More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RoseRS_1974 on replicon NC_009523
Organism: Roseiflexus sp. RS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009523  RoseRS_1974  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 328 aa  656    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00168317  normal  0.460832 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3781  LysR family transcriptional regulator  71.47 
 
 		 331 aa  466  9.999999999999999e-131  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.852232  normal  0.126897 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2954  transcriptional regulator, LysR family  42.53 
 
 		 308 aa  221  1.9999999999999999e-56  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000398128  unclonable  0.0000000375451 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 308 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1345  transcriptional regulator, LysR family  26 
 
 		 307 aa  122  9.999999999999999e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1825  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 302 aa  117  1.9999999999999998e-25  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.705034  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1555  LysR family transcriptional regulator  26.48 
 
 		 318 aa  116  3.9999999999999997e-25  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000214293  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  33.6 
 
 		 297 aa  114  2.0000000000000002e-24  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0065  LysR family transcriptional regulator  27.99 
 
 		 296 aa  114  3e-24  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2080  transcriptional regulator, LysR family  28.62 
 
 		 295 aa  113  5e-24  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1443  LysR family transcriptional regulator  23.84 
 
 		 303 aa  112  9e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3313  LysR family transcriptional regulator  26.33 
 
 		 302 aa  112  1.0000000000000001e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.600178  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0666  LysR family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 295 aa  111  2.0000000000000002e-23  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1084  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 297 aa  111  2.0000000000000002e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000126748  hitchhiker  0.00000896339 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1454  LysR family transcriptional regulator  23.75 
 
 		 294 aa  109  8.000000000000001e-23  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0215589  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2373  transcriptional regulator, LysR family  22.7 
 
 		 300 aa  108  1e-22  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1547  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 292 aa  108  1e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.240499 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1888  LysR family transcriptional regulator  27.55 
 
 		 306 aa  108  1e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0674933  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3732  transcriptional regulator, LysR family  25.26 
 
 		 300 aa  107  2e-22  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.00000000560912  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0820  transcriptional regulator, LysR family  26.13 
 
 		 307 aa  107  2e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2065  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 320 aa  107  3e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.102765  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1982  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.67 
 
 		 290 aa  107  4e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0403422 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2282  LysR family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 299 aa  106  6e-22  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000573268  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2840  LysR family transcriptional regulator  35.08 
 
 		 299 aa  105  8e-22  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1817  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 303 aa  105  9e-22  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2158  transcriptional regulator, LysR family  28.76 
 
 		 301 aa  105  1e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2724  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 293 aa  105  1e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0713788  normal  0.0834627 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6226  putative transcriptional regulator  29.01 
 
 		 316 aa  104  2e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0165  LysR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 306 aa  104  2e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.945791  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1726  LysR family transcriptional regulator  24.04 
 
 		 294 aa  104  2e-21  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000000302117  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71750  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 311 aa  103  3e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2172  transcriptional regulator, LysR family  26.67 
 
 		 290 aa  103  4e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.25457  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3156  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.62 
 
 		 325 aa  103  6e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46065  normal  0.121521 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1993  transcriptional regulator, LysR family  28.28 
 
 		 319 aa  102  7e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1855  transcriptional regulator, LysR family  28.51 
 
 		 308 aa  102  1e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3775  LysR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 292 aa  101  1e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0748  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 310 aa  102  1e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3322  transcriptional regulator, LysR family  32.82 
 
 		 296 aa  101  2e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0151906  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5225  transcriptional regulator, LysR family  33.6 
 
 		 316 aa  101  2e-20  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1717  transcriptional regulator  27.33 
 
 		 314 aa  101  2e-20  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1515  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 292 aa  101  2e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4118  LysR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 324 aa  100  2e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00686854  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2158  LysR family transcriptional regulator  25.75 
 
 		 298 aa  101  2e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000128289  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2790  LysR family transcriptional regulator  26.3 
 
 		 309 aa  101  2e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.491071  normal  0.0474339 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0714  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 298 aa  101  2e-20  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2022  LysR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 309 aa  100  2e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0620122  normal  0.0797415 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0698  LysR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 295 aa  101  2e-20  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0727  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 298 aa  101  2e-20  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4360  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 299 aa  100  3e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.623991  normal  0.557987 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3056  LysR family transcriptional regulator  26.21 
 
