More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bamb_6251 on replicon NC_008392
Organism: Burkholderia ambifaria AMMD



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008392  Bamb_6251  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
327 aa  667    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.3738  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5969  LysR family transcriptional regulator  91.15 
 
 
305 aa  569  1e-161  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0037011 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6469  LysR family transcriptional regulator  91.15 
 
 
305 aa  569  1e-161  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.113472  normal  0.0944873 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5605  LysR family transcriptional regulator  91.15 
 
 
305 aa  569  1e-161  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0204  LysR family transcriptional regulator  49.66 
 
 
339 aa  298  9e-80  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3933  transcriptional regulator, LysR family  48.64 
 
 
306 aa  289  4e-77  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1231  transcriptional regulator, LysR family  47.14 
 
 
298 aa  273  3e-72  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.214878  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0888  transcriptional regulator, LysR family  46.78 
 
 
300 aa  272  6e-72  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3079  LysR family transcriptional regulator  41.84 
 
 
300 aa  253  3e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.149584  normal  0.0381152 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5799  transcriptional regulator, LysR family  36.73 
 
 
332 aa  179  4e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2901  LysR family transcriptional regulator  31.65 
 
 
325 aa  160  2e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0129461 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1892  LysR family transcriptional regulator  35.81 
 
 
304 aa  158  1e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0154443  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1946  transcriptional regulator, LysR family  30.94 
 
 
316 aa  142  6e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2882  LysR family transcriptional regulator  32.6 
 
 
320 aa  142  7e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.130369 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0076  transcriptional regulator, LysR family  30.43 
 
 
302 aa  142  9e-33  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3622  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 
316 aa  140  3.9999999999999997e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.85611 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5799  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 
306 aa  139  4.999999999999999e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.192087 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0788  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 
334 aa  139  7e-32  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2039  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 
295 aa  138  2e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.479863  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1564  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 
295 aa  138  2e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0603  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 
295 aa  138  2e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1695  LysR family transcriptional regulator  32.71 
 
 
299 aa  137  2e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2111  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 
295 aa  138  2e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.308302  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2198  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 
295 aa  138  2e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.158475  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1845  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 
315 aa  137  2e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.136314  normal  0.795683 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0718  LysR family transcriptional regulator  31.85 
 
 
295 aa  138  2e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.921816  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0814  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 
295 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.35587  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1507  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 
304 aa  134  3e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3349  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 
297 aa  134  3e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.89818  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2361  LysR family transcriptional regulator  30.16 
 
 
318 aa  133  5e-30  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.683125  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1667  LysR family transcriptional regulator  31.11 
 
 
321 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2150  LysR family substrate binding transcriptional regulator  29.59 
 
 
320 aa  131  1.0000000000000001e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.651941  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2124  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  29.25 
 
 
320 aa  129  7.000000000000001e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.797631  normal  0.149196 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2259  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 
314 aa  128  1.0000000000000001e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2124  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 
297 aa  128  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.01237  normal  0.0125374 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1096  transcriptional regulator, LysR family  31.41 
 
 
297 aa  127  2.0000000000000002e-28  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.000448558  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3815  LysR family transcriptional regulator  31.46 
 
 
361 aa  124  2e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000407942 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3400  LysR family transcriptional regulator  31.87 
 
 
296 aa  124  2e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0974424  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3045  LysR family transcriptional regulator  32.36 
 
 
296 aa  124  2e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.458337  normal  0.369645 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1729  LysR family transcriptional regulator  27.08 
 
 
291 aa  122  6e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0978912  normal  0.139934 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1027  LysR family transcriptional regulator  29.64 
 
 
314 aa  121  1.9999999999999998e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0960  LysR family transcriptional regulator  31.58 
 
 
295 aa  120  4.9999999999999996e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.234863  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0404  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 
311 aa  119  7e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.480543  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3810  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 
293 aa  117  1.9999999999999998e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00430923 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1443  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 
311 aa  115  1.0000000000000001e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.748078 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0927  LysR family transcriptional regulator  30.41 
 
 
348 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5498  LysR family transcriptional regulator  30.41 
 
 
345 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.232176 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4785  LysR family transcriptional regulator  30.41 
 
 
342 aa  114  3e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0237769  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3582  LysR family transcriptional regulator  30.41 
 
 
342 aa  114  3e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.283353  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4692  LysR family transcriptional regulator  30.27 
 
 
347 aa  113  5e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4170  LysR family transcriptional regulator  30.27 
 
 
349 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4763  LysR family transcriptional regulator  26.13 
 
