More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3933 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_3933  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 306 aa  627  1e-179  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0204  LysR family transcriptional regulator  73.79 
 
 		 339 aa  476  1e-133  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1231  transcriptional regulator, LysR family  56.86 
 
 		 298 aa  377  1e-104  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.214878  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6469  LysR family transcriptional regulator  48.98 
 
 		 305 aa  293  2e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.113472  normal  0.0944873 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5605  LysR family transcriptional regulator  48.64 
 
 		 305 aa  293  3e-78  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5969  LysR family transcriptional regulator  48.64 
 
 		 305 aa  293  3e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0037011 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6251  LysR family transcriptional regulator  48.64 
 
 		 327 aa  289  3e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.3738  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3079  LysR family transcriptional regulator  43.29 
 
 		 300 aa  273  3e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.149584  normal  0.0381152 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0888  transcriptional regulator, LysR family  44.37 
 
 		 300 aa  259  3e-68  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5799  transcriptional regulator, LysR family  34.84 
 
 		 332 aa  182  6e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0076  transcriptional regulator, LysR family  32.76 
 
 		 302 aa  176  4e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1695  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 299 aa  168  8e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0814  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 295 aa  165  8e-40  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.35587  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2198  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 295 aa  162  9e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.158475  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1564  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 295 aa  162  9e-39  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0718  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 295 aa  162  9e-39  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.921816  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0603  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 295 aa  162  9e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2039  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 295 aa  162  9e-39  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.479863  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2111  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 295 aa  162  9e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.308302  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2901  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 325 aa  159  5e-38  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0129461 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5799  LysR family transcriptional regulator  34.24 
 
 		 306 aa  145  8.000000000000001e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.192087 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0788  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 334 aa  144  1e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4763  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 307 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2124  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 297 aa  137  2e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.01237  normal  0.0125374 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1096  transcriptional regulator, LysR family  29.26 
 
 		 297 aa  137  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.000448558  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2150  LysR family substrate binding transcriptional regulator  29.35 
 
 		 320 aa  136  4e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.651941  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2124  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  29.01 
 
 		 320 aa  134  1.9999999999999998e-30  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.797631  normal  0.149196 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2259  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 314 aa  132  6.999999999999999e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3349  LysR family transcriptional regulator  26.99 
 
 		 297 aa  129  7.000000000000001e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.89818  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2361  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 318 aa  127  2.0000000000000002e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.683125  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1729  LysR family transcriptional regulator  25.52 
 
 		 291 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0978912  normal  0.139934 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3815  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 361 aa  125  1e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000407942 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1892  LysR family transcriptional regulator  32.08 
 
 		 304 aa  124  2e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0154443  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1507  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 304 aa  124  3e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1667  LysR family transcriptional regulator  25.26 
 
 		 321 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5498  LysR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 345 aa  119  6e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.232176 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1027  LysR family transcriptional regulator  27.33 
 
 		 314 aa  119  7e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3582  LysR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 342 aa  119  7e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.283353  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4785  LysR family transcriptional regulator  28.78 
 
 		 342 aa  119  7e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0237769  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2882  LysR family transcriptional regulator  25.75 
 
 		 320 aa  119  9e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.130369 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0927  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 348 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4692  LysR family transcriptional regulator  28.14 
 
 		 347 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3622  LysR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 316 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.85611 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4170  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 349 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1946  transcriptional regulator, LysR family  25.94 
 
 		 316 aa  117  3e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0404  LysR family transcriptional regulator  24.65 
 
 		 311 aa  113  3e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.480543  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6072  transcriptional regulator, LysR family  26.33 
 
 		 311 aa  113  5e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1845  LysR family transcriptional regulator  25.56 
 
 		 315 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.136314  normal  0.795683 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4579  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 303 aa  110  3e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.263741  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3810  LysR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 293 aa  110  4.0000000000000004e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00430923 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1310  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 303 aa  109  5e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.000494191  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3879  LysR family transcriptional regulator  27.47 
 
