More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_2882 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_2882  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 320 aa  644    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.130369 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3622  LysR family transcriptional regulator  75.17 
 
 		 316 aa  456  1e-127  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.85611 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1946  transcriptional regulator, LysR family  75.17 
 
 		 316 aa  456  1e-127  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1845  LysR family transcriptional regulator  74.83 
 
 		 315 aa  451  1.0000000000000001e-126  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.136314  normal  0.795683 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1667  LysR family transcriptional regulator  73.63 
 
 		 321 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1096  transcriptional regulator, LysR family  48.91 
 
 		 297 aa  289  5.0000000000000004e-77  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.000448558  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2124  LysR family transcriptional regulator  46.38 
 
 		 297 aa  275  1.0000000000000001e-72  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.01237  normal  0.0125374 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1729  LysR family transcriptional regulator  41.81 
 
 		 291 aa  246  4.9999999999999997e-64  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0978912  normal  0.139934 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3349  LysR family transcriptional regulator  43 
 
 		 297 aa  236  5.0000000000000005e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.89818  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1507  LysR family transcriptional regulator  42.8 
 
 		 304 aa  231  1e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4468  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 315 aa  209  5e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.996518 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1027  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 314 aa  199  7e-50  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5498  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 345 aa  190  2e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.232176 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4785  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 342 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0237769  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1443  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 311 aa  190  2.9999999999999997e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.748078 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3582  LysR family transcriptional regulator  36.99 
 
 		 342 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.283353  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4763  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 307 aa  188  1e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4692  LysR family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 347 aa  187  2e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3815  LysR family transcriptional regulator  35.69 
 
 		 361 aa  187  2e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000407942 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4170  LysR family transcriptional regulator  34.85 
 
 		 349 aa  187  2e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0927  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 348 aa  185  1.0000000000000001e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0404  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 311 aa  178  9e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.480543  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3045  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 296 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.458337  normal  0.369645 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3400  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 296 aa  173  2.9999999999999996e-42  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0974424  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2263  transcriptional regulator, LysR family  32.08 
 
 		 299 aa  167  2e-40  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2571  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 292 aa  165  8e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.159237  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2257  transcriptional regulator, LysR family  30.61 
 
 		 296 aa  160  2e-38  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.304398 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1403  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 303 aa  157  2e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.311386  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3879  LysR family transcriptional regulator  32.49 
 
 		 303 aa  157  2e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4100  LysR family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 303 aa  155  6e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.733  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4579  LysR family transcriptional regulator  32.49 
 
 		 303 aa  155  9e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.263741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1310  LysR family transcriptional regulator  32.49 
 
 		 303 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.000494191  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1775  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 304 aa  153  2.9999999999999998e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0671659 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3458  LysR family transcriptional regulator  36.02 
 
 		 310 aa  153  4e-36  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5281  LysR family transcriptional regulator  36.02 
 
 		 310 aa  153  4e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.971291  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0007  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 298 aa  151  2e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3195  putative transcriptional regulator  30.07 
 
 		 363 aa  150  2e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37220  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 317 aa  151  2e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.923921  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5126  LysR family transcriptional regulator  36.78 
 
 		 310 aa  149  6e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0428454 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3549  LysR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 310 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450879  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2577  LysR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 310 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.571324  normal  0.28199 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3970  LysR family transcriptional regulator  36.4 
 
 		 310 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0573169 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3151  transcriptional regulator  32.98 
 
 		 302 aa  147  3e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.117197  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3293  transcriptional regulator, LysR family  32.85 
 
 		 301 aa  146  4.0000000000000006e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.563306  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2365  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 310 aa  146  5e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4745  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 313 aa  145  6e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.729487  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2361  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 318 aa  143  4e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.683125  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2466  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 311 aa  142  7e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6251  LysR family transcriptional regulator  32.6 
 
