More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bcen2424_3549 on replicon NC_008543
Organism: Burkholderia cenocepacia HI2424



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008543  Bcen2424_3549  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 
310 aa  620  1e-177  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450879  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3970  LysR family transcriptional regulator  99.68 
 
 
310 aa  619  1e-176  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0573169 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2577  LysR family transcriptional regulator  98.06 
 
 
310 aa  610  9.999999999999999e-175  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.571324  normal  0.28199 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3458  LysR family transcriptional regulator  95.81 
 
 
310 aa  600  1e-170  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5281  LysR family transcriptional regulator  95.81 
 
 
310 aa  600  1e-170  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.971291  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5126  LysR family transcriptional regulator  94.19 
 
 
310 aa  560  1e-158  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0428454 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2365  LysR family transcriptional regulator  82.58 
 
 
310 aa  511  1e-144  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4814  transcriptional regulator, LysR family  55.48 
 
 
312 aa  306  2.0000000000000002e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0274542 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4978  LysR family transcriptional regulator  40.26 
 
 
309 aa  213  3.9999999999999995e-54  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4745  LysR family transcriptional regulator  38.56 
 
 
313 aa  191  2e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.729487  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3879  LysR family transcriptional regulator  37.87 
 
 
303 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4763  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 
307 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4579  LysR family transcriptional regulator  37.27 
 
 
303 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.263741  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1403  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 
303 aa  173  3.9999999999999995e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.311386  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4100  LysR family transcriptional regulator  37.27 
 
 
303 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.733  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1310  LysR family transcriptional regulator  37.27 
 
 
303 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.000494191  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37220  LysR family transcriptional regulator  36.19 
 
 
317 aa  169  6e-41  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.923921  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3195  putative transcriptional regulator  35.8 
 
 
363 aa  167  1e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3815  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 
361 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000407942 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4468  LysR family transcriptional regulator  37.75 
 
 
315 aa  165  8e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.996518 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4170  LysR family transcriptional regulator  36.95 
 
 
349 aa  165  8e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4692  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 
347 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0927  LysR family transcriptional regulator  35.33 
 
 
348 aa  161  2e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5498  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 
345 aa  159  7e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.232176 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3582  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 
342 aa  159  8e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.283353  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4785  LysR family transcriptional regulator  35 
 
 
342 aa  159  8e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0237769  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0404  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 
311 aa  158  1e-37  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.480543  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2882  LysR family transcriptional regulator  36.4 
 
 
320 aa  156  4e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.130369 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3349  LysR family transcriptional regulator  35.12 
 
 
297 aa  155  1e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.89818  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1729  LysR family transcriptional regulator  32.58 
 
 
291 aa  153  2.9999999999999998e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0978912  normal  0.139934 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1443  LysR family transcriptional regulator  33.47 
 
 
311 aa  149  5e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.748078 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1027  LysR family transcriptional regulator  30.79 
 
 
314 aa  147  2.0000000000000003e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0007  LysR family transcriptional regulator  31.34 
 
 
324 aa  145  1e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.702355 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1946  transcriptional regulator, LysR family  34.44 
 
 
316 aa  145  1e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0474  LysR family transcriptional regulator  32.62 
 
 
311 aa  144  3e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1845  LysR family transcriptional regulator  33.72 
 
 
315 aa  143  5e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.136314  normal  0.795683 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1096  transcriptional regulator, LysR family  35.8 
 
 
297 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.000448558  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1667  LysR family transcriptional regulator  32.68 
 
 
321 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2466  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 
311 aa  142  9.999999999999999e-33  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3622  LysR family transcriptional regulator  34.8 
 
 
316 aa  140  1.9999999999999998e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.85611 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2124  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 
297 aa  138  1e-31  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.01237  normal  0.0125374 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1507  LysR family transcriptional regulator  32.82 
 
 
304 aa  134  1.9999999999999998e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1775  LysR family transcriptional regulator  32.26 
 
 
304 aa  129  8.000000000000001e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0671659 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3293  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 
301 aa  126  5e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.563306  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3045  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 
296 aa  125  7e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.458337  normal  0.369645 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3400  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 
296 aa  125  9e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0974424  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4149  LysR family transcriptional regulator  28.79 
 
 
307 aa  123  5e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.438214  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2263  transcriptional regulator, LysR family  30.74 
 
 
299 aa  121  1.9999999999999998e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0007  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 
298 aa  117  3e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2571  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 
292 aa  115  1.0000000000000001e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.159237  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3810  LysR family transcriptional regulator  29.72 
 
 
293 aa  112  6e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00430923 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3151  transcriptional regulator  32.23 
 