 		 303 aa  109  5e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4100  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 303 aa  109  7.000000000000001e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.733  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3045  LysR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 296 aa  109  7.000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.458337  normal  0.369645 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3400  LysR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 296 aa  108  1e-22  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0974424  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1403  LysR family transcriptional regulator  29.59 
 
 		 303 aa  107  2e-22  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.311386  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0007  LysR family transcriptional regulator  25.34 
 
 		 298 aa  105  8e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1443  LysR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 311 aa  105  9e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.748078 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3033  transcriptional regulator, LysR family  31.02 
 
 		 325 aa  105  1e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.0089298  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3458  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 310 aa  105  1e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2571  LysR family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 292 aa  105  1e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.159237  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5281  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 310 aa  105  1e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.971291  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2365  LysR family transcriptional regulator  27.41 
 
 		 310 aa  104  2e-21  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05450  transcriptional regulator, LysR family  26.13 
 
 		 296 aa  102  6e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0434511  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3195  putative transcriptional regulator  27.62 
 
 		 363 aa  102  1e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37220  LysR family transcriptional regulator  27.62 
 
 		 317 aa  101  2e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.923921  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2466  LysR family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 311 aa  101  2e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0007  LysR family transcriptional regulator  26.01 
 
 		 324 aa  100  3e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.702355 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2253  transcriptional regulator, LysR family  26.47 
 
 		 303 aa  100  4e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.105468  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0114  LysR family transcriptional regulator  27.07 
 
 		 294 aa  98.2  1e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1717  transcriptional regulator  28.73 
 
 		 314 aa  97.8  2e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4468  LysR family transcriptional regulator  24.13 
 
 		 315 aa  97.8  2e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.996518 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5126  LysR family transcriptional regulator  27.41 
 
 		 310 aa  97.8  2e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0428454 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0960  LysR family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 295 aa  97.8  2e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.234863  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1915  transcriptional regulator, LysR family  28.52 
 
 		 298 aa  97.1  3e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2577  LysR family transcriptional regulator  27.41 
 
 		 310 aa  96.3  5e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.571324  normal  0.28199 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0474  LysR family transcriptional regulator  22.79 
 
 		 311 aa  95.5  9e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2122  LysR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 297 aa  95.5  9e-19  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.303428  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3151  transcriptional regulator  28.38 
 
 		 302 aa  95.5  1e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.117197  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2263  transcriptional regulator, LysR family  25.76 
 
 		 299 aa  92.4  8e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3970  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 310 aa  92.4  8e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0573169 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3549  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 310 aa  92.4  8e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450879  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2257  transcriptional regulator, LysR family  27.34 
 
 		 296 aa  92  1e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.304398 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1984  LysR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 292 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.958357  normal  0.045506 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0820  transcriptional regulator, LysR family  26.49 
 
 		 307 aa  89.7  6e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3775  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 292 aa  89.4  7e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4630  LysR family transcriptional regulator  24.82 
 
 		 302 aa  89.4  7e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1515  LysR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 292 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0400  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 306 aa  87.8  2e-16  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1084  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 297 aa  87.4  2e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000126748  hitchhiker  0.00000896339 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1985  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  23.97 
 
 		 300 aa  87  3e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.464368 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1555  LysR family transcriptional regulator  23.51 
 
 		 318 aa  87  3e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000214293  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6329  transcriptional regulator, LysR family  26.48 
 
 		 299 aa  86.3  6e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0290063  hitchhiker  0.00524783 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4745  LysR family transcriptional regulator  26 
 
 		 313 aa  86.3  6e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.729487  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3649  lysR-family transcriptional regulatory protein  24.23 
 
 		 317 aa  85.9  7e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.533286 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5155  LysR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 303 aa  85.9  7e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0569  LysR family transcriptional regulator  27 
 
 		 290 aa  86.3  7e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4716  LysR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 300 aa  85.9  7e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.276631  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3647  LysR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 300 aa  85.9  7e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.885513 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1477  LysR family transcriptional regulator  28.15 
 
 		 314 aa  85.9  8e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.490418  normal  0.438801 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>