More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_0960 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_0960  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 295 aa  591  1e-168  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.234863  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0569  LysR family transcriptional regulator  55.36 
 
 		 290 aa  311  1e-83  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2122  LysR family transcriptional regulator  51.86 
 
 		 297 aa  290  2e-77  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.303428  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5155  LysR family transcriptional regulator  47.97 
 
 		 303 aa  281  1e-74  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1729  LysR family transcriptional regulator  29.3 
 
 		 291 aa  126  5e-28  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0978912  normal  0.139934 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6251  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 327 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.3738  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5605  LysR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 305 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5969  LysR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 305 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0037011 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2571  LysR family transcriptional regulator  28.99 
 
 		 292 aa  117  1.9999999999999998e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.159237  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6469  LysR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 305 aa  116  5e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.113472  normal  0.0944873 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3400  LysR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 296 aa  115  7.999999999999999e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0974424  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6072  transcriptional regulator, LysR family  28.47 
 
 		 311 aa  115  1.0000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2124  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 297 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.01237  normal  0.0125374 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1096  transcriptional regulator, LysR family  38.15 
 
 		 297 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.000448558  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3045  LysR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 296 aa  114  3e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.458337  normal  0.369645 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0404  LysR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 311 aa  114  3e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.480543  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4763  LysR family transcriptional regulator  29.37 
 
 		 307 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4468  LysR family transcriptional regulator  29.78 
 
 		 315 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.996518 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2263  transcriptional regulator, LysR family  28.3 
 
 		 299 aa  112  1.0000000000000001e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1946  transcriptional regulator, LysR family  28.09 
 
 		 316 aa  111  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1845  LysR family transcriptional regulator  27 
 
 		 315 aa  110  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.136314  normal  0.795683 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1667  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 321 aa  110  3e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3622  LysR family transcriptional regulator  27 
 
 		 316 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.85611 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1507  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 304 aa  109  5e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0204  LysR family transcriptional regulator  27.95 
 
 		 339 aa  109  6e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4149  LysR family transcriptional regulator  27.72 
 
 		 307 aa  108  8.000000000000001e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.438214  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0888  transcriptional regulator, LysR family  31.82 
 
 		 300 aa  108  1e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0076  transcriptional regulator, LysR family  28.04 
 
 		 302 aa  106  4e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1231  transcriptional regulator, LysR family  28.03 
 
 		 298 aa  106  4e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.214878  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2257  transcriptional regulator, LysR family  29.06 
 
 		 296 aa  106  5e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.304398 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2882  LysR family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 320 aa  106  6e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.130369 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1443  LysR family transcriptional regulator  27.96 
 
 		 311 aa  105  6e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.748078 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4692  LysR family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 347 aa  105  9e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5498  LysR family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 345 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.232176 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0007  LysR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 324 aa  105  1e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.702355 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3582  LysR family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 342 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.283353  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4785  LysR family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 342 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0237769  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3349  LysR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 297 aa  104  2e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.89818  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1027  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 314 aa  103  2e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0927  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 348 aa  103  3e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4170  LysR family transcriptional regulator  29.09 
 
 		 349 aa  103  3e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2466  LysR family transcriptional regulator  26.01 
 
 		 311 aa  102  5e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3151  transcriptional regulator  27.21 
 
 		 302 aa  102  8e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.117197  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2361  LysR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 318 aa  102  1e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.683125  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2150  LysR family substrate binding transcriptional regulator  30.13 
 
 		 320 aa  100  4e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.651941  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2124  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  30.04 
 
 		 320 aa  99.8  5e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.797631  normal  0.149196 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3933  transcriptional regulator, LysR family  29.92 
 
 		 306 aa  97.8  2e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0814  LysR family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 295 aa  97.4  2e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.35587  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1892  LysR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 304 aa  97.4  2e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0154443  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2259  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 314 aa  97.4  3e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0007  LysR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 298 aa  96.7  4e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3810  LysR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 293 aa  95.9  7e-19  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00430923 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3815  LysR family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 361 aa  95.1  1e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000407942 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1695  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 299 aa  94.4  2e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3079  LysR family transcriptional regulator  27.47 
 