 
307 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2571  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
292 aa  108  9.000000000000001e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.159237  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0007  LysR family transcriptional regulator  25.52 
 
 
324 aa  103  5e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.702355 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4468  LysR family transcriptional regulator  24.41 
 
 
315 aa  100  2e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.996518 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0569  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 
290 aa  101  2e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1403  LysR family transcriptional regulator  28.86 
 
 
303 aa  100  5e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.311386  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4149  LysR family transcriptional regulator  23.43 
 
 
307 aa  99.4  7e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.438214  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5155  LysR family transcriptional regulator  28.05 
 
 
303 aa  98.6  1e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4579  LysR family transcriptional regulator  28.69 
 
 
303 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.263741  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1310  LysR family transcriptional regulator  28.69 
 
 
303 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.000494191  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2122  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 
297 aa  97.8  2e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.303428  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4100  LysR family transcriptional regulator  28.69 
 
 
303 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.733  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6072  transcriptional regulator, LysR family  25.43 
 
 
311 aa  98.2  2e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3879  LysR family transcriptional regulator  27.41 
 
 
303 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5281  LysR family transcriptional regulator  26.91 
 
 
310 aa  94.7  2e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.971291  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3458  LysR family transcriptional regulator  26.91 
 
 
310 aa  94.7  2e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3195  putative transcriptional regulator  28.05 
 
 
363 aa  94.4  3e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2477  LysR family transcriptional regulator  33.05 
 
 
290 aa  93.6  4e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1775  LysR family transcriptional regulator  28.12 
 
 
304 aa  93.6  4e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0671659 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2365  LysR family transcriptional regulator  25.91 
 
 
310 aa  92.4  9e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01751  putative Rubisco transcriptional regulator  29.57 
 
 
317 aa  92  1e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.348697  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01641  putative Rubisco transcriptional regulator  30.24 
 
 
314 aa  91.7  1e-17  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.569388  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3151  transcriptional regulator  34.44 
 
 
302 aa  92  1e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.117197  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37220  LysR family transcriptional regulator  27.64 
 
 
317 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.923921  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2466  LysR family transcriptional regulator  23.39 
 
 
311 aa  90.5  4e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2269  transcriptional regulator, LysR family  28.46 
 
 
303 aa  90.1  4e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01661  putative Rubisco transcriptional regulator  28.4 
 
 
314 aa  90.1  5e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0400  LysR family transcriptional regulator  24.23 
 
 
306 aa  89.7  7e-17  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0149  putative Rubisco transcriptional regulator  27.24 
 
 
319 aa  89.4  8e-17  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0007  LysR family transcriptional regulator  26.26 
 
 
298 aa  89  9e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3757  LysR family transcriptional regulator  29.67 
 
 
316 aa  89  1e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.634887 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0525  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 
316 aa  88.2  2e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0301  LysR family transcriptional regulator  29.96 
 
 
294 aa  87  4e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1370  transcriptional regulator, LysR family  25.28 
 
 
313 aa  86.7  5e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.173382  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6838  transcriptional regulator, LysR family  27.69 
 
 
294 aa  86.7  5e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3352  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 
296 aa  86.7  6e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00848544  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0498  transcriptional regulator, LysR family  24.53 
 
 
292 aa  85.9  8e-16  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8674  transcriptional regulator, LysR family  28.1 
 
 
306 aa  85.9  8e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.441291  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2257  transcriptional regulator, LysR family  25.44 
 
 
296 aa  85.5  0.000000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.304398 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2577  LysR family transcriptional regulator  26.18 
 
 
310 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.571324  normal  0.28199 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2373  transcriptional regulator, LysR family  22.85 
 
 
300 aa  84.7  0.000000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26681  putative Rubisco transcriptional regulator  29.2 
 
 
323 aa  84.7  0.000000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4155  LysR family transcriptional regulator  26.15 
 
 
307 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.532001  normal  0.288769 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01621  putative Rubisco transcriptional regulator  28.74 
 
 
322 aa  84.3  0.000000000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1974  LysR family transcriptional regulator  29.02 
 
 
328 aa  83.6  0.000000000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00168317  normal  0.460832 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3549  LysR family transcriptional regulator  26.56 
 
 
310 aa  83.2  0.000000000000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450879  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1094  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  26.62 
 
 
311 aa  82.4  0.000000000000008  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.827537 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3970  LysR family transcriptional regulator  26.56 
 
 
310 aa  82.8  0.000000000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0573169 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2246  transcriptional regulator, LysR family  30.2 
 
 
286 aa  82.4  0.000000000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>