97.8  2e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5969  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 305 aa  97.1  3e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0037011 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5605  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 305 aa  97.1  3e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00035  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  26.69 
 
 		 302 aa  96.7  5e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2150  LysR family substrate binding transcriptional regulator  28.31 
 
 		 320 aa  96.3  6e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.651941  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3810  LysR family transcriptional regulator  28.79 
 
 		 293 aa  96.3  6e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00430923 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6072  transcriptional regulator, LysR family  26.67 
 
 		 311 aa  96.3  6e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0788  LysR family transcriptional regulator  30.49 
 
 		 334 aa  95.9  7e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6469  LysR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 305 aa  95.9  8e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.113472  normal  0.0944873 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5774  transcriptional regulator LysR family  32.2 
 
 		 332 aa  95.1  1e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0055  LysR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 309 aa  95.1  1e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2124  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  28.31 
 
 		 320 aa  95.5  1e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.797631  normal  0.149196 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2213  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  26.62 
 
 		 297 aa  95.1  1e-18  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1892  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 304 aa  94.7  2e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0154443  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2523  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 298 aa  92.8  6e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0665746  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2901  LysR family transcriptional regulator  25.56 
 
 		 325 aa  92.8  7e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0129461 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2259  LysR family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 314 aa  92.4  8e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5799  LysR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 306 aa  92  1e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.192087 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3677  transcriptional regulator, LysR family  28.51 
 
 		 292 aa  91.7  1e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.307485  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0080  LysR family transcriptional regulator  26.33 
 
 		 303 aa  92  1e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1778  hydrogen peroxide-inducible genes activator  26.98 
 
 		 296 aa  91.3  2e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1779  hydrogen peroxide-inducible genes activator  26.62 
 
 		 296 aa  90.9  2e-17  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0047  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 308 aa  91.3  2e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1575  transcriptional regulator, LysR family  27.08 
 
 		 295 aa  90.9  2e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000381269  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1479  LysR family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 289 aa  90.5  3e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.175288 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4749  LysR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 303 aa  90.5  4e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0228204 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3618  LysR family transcriptional regulator  30.21 
 
 		 303 aa  90.5  4e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>