 		 300 aa  93.6  3e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.149584  normal  0.0381152 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3195  putative transcriptional regulator  27.56 
 
 		 363 aa  93.6  3e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3123  transcriptional regulator, LysR family  27.24 
 
 		 293 aa  92.4  7e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5799  LysR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 306 aa  92.4  8e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.192087 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2840  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 299 aa  91.7  1e-17  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37220  LysR family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 317 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.923921  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1564  LysR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 295 aa  91.3  2e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2039  LysR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 295 aa  91.3  2e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.479863  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2198  LysR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 295 aa  91.3  2e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.158475  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0603  LysR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 295 aa  91.3  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1403  LysR family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 303 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.311386  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2111  LysR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 295 aa  91.3  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.308302  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0718  LysR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 295 aa  91.3  2e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.921816  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4207  LysR substrate-binding protein  26.43 
 
 		 297 aa  89.7  5e-17  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6389  LysR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 291 aa  89.4  6e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0907959  normal  0.0995777 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  26.19 
 
 		 292 aa  89.4  8e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5799  transcriptional regulator, LysR family  32.39 
 
 		 332 aa  88.6  1e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5516  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 291 aa  89  1e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0587498  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5880  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 291 aa  89  1e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.311857  normal  0.281069 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2961  LysR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 292 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0923221 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3995  transcriptional regulator, LysR family  24.22 
 
 		 302 aa  87.8  2e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4745  LysR family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 313 aa  88.2  2e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.729487  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2711  LysR family transcriptional regulator  28.25 
 
 		 292 aa  86.7  4e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0788  LysR family transcriptional regulator  26.94 
 
 		 334 aa  86.7  5e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4579  LysR family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 303 aa  86.3  6e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.263741  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3156  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.29 
 
 		 325 aa  85.5  9e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46065  normal  0.121521 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0309  transcriptional regulator, LysR family protein  24.26 
 
 		 289 aa  85.1  0.000000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3879  LysR family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 303 aa  84.7  0.000000000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4421  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 304 aa  85.1  0.000000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.655491  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3398  transcriptional regulator, LysR family protein  26.39 
 
 		 292 aa  85.1  0.000000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21400  Transcriptional regulator, LysR family  28.11 
 
 		 317 aa  85.5  0.000000000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6486  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 301 aa  84.7  0.000000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.898531  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1310  LysR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 303 aa  84.7  0.000000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.000494191  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0188  LysR family transcriptional regulator  26.75 
 
 		 288 aa  83.6  0.000000000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0114  LysR family transcriptional regulator  26.29 
 
 		 294 aa  83.6  0.000000000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0133  transcriptional regulator, LysR family  24.83 
 
 		 302 aa  83.2  0.000000000000005  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2901  LysR family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 325 aa  82.8  0.000000000000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0129461 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0205  LysR family transcriptional regulator  25.9 
 
 		 288 aa  82.8  0.000000000000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0230  transcriptional regulator, LysR family  29.07 
 
 		 288 aa  82.8  0.000000000000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49340  LysR family transcriptional regulator protein  26.8 
 
 		 312 aa  82.8  0.000000000000006  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0208  LysR family transcriptional regulator  25.9 
 
 		 288 aa  82.8  0.000000000000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0226  LysR family transcriptional regulator  25.5 
 
 		 288 aa  82.4  0.000000000000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0195  LysR family transcriptional regulator  25.5 
 
 		 288 aa  82.4  0.000000000000007  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1236  transcriptional regulator, LysR family  28.2 
 
 		 292 aa  82.4  0.000000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.387856  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0896  LysR family transcriptional regulator  24.32 
 
 		 295 aa  82.8  0.000000000000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.204372  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0223  transcriptional regulator, LysR family  25.5 
 
 		 288 aa  82.4  0.000000000000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>