More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcen_5605 on replicon NC_008062
Organism: Burkholderia cenocepacia AU 1054



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008544  Bcen2424_5969  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 305 aa  616  1e-175  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0037011 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5605  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 305 aa  616  1e-175  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6469  LysR family transcriptional regulator  98.03 
 
 		 305 aa  604  9.999999999999999e-173  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.113472  normal  0.0944873 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6251  LysR family transcriptional regulator  91.15 
 
 		 327 aa  569  1e-161  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.3738  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0204  LysR family transcriptional regulator  49.83 
 
 		 339 aa  302  4.0000000000000003e-81  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3933  transcriptional regulator, LysR family  48.64 
 
 		 306 aa  293  3e-78  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0888  transcriptional regulator, LysR family  46.44 
 
 		 300 aa  271  7e-72  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1231  transcriptional regulator, LysR family  45.79 
 
 		 298 aa  270  2.9999999999999997e-71  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.214878  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3079  LysR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 300 aa  257  1e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.149584  normal  0.0381152 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5799  transcriptional regulator, LysR family  37.2 
 
 		 332 aa  176  6e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1892  LysR family transcriptional regulator  36.49 
 
 		 304 aa  160  3e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0154443  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2901  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 325 aa  154  2e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0129461 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1946  transcriptional regulator, LysR family  31.53 
 
 		 316 aa  144  2e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0076  transcriptional regulator, LysR family  30.77 
 
 		 302 aa  144  2e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1564  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 295 aa  143  4e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0603  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 295 aa  143  4e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2039  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 295 aa  143  4e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.479863  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2111  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 295 aa  143  4e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.308302  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2198  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 295 aa  143  4e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.158475  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0718  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 295 aa  143  4e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.921816  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0814  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 		 295 aa  142  8e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.35587  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2882  LysR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 320 aa  141  9.999999999999999e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.130369 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1845  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 315 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.136314  normal  0.795683 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3622  LysR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 316 aa  139  3.9999999999999997e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.85611 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1695  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 299 aa  138  1e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5799  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 306 aa  137  2e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.192087 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1507  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 304 aa  136  3.0000000000000003e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1667  LysR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 321 aa  137  3.0000000000000003e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0788  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 334 aa  136  6.0000000000000005e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2150  LysR family substrate binding transcriptional regulator  29.97 
 
 		 320 aa  135  8e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.651941  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2124  LysR family transcriptional regulator  32.35 
 
 		 297 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.01237  normal  0.0125374 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2124  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  29.63 
 
 		 320 aa  133  5e-30  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.797631  normal  0.149196 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2361  LysR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 318 aa  132  6.999999999999999e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.683125  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1027  LysR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 314 aa  132  7.999999999999999e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2259  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 314 aa  129  6e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1096  transcriptional regulator, LysR family  31.02 
 
 		 297 aa  129  8.000000000000001e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.000448558  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3349  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 297 aa  127  3e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.89818  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3815  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 361 aa  124  3e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000407942 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1729  LysR family transcriptional regulator  26.01 
 
 		 291 aa  121  9.999999999999999e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0978912  normal  0.139934 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3045  LysR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 296 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.458337  normal  0.369645 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0960  LysR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 295 aa  118  9.999999999999999e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.234863  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0404  LysR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 311 aa  118  9.999999999999999e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.480543  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3400  LysR family transcriptional regulator  31.02 
 
 		 296 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0974424  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0927  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 348 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5498  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 345 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.232176 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4785  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 342 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0237769  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4692  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 347 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3582  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 342 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.283353  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3810  LysR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 293 aa  113  3e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00430923 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4170  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 349 aa  113  5e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4763  LysR family transcriptional regulator  26.48 
 
 		 307 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2571  LysR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 292 aa  109  5e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.159237  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1443  LysR family transcriptional regulator  27.5 
 
 		 311 aa  108  1e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.748078 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0007  LysR family transcriptional regulator  25.9 
 