 		 327 aa  142  7e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.3738  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5969  LysR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 305 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0037011 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0007  LysR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 324 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.702355 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5605  LysR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 305 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6469  LysR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 305 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.113472  normal  0.0944873 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0888  transcriptional regulator, LysR family  30.48 
 
 		 300 aa  135  9e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4149  LysR family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 307 aa  134  1.9999999999999998e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.438214  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0474  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 311 aa  132  1.0000000000000001e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3079  LysR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 300 aa  131  2.0000000000000002e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.149584  normal  0.0381152 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5799  transcriptional regulator, LysR family  29.66 
 
 		 332 aa  125  1e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1892  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 304 aa  125  1e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0154443  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0569  LysR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 290 aa  123  3e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4814  transcriptional regulator, LysR family  32.35 
 
 		 312 aa  123  4e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0274542 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0076  transcriptional regulator, LysR family  27.15 
 
 		 302 aa  122  9e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2901  LysR family transcriptional regulator  28.12 
 
 		 325 aa  120  3e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0129461 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1231  transcriptional regulator, LysR family  27.04 
 
 		 298 aa  120  3e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.214878  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5155  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 303 aa  120  3.9999999999999996e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3933  transcriptional regulator, LysR family  25.75 
 
 		 306 aa  119  9.999999999999999e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2122  LysR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 297 aa  117  1.9999999999999998e-25  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.303428  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3810  LysR family transcriptional regulator  29.89 
 
 		 293 aa  116  3.9999999999999997e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00430923 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4978  LysR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 309 aa  112  8.000000000000001e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0204  LysR family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 339 aa  111  2.0000000000000002e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6072  transcriptional regulator, LysR family  26.37 
 
 		 311 aa  109  6e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0080  LysR family transcriptional regulator  27.81 
 
 		 303 aa  108  1e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5799  LysR family transcriptional regulator  27.66 
 
 		 306 aa  106  4e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.192087 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2253  transcriptional regulator, LysR family  29.84 
 
 		 303 aa  106  7e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.105468  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0960  LysR family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 295 aa  105  8e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.234863  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5197  LysR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 380 aa  100  3e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.093521  decreased coverage  0.00215851 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5080  LysR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 364 aa  100  3e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3171  LysR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 364 aa  100  3e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0814  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 295 aa  100  5e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.35587  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2150  LysR family substrate binding transcriptional regulator  25.56 
 
 		 320 aa  99  1e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.651941  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1717  transcriptional regulator  28.42 
 
 		 314 aa  98.2  2e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1985  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.56 
 
 		 300 aa  97.1  3e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.464368 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0188  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 288 aa  97.1  3e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34290  Transcriptional regualtor, LysR family  28.97 
 
 		 294 aa  97.4  3e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0309  transcriptional regulator, LysR family protein  24.41 
 
 		 289 aa  96.7  4e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2259  LysR family transcriptional regulator  25.19 
 
 		 314 aa  96.7  4e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1695  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 299 aa  97.1  4e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5695  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.92 
 
 		 296 aa  96.7  5e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32360  lysR family transcriptional regulator  30.68 
 
 		 292 aa  96.3  5e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0231568  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23730  LysR family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 297 aa  96.3  6e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0194065 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2124  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  25.19 
 
 		 320 aa  95.9  8e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.797631  normal  0.149196 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0896  LysR family transcriptional regulator  26.32 
 
 		 295 aa  95.1  1e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.204372  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1102  LysR family transcriptional regulator  24.64 
 
 		 289 aa  95.5  1e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0191  LysR family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 288 aa  95.5  1e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0195  LysR family transcriptional regulator  26.85 
 
 		 288 aa  95.1  1e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1855  transcriptional regulator, LysR family  27.1 
 
 		 308 aa  95.5  1e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 298 aa  95.1  1e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4364  LysR family transcriptional regulator  32.83 
 
 		 352 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0247  transcriptional regulator, LysR family  26.85 
 
 		 288 aa  95.5  1e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0223  transcriptional regulator, LysR family  26.85 
 
 		 288 aa  95.1  1e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>