More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_0888 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_0888  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 300 aa  605  9.999999999999999e-173  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3079  LysR family transcriptional regulator  44.52 
 
 		 300 aa  281  1e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.149584  normal  0.0381152 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6251  LysR family transcriptional regulator  46.78 
 
 		 327 aa  272  5.000000000000001e-72  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.3738  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5969  LysR family transcriptional regulator  46.44 
 
 		 305 aa  271  7e-72  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0037011 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5605  LysR family transcriptional regulator  46.44 
 
 		 305 aa  271  7e-72  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6469  LysR family transcriptional regulator  46.44 
 
 		 305 aa  270  2e-71  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.113472  normal  0.0944873 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3933  transcriptional regulator, LysR family  44.37 
 
 		 306 aa  259  3e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0204  LysR family transcriptional regulator  44.63 
 
 		 339 aa  258  1e-67  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1231  transcriptional regulator, LysR family  41.22 
 
 		 298 aa  246  3e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.214878  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5799  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 332 aa  169  4e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2901  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 325 aa  167  2e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0129461 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0076  transcriptional regulator, LysR family  32.88 
 
 		 302 aa  163  4.0000000000000004e-39  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1892  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 304 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0154443  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0814  LysR family transcriptional regulator  32.55 
 
 		 295 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.35587  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0788  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 334 aa  151  1e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2198  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 295 aa  150  2e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.158475  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1564  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 295 aa  150  2e-35  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0603  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 295 aa  150  2e-35  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2150  LysR family substrate binding transcriptional regulator  34.12 
 
 		 320 aa  150  2e-35  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.651941  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0718  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 295 aa  150  2e-35  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.921816  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2111  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 295 aa  150  2e-35  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.308302  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2039  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 295 aa  150  2e-35  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.479863  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2124  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  33.45 
 
 		 320 aa  147  3e-34  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.797631  normal  0.149196 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1096  transcriptional regulator, LysR family  32.47 
 
 		 297 aa  146  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.000448558  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5799  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 306 aa  146  5e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.192087 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2259  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 314 aa  145  9e-34  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2124  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 297 aa  142  7e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.01237  normal  0.0125374 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1695  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 299 aa  142  9e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2361  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 318 aa  135  6.0000000000000005e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.683125  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2882  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 320 aa  135  8e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.130369 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1667  LysR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 321 aa  135  8e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3045  LysR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 296 aa  132  5e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.458337  normal  0.369645 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3400  LysR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 296 aa  132  6.999999999999999e-30  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0974424  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1027  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 314 aa  128  1.0000000000000001e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3815  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 361 aa  123  3e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000407942 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1946  transcriptional regulator, LysR family  29 
 
 		 316 aa  123  4e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0404  LysR family transcriptional regulator  29.68 
 
 		 311 aa  123  4e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.480543  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1729  LysR family transcriptional regulator  26.27 
 
 		 291 aa  122  7e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0978912  normal  0.139934 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3879  LysR family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 303 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4579  LysR family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 303 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.263741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1507  LysR family transcriptional regulator  30.4 
 
 		 304 aa  121  1.9999999999999998e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1310  LysR family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 303 aa  119  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.000494191  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3622  LysR family transcriptional regulator  28.25 
 
 		 316 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.85611 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4100  LysR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 303 aa  118  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.733  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5498  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 345 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.232176 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4785  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 342 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0237769  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3582  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 342 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.283353  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1845  LysR family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 315 aa  117  3e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.136314  normal  0.795683 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4170  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 349 aa  116  5e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0927  LysR family transcriptional regulator  29.04 
 
 		 348 aa  116  6e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0007  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 324 aa  115  6e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.702355 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0007  LysR family transcriptional regulator  28.67 
 
 		 298 aa  115  7.999999999999999e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4692  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 347 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5155  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 		 303 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3195  putative transcriptional regulator  28.67 
 
 		 363 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3349  LysR family transcriptional regulator  29.08 
 
 		 297 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.89818  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1403  LysR family transcriptional regulator  28.25 
 
 		 303 aa  112  8.000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.311386  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37220  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 317 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.923921  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4763  LysR family transcriptional regulator  27.65 
 
 		 307 aa  110  2.0000000000000002e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0960  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 295 aa  108  8.000000000000001e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.234863  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4468  LysR family transcriptional regulator  27.04 
 
 		 315 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.996518 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2122  LysR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 297 aa  108  9.000000000000001e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.303428  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1775  LysR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 304 aa  105  7e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0671659 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6072  transcriptional regulator, LysR family  27.12 
 
 		 311 aa  105  1e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0569  LysR family transcriptional regulator  33.95 
 
 		 290 aa  103  3e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3810  LysR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 293 aa  102  1e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00430923 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4149  LysR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 307 aa  99.4  7e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.438214  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2056  HTH-type transcriptional regulator GltR  29.96 
 
 		 285 aa  97.8  2e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3293  transcriptional regulator, LysR family  28.99 
 
 		 301 aa  96.7  5e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.563306  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3151  transcriptional regulator  27.48 
 
 		 302 aa  95.5  1e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.117197  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2257  transcriptional regulator, LysR family  27.72 
 
 		 296 aa  94.4  2e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.304398 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4745  LysR family transcriptional regulator  26.57 
 
 		 313 aa  93.6  4e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.729487  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2043  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 301 aa  93.6  4e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0201239 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2365  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 310 aa  93.2  5e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2263  transcriptional regulator, LysR family  25.75 
 
 		 299 aa  92.8  6e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1443  LysR family transcriptional regulator  25.63 
 
 		 311 aa  91.7  1e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.748078 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2180  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.52 
 
 		 307 aa  90.5  3e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.15464  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3458  LysR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 310 aa  90.1  4e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5281  LysR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 310 aa  90.1  4e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.971291  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3972  transcriptional regulator, LysR family  31.71 
 
 		 290 aa  88.2  1e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.539767  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2466  LysR family transcriptional regulator  23.36 
 
 		 311 aa  88.6  1e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5126  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 310 aa  87.4  2e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0428454 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6198  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 296 aa  87  4e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0533844 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01751  putative Rubisco transcriptional regulator  26.9 
 
 		 317 aa  86.7  4e-16  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.348697  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5831  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 296 aa  87  4e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2571  LysR family transcriptional regulator  25.5 
 
 		 292 aa  85.9  7e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.159237  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01661  putative Rubisco transcriptional regulator  27.09 
 
 		 314 aa  85.5  0.000000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0149  putative Rubisco transcriptional regulator  26.76 
 
 		 319 aa  85.5  0.000000000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3549  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 310 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450879  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0071  putative transcriptional regulator LysR-type  27.07 
 
 		 292 aa  84.3  0.000000000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000120497  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2577  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 310 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.571324  normal  0.28199 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01641  putative Rubisco transcriptional regulator  27.09 
 
 		 314 aa  84.7  0.000000000000002  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.569388  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6389  LysR family transcriptional regulator  27.38 
 
 		 291 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0907959  normal  0.0995777 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3970  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 310 aa  84  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0573169 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4138  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 292 aa  84  0.000000000000003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.151589 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2882  LysR family transcriptional regulator  34.62 
 
 		 315 aa  83.6  0.000000000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.241105  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6674  LysR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 296 aa  83.6  0.000000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.143364 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6525  LysR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 301 aa  83.2  0.000000000000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0795  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.03 
 
 		 291 aa  83.2  0.000000000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2203  LysR family transcriptional regulator  26.58 
 
 		 287 aa  83.2  0.000000000000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.460556  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>