 
302 aa  112  8.000000000000001e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.117197  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3079  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 
300 aa  112  9e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.149584  normal  0.0381152 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5799  LysR family transcriptional regulator  28.96 
 
 
306 aa  110  2.0000000000000002e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.192087 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0814  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 
295 aa  108  2e-22  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.35587  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1231  transcriptional regulator, LysR family  27.09 
 
 
298 aa  105  1e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.214878  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2901  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 
325 aa  105  1e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.0129461 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2039  LysR family transcriptional regulator  28.1 
 
 
295 aa  103  5e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.479863  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2111  LysR family transcriptional regulator  28.1 
 
 
295 aa  103  5e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.308302  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2198  LysR family transcriptional regulator  28.1 
 
 
295 aa  103  5e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.158475  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1564  LysR family transcriptional regulator  28.1 
 
 
295 aa  103  5e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0603  LysR family transcriptional regulator  28.1 
 
 
295 aa  103  5e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0718  LysR family transcriptional regulator  28.1 
 
 
295 aa  103  5e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.921816  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3933  transcriptional regulator, LysR family  26.67 
 
 
306 aa  102  7e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6469  LysR family transcriptional regulator  27.69 
 
 
305 aa  101  2e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.113472  normal  0.0944873 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5605  LysR family transcriptional regulator  27.69 
 
 
305 aa  100  2e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5969  LysR family transcriptional regulator  27.69 
 
 
305 aa  100  2e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0037011 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5799  transcriptional regulator, LysR family  29.18 
 
 
332 aa  100  5e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3423  LysR family transcriptional regulator  32.39 
 
 
295 aa  99  9e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5676  LysR family transcriptional regulator  30.88 
 
 
292 aa  97.4  3e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6040  LysR family transcriptional regulator  30.88 
 
 
292 aa  97.4  3e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.061034 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6530  LysR family transcriptional regulator  30.84 
 
 
292 aa  97.4  3e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.165496 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2150  LysR family substrate binding transcriptional regulator  28.87 
 
 
320 aa  96.3  7e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.651941  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2124  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  28.87 
 
 
320 aa  95.9  8e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.797631  normal  0.149196 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1695  LysR family transcriptional regulator  28.73 
 
 
299 aa  95.9  8e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0204  LysR family transcriptional regulator  25.75 
 
 
339 aa  95.5  9e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0076  transcriptional regulator, LysR family  27.4 
 
 
302 aa  95.5  9e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2476  transcriptional regulator, LysR family  32.26 
 
 
295 aa  95.1  1e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.985162  normal  0.348723 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3560  LysR family transcriptional regulator  32.39 
 
 
287 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0888  transcriptional regulator, LysR family  27.7 
 
 
300 aa  94.7  2e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2214  LysR family transcriptional regulator  32.39 
 
 
287 aa  94.4  2e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.598338  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2257  transcriptional regulator, LysR family  29.3 
 
 
296 aa  94.7  2e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.304398 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2361  LysR family transcriptional regulator  31.17 
 
 
287 aa  94  3e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.709154  normal 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6172  transcriptional regulator, LysR family  30.8 
 
 
290 aa  93.6  4e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.442907  normal  0.0562293 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0066  oxidative stress regulatory protein OxyR, putative  28.42 
 
 
307 aa  93.2  5e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3081  LysR family transcriptional regulator  42.25 
 
 
293 aa  92.8  7e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.294093  normal  0.575157 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3436  LysR family transcriptional regulator  42.25 
 
 
293 aa  92.8  7e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.223747  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1788  LysR family transcriptional regulator  34.16 
 
 
298 aa  92.8  7e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00324618 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3812  LysR family transcriptional regulator  32.35 
 
 
321 aa  92.4  8e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7727  LysR family transcriptional regulator  30.89 
 
 
298 aa  92.4  8e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.840004  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2259  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 
314 aa  92.4  9e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7471  LysR family transcriptional regulator  32.71 
 
 
292 aa  92.4  9e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6263  transcriptional regulator, LysR family  34.13 
 
 
304 aa  92  1e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4203  LysR family transcriptional regulator  32.74 
 
 
288 aa  91.7  1e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.202546 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3882  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 
284 aa  92  1e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2141  transcriptional regulator, LysR family  35.92 
 
 
299 aa  91.7  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.882286  normal  0.197682 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3671  transcriptional regulator, LysR family  30.89 
 
 
288 aa  91.7  2e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0202  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.07 
 
 
307 aa  90.9  2e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2980  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 
311 aa  90.9  2e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0695506  normal  0.804372 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6251  LysR family transcriptional regulator  26.56 
 
 
327 aa  91.3  2e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.3738  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>