More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bxe_C0007 on replicon NC_007953
Organism: Burkholderia xenovorans LB400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007953  Bxe_C0007  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 324 aa  665    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.702355 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1403  LysR family transcriptional regulator  46.05 
 
 		 303 aa  296  2e-79  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.311386  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3879  LysR family transcriptional regulator  45.7 
 
 		 303 aa  290  3e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4579  LysR family transcriptional regulator  46.36 
 
 		 303 aa  289  5.0000000000000004e-77  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.263741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1310  LysR family transcriptional regulator  46.36 
 
 		 303 aa  288  1e-76  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.000494191  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4100  LysR family transcriptional regulator  46.69 
 
 		 303 aa  287  2e-76  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.733  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37220  LysR family transcriptional regulator  46.58 
 
 		 317 aa  266  2e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.923921  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3195  putative transcriptional regulator  46.1 
 
 		 363 aa  265  5.999999999999999e-70  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4763  LysR family transcriptional regulator  38.96 
 
 		 307 aa  227  2e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3815  LysR family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 361 aa  202  7e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000407942 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4468  LysR family transcriptional regulator  38.63 
 
 		 315 aa  196  6e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.996518 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4170  LysR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 349 aa  192  5e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4692  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 347 aa  192  7e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0927  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 348 aa  191  1e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4785  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 342 aa  191  2e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0237769  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5498  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 345 aa  191  2e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.232176 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3582  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 342 aa  191  2e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.283353  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1443  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 311 aa  182  7e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.748078 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1729  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 291 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0978912  normal  0.139934 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3045  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 296 aa  149  6e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.458337  normal  0.369645 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3400  LysR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 296 aa  149  8e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0974424  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1775  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 304 aa  148  1.0000000000000001e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0671659 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3293  transcriptional regulator, LysR family  34.66 
 
 		 301 aa  147  2.0000000000000003e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.563306  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0404  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 311 aa  147  2.0000000000000003e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.480543  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0007  LysR family transcriptional regulator  33.47 
 
 		 298 aa  145  6e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4745  LysR family transcriptional regulator  34.17 
 
 		 313 aa  145  7.0000000000000006e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.729487  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1667  LysR family transcriptional regulator  29.87 
 
 		 321 aa  144  1e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3458  LysR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 310 aa  144  2e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2365  LysR family transcriptional regulator  30.99 
 
 		 310 aa  144  2e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5281  LysR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 310 aa  144  2e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.971291  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2882  LysR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 320 aa  142  9.999999999999999e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.130369 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1845  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 315 aa  137  2e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.136314  normal  0.795683 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1946  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 316 aa  135  7.000000000000001e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2124  LysR family transcriptional regulator  27.17 
 
 		 297 aa  132  6e-30  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.01237  normal  0.0125374 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5126  LysR family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 310 aa  132  6.999999999999999e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0428454 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1096  transcriptional regulator, LysR family  28.74 
 
 		 297 aa  132  7.999999999999999e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.000448558  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2577  LysR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 310 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.571324  normal  0.28199 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3549  LysR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 310 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450879  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3970  LysR family transcriptional regulator  31.34 
 
 		 310 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0573169 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3622  LysR family transcriptional regulator  27.78 
 
 		 316 aa  130  3e-29  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.85611 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2466  LysR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 311 aa  129  1.0000000000000001e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1507  LysR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 304 aa  125  1e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1027  LysR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 314 aa  125  1e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4814  transcriptional regulator, LysR family  29.07 
 
 		 312 aa  124  2e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0274542 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4978  LysR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 309 aa  123  4e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3349  LysR family transcriptional regulator  29.62 
 
 		 297 aa  122  8e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.89818  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5799  transcriptional regulator, LysR family  27.88 
 
 		 332 aa  122  9.999999999999999e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4149  LysR family transcriptional regulator  28.95 
 
 		 307 aa  121  9.999999999999999e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.438214  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2263  transcriptional regulator, LysR family  28.95 
 
 		 299 aa  120  1.9999999999999998e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0474  LysR family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 311 aa  120  3e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2257  transcriptional regulator, LysR family  29.14 
 