 		 293 aa  100  3e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.20426 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0449  LysR family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 307 aa  100  3e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00010985  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0284  LysR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 294 aa  100  3e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5945  transcriptional regulator, LysR family  37.08 
 
 		 307 aa  100  4e-20  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.626175  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2034  LysR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 303 aa  100  4e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.376919  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2180  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.57 
 
 		 307 aa  100  5e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.15464  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23730  LysR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 297 aa  99.8  5e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0194065 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2011  LysR family transcriptional regulator  28.21 
 
 		 297 aa  99.8  6e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.174937  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1679  transcriptional regulator, LysR family  25.67 
 
 		 304 aa  99.8  6e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0266  LysR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 307 aa  99.4  7e-20  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1984  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 292 aa  99.4  7e-20  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal  0.045506 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34290  Transcriptional regualtor, LysR family  29.67 
 
 		 294 aa  99.4  7e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3155  transcriptional regulator, LysR family  28.37 
 
 		 292 aa  99.4  7e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.921002  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0970  LysR family transcriptional regulator  29.25 
 
 		 303 aa  99.4  8e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0205462  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1631  transcriptional regulator, LysR family  30.74 
 
 		 310 aa  99  9e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2710  transcriptional regulator, LysR family  25.37 
 
 		 309 aa  98.6  1e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.79073 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4318  LysR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 302 aa  98.6  1e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.772143  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3406  transcriptional regulator, LysR family  25.37 
 
 		 309 aa  98.6  1e-19  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0709  transcriptional regulator OxyR, putative  28.62 
 
 		 301 aa  97.8  2e-19  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3165  transcriptional regulator, LysR family  23.63 
 
 		 299 aa  97.8  2e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000392866  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3294  LysR family transcriptional regulator  27.68 
 
 		 294 aa  98.2  2e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.438685 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1309  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 303 aa  98.2  2e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05450  transcriptional regulator, LysR family  23.43 
 
 		 296 aa  98.2  2e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0434511  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4466  LysR family transcriptional regulator  25.86 
 
 		 316 aa  98.2  2e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1684  LysR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 299 aa  98.2  2e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00688867  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0930  LysR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 332 aa  98.2  2e-19  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.424192 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1694  LysR family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 296 aa  97.8  2e-19  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3083  LysR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 356 aa  98.2  2e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1166  transcriptional regulator, LysR family  24.32 
 
 		 299 aa  97.8  2e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.02159  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3442  LysR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 332 aa  97.8  2e-19  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0835  LysR family transcriptional regulator  28.32 
 
 		 327 aa  97.4  3e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0920  transcriptional regulator, LysR family  27.97 
 
 		 332 aa  97.4  3e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0987  LysR family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 296 aa  97.4  3e-19  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.830946  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0341  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 		 313 aa  97.4  3e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.398089  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2531  transcriptional regulator, LysR family  27.62 
 
 		 308 aa  97.1  4e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.351481  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4477  transcriptional regulator, LysR family  27.1 
 
 		 315 aa  97.1  4e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.631102  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0896  LysR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 332 aa  96.7  4e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2159  transcriptional regulator, LysR family  27.62 
 
 		 308 aa  97.1  4e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.597139  hitchhiker  0.0000167573 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1713  transcriptional regulator, LysR family  25.52 
 
 		 304 aa  97.1  4e-19  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1206  transcriptional regulator, LysR family  28.8 
 
 		 297 aa  97.1  4e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000040335  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3436  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 294 aa  96.7  4e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3166  LysR family transcriptional regulator  27.9 
 
 		 311 aa  96.7  5e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0010131 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1769  LysR family transcriptional regulator  25.44 
 
 		 291 aa  96.7  5e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0244764  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3776  transcriptional regulator, LysR family  25.17 
 
 		 314 aa  96.3  6e-19  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.988638  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3106  LysR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 325 aa  96.3  6e-19  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1390  transcriptional regulator, LysR family  28.88 
 
 		 308 aa  96.3  6e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1692  rubisco operon transcriptional regulator  28.88 
 
 		 332 aa  96.3  7e-19  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.250885  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2069  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 295 aa  95.9  8e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.450351  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2994  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 314 aa  95.9  8e-19  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.735848  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1014  LysR family transcriptional regulator  24.32 
 
 		 296 aa  95.9  9e-19  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1743  transcriptional regulator, LysR family  27.54 
 
 		 322 aa  95.9  9e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>