 		 324 aa  108  1e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.702355 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2365  LysR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 310 aa  106  4e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3458  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 310 aa  105  1e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1403  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 303 aa  105  1e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.311386  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4468  LysR family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 315 aa  105  1e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.996518 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5281  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 310 aa  105  1e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.971291  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0569  LysR family transcriptional regulator  28.82 
 
 		 290 aa  103  3e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6072  transcriptional regulator, LysR family  26.06 
 
 		 311 aa  103  5e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2122  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 297 aa  101  1e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.303428  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4149  LysR family transcriptional regulator  22.95 
 
 		 307 aa  100  3e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.438214  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4579  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 303 aa  97.1  3e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.263741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1310  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 303 aa  97.1  3e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.000494191  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3879  LysR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 303 aa  97.1  4e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4100  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 303 aa  97.1  4e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.733  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3970  LysR family transcriptional regulator  28.01 
 
 		 310 aa  94.4  2e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0573169 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2577  LysR family transcriptional regulator  27.44 
 
 		 310 aa  93.2  4e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.571324  normal  0.28199 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5126  LysR family transcriptional regulator  28 
 
 		 310 aa  93.6  4e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0428454 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3549  LysR family transcriptional regulator  27.69 
 
 		 310 aa  93.2  5e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450879  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5155  LysR family transcriptional regulator  27.11 
 
 		 303 aa  92.8  6e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2466  LysR family transcriptional regulator  23.21 
 
 		 311 aa  92.4  8e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01751  putative Rubisco transcriptional regulator  28.41 
 
 		 317 aa  91.3  2e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.348697  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0498  transcriptional regulator, LysR family  26.3 
 
 		 292 aa  91.3  2e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0149  putative Rubisco transcriptional regulator  30.15 
 
 		 319 aa  90.9  3e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2269  transcriptional regulator, LysR family  27.92 
 
 		 303 aa  90.1  4e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3151  transcriptional regulator  29.15 
 
 		 302 aa  90.1  4e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.117197  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3195  putative transcriptional regulator  26.02 
 
 		 363 aa  89.7  5e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01641  putative Rubisco transcriptional regulator  29.72 
 
 		 314 aa  89.7  6e-17  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.569388  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01661  putative Rubisco transcriptional regulator  28.29 
 
 		 314 aa  89.7  6e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0007  LysR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 298 aa  89.4  7e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37220  LysR family transcriptional regulator  25.61 
 
 		 317 aa  87  3e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.923921  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2477  LysR family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 290 aa  87  3e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3757  LysR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 316 aa  86.7  4e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.634887 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0114  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 294 aa  87  4e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1370  transcriptional regulator, LysR family  25.19 
 
 		 313 aa  86.7  5e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.173382  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1775  LysR family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 304 aa  86.7  5e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0671659 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2373  transcriptional regulator, LysR family  23.29 
 
 		 300 aa  85.1  0.000000000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3352  LysR family transcriptional regulator  25.51 
 
 		 296 aa  85.1  0.000000000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00848544  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2257  transcriptional regulator, LysR family  24.91 
 
 		 296 aa  84.7  0.000000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.304398 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1974  LysR family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 328 aa  84.3  0.000000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00168317  normal  0.460832 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2246  transcriptional regulator, LysR family  30.59 
 
 		 286 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2263  transcriptional regulator, LysR family  22.15 
 
 		 299 aa  84  0.000000000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0301  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 294 aa  84  0.000000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3940  transcriptional regulator, LysR family  30.6 
 
 		 310 aa  84  0.000000000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0176714  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26681  putative Rubisco transcriptional regulator  29.55 
 
 		 323 aa  83.6  0.000000000000004  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0080  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 303 aa  83.6  0.000000000000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1909  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.38 
 
 		 334 aa  82.8  0.000000000000006  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2022  LysR family transcriptional regulator  30.98 
 
 		 286 aa  82.8  0.000000000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>