 		 296 aa  116  5e-25  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.304398 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0888  transcriptional regulator, LysR family  28.87 
 
 		 300 aa  115  6.9999999999999995e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2901  LysR family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 325 aa  112  6e-24  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0129461 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2361  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 318 aa  113  6e-24  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.683125  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3151  transcriptional regulator  28.67 
 
 		 302 aa  110  3e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.117197  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5605  LysR family transcriptional regulator  25.9 
 
 		 305 aa  108  2e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5969  LysR family transcriptional regulator  25.9 
 
 		 305 aa  108  2e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0037011 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2180  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.31 
 
 		 307 aa  107  3e-22  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.15464  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6469  LysR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 305 aa  107  4e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.113472  normal  0.0944873 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0076  transcriptional regulator, LysR family  30.07 
 
 		 302 aa  106  5e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2571  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 292 aa  106  5e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.159237  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2122  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 297 aa  105  8e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.303428  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0960  LysR family transcriptional regulator  26.62 
 
 		 295 aa  105  1e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.234863  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6251  LysR family transcriptional regulator  25.52 
 
 		 327 aa  103  5e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.3738  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5155  LysR family transcriptional regulator  26.71 
 
 		 303 aa  102  9e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0204  LysR family transcriptional regulator  26.86 
 
 		 339 aa  102  1e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0482  transcriptional regulator, LysR family  28.32 
 
 		 322 aa  101  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0438  transcriptional regulator, LysR family  28.18 
 
 		 322 aa  102  1e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3933  transcriptional regulator, LysR family  26.01 
 
 		 306 aa  100  3e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0553  LysR family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 299 aa  99.8  5e-20  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.141642  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0569  LysR family transcriptional regulator  25.58 
 
 		 290 aa  99.4  8e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2111  LysR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 295 aa  98.2  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.308302  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0718  LysR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 295 aa  98.2  2e-19  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.921816  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1564  LysR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 295 aa  98.2  2e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2198  LysR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 295 aa  98.2  2e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.158475  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0603  LysR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 295 aa  98.2  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2039  LysR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 295 aa  98.2  2e-19  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.479863  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0080  LysR family transcriptional regulator  30.52 
 
 		 303 aa  97.8  2e-19  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1231  transcriptional regulator, LysR family  27.86 
 
 		 298 aa  97.4  3e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.214878  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3079  LysR family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 300 aa  97.1  4e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.149584  normal  0.0381152 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6072  transcriptional regulator, LysR family  26.1 
 
 		 311 aa  96.7  5e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0498  transcriptional regulator, LysR family  25.09 
 
 		 292 aa  95.9  8e-19  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5799  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 306 aa  95.1  1e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.192087 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0814  LysR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 295 aa  94  3e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.35587  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1695  LysR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 299 aa  94  3e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1575  transcriptional regulator, LysR family  26.48 
 
 		 295 aa  92  1e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000381269  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6793  transcriptional regulator, LysR family  27.1 
 
 		 319 aa  90.9  3e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2995  LysR family transcriptional regulator  31.64 
 
 		 321 aa  90.1  4e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0765  LysR family transcriptional regulator  30.56 
 
 		 322 aa  90.1  5e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.144728  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5919  LysR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 332 aa  89.7  6e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0217311  normal  0.163471 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3769  LysR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 299 aa  89.7  6e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.283182  normal  0.37773 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6414  LysR family transcriptional regulator  29.91 
 
 		 296 aa  89.4  8e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.632456  normal  0.773226 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5774  transcriptional regulator LysR family  29.41 
 
 		 332 aa  89.4  8e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6126  LysR family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 302 aa  89  9e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0898  transcriptional regulator, LysR family  26.43 
 
 		 293 aa  89.4  9e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0671  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 304 aa  88.6  1e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.649912  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0788  LysR family transcriptional regulator  27.97 
 
 		 334 aa  87.8  2e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0071  putative transcriptional regulator LysR-type  25.9 
 
 		 292 aa  87.8  2e-16  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000000000120497  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0384  LysR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 316 aa  87.8  2e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1309  transcriptional activator MetR  24.52 
 
 		 305 aa  88.2  2e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00130868  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>