More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_1667 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_1667  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 321 aa  645    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1845  LysR family transcriptional regulator  77.12 
 
 		 315 aa  495  1e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.136314  normal  0.795683 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1946  transcriptional regulator, LysR family  80.41 
 
 		 316 aa  490  1e-137  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3622  LysR family transcriptional regulator  79.73 
 
 		 316 aa  485  1e-136  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.85611 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2882  LysR family transcriptional regulator  73.63 
 
 		 320 aa  446  1.0000000000000001e-124  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.130369 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2124  LysR family transcriptional regulator  46.57 
 
 		 297 aa  284  1.0000000000000001e-75  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.01237  normal  0.0125374 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1096  transcriptional regulator, LysR family  46.21 
 
 		 297 aa  283  2.0000000000000002e-75  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.000448558  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1507  LysR family transcriptional regulator  46.13 
 
 		 304 aa  258  6e-68  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3349  LysR family transcriptional regulator  46.58 
 
 		 297 aa  255  8e-67  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.89818  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1729  LysR family transcriptional regulator  38.97 
 
 		 291 aa  248  8e-65  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0978912  normal  0.139934 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4468  LysR family transcriptional regulator  38.19 
 
 		 315 aa  206  5e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.996518 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4692  LysR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 347 aa  205  8e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4170  LysR family transcriptional regulator  38.85 
 
 		 349 aa  204  1e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4785  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 342 aa  203  4e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0237769  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3582  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 342 aa  203  4e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.283353  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5498  LysR family transcriptional regulator  40.14 
 
 		 345 aa  202  5e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.232176 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0927  LysR family transcriptional regulator  39.58 
 
 		 348 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4763  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 307 aa  200  3e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1443  LysR family transcriptional regulator  37.55 
 
 		 311 aa  197  2.0000000000000003e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.748078 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3815  LysR family transcriptional regulator  39.45 
 
 		 361 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000407942 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3400  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 296 aa  188  1e-46  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0974424  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1027  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 314 aa  187  1e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3045  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 296 aa  188  1e-46  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.458337  normal  0.369645 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2263  transcriptional regulator, LysR family  33.9 
 
 		 299 aa  182  5.0000000000000004e-45  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2257  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 296 aa  173  2.9999999999999996e-42  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.304398 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0404  LysR family transcriptional regulator  34.86 
 
 		 311 aa  168  9e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.480543  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4100  LysR family transcriptional regulator  34.2 
 
 		 303 aa  163  3e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.733  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4579  LysR family transcriptional regulator  33.83 
 
 		 303 aa  163  4.0000000000000004e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.263741  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2571  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 292 aa  163  4.0000000000000004e-39  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.159237  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1310  LysR family transcriptional regulator  33.83 
 
 		 303 aa  162  6e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.000494191  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0007  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 298 aa  162  7e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3879  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 303 aa  162  8.000000000000001e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1403  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 303 aa  160  3e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.311386  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2361  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 318 aa  158  1e-37  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.683125  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4149  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 307 aa  152  7e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.438214  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4745  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 313 aa  152  7e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.729487  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1775  LysR family transcriptional regulator  34.81 
 
 		 304 aa  150  2e-35  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0671659 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3195  putative transcriptional regulator  31.94 
 
 		 363 aa  150  2e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3151  transcriptional regulator  33.56 
 
 		 302 aa  150  4e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.117197  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37220  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 317 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.923921  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0007  LysR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 324 aa  144  1e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.702355 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3293  transcriptional regulator, LysR family  35.06 
 
 		 301 aa  144  3e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.563306  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2466  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 311 aa  143  4e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3458  LysR family transcriptional regulator  33.07 
 
 		 310 aa  143  5e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5281  LysR family transcriptional regulator  33.07 
 
 		 310 aa  143  5e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.971291  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3079  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 300 aa  142  7e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.149584  normal  0.0381152 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5126  LysR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 310 aa  139  8.999999999999999e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0428454 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6469  LysR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 305 aa  137  2e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.113472  normal  0.0944873 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5969  LysR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 305 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0037011 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5605  LysR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 305 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1892  LysR family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 304 aa  136  5e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0154443  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0888  transcriptional regulator, LysR family  28.92 
 
 		 300 aa  135  9e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2577  LysR family transcriptional regulator  33.07 
 
 		 310 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.571324  normal  0.28199 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5799  transcriptional regulator, LysR family  30.25 
 
 		 332 aa  133  3e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2365  LysR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 310 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3549  LysR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 310 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450879  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3970  LysR family transcriptional regulator  32.68 
 
 		 310 aa  132  5e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0573169 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6251  LysR family transcriptional regulator  31.11 
 
 		 327 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.3738  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2901  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 325 aa  130  3e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0129461 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0076  transcriptional regulator, LysR family  29.66 
 
 		 302 aa  130  4.0000000000000003e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3810  LysR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 293 aa  128  1.0000000000000001e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00430923 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1231  transcriptional regulator, LysR family  29.51 
 
 		 298 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.214878  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4814  transcriptional regulator, LysR family  30.64 
 
 		 312 aa  124  2e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0274542 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0569  LysR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 290 aa  123  5e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0474  LysR family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 311 aa  122  7e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3933  transcriptional regulator, LysR family  25.26 
 
 		 306 aa  122  9.999999999999999e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2122  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 297 aa  116  5e-25  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.303428  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6072  transcriptional regulator, LysR family  26.21 
 
 		 311 aa  115  6.9999999999999995e-25  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5080  LysR family transcriptional regulator  32.25 
 
 		 364 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3171  LysR family transcriptional regulator  32.25 
 
 		 364 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0080  LysR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 303 aa  115  1.0000000000000001e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5197  LysR family transcriptional regulator  32.25 
 
 		 380 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.093521  decreased coverage  0.00215851 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5155  LysR family transcriptional regulator  30.4 
 
 		 303 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 298 aa  113  4.0000000000000004e-24  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0204  LysR family transcriptional regulator  29 
 
 		 339 aa  112  7.000000000000001e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2253  transcriptional regulator, LysR family  29.14 
 
 		 303 aa  112  7.000000000000001e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.105468  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  31.84 
 
 		 296 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0960  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 295 aa  110  4.0000000000000004e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.234863  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 		 298 aa  110  4.0000000000000004e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5799  LysR family transcriptional regulator  28 
 
 		 306 aa  109  6e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.192087 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  32.59 
 
 		 298 aa  108  1e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0814  LysR family transcriptional regulator  28.25 
 
 		 295 aa  108  1e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.35587  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 295 aa  107  3e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 298 aa  106  5e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1293  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 294 aa  105  8e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000772751  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1564  LysR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 295 aa  105  1e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0603  LysR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 295 aa  105  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2111  LysR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 295 aa  105  1e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.308302  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0718  LysR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 295 aa  105  1e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.921816  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2039  LysR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 295 aa  105  1e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.479863  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2198  LysR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 295 aa  105  1e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.158475  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4978  LysR family transcriptional regulator  27.63 
 
 		 309 aa  105  1e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0188  LysR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 288 aa  104  2e-21  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  31.85 
 
 		 298 aa  103  4e-21  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0309  transcriptional regulator, LysR family protein  26.3 
 
 		 289 aa  103  5e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0205  LysR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 288 aa  103  5e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0208  LysR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 288 aa  103  5e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5097  transcriptional regulator, LysR family  27.46 
 
 		 288 aa  102  9e-21  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0226  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 288 aa  101  1e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0247  transcriptional regulator, LysR family  27.46 
 
 		 288 aa  102  1e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>