More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_0553 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_0553  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 299 aa  603  9.999999999999999e-173  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.141642  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0498  transcriptional regulator, LysR family  57.09 
 
 		 292 aa  342  5.999999999999999e-93  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3040  LysR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 301 aa  241  1e-62  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4912  transcriptional regulator, LysR family  40.21 
 
 		 295 aa  229  3e-59  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000162486  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3352  LysR family transcriptional regulator  39.18 
 
 		 296 aa  214  1.9999999999999998e-54  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00848544  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3361  LysR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 307 aa  165  9e-40  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000023746  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1945  LysR family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 300 aa  138  1e-31  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.551445  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 300 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  32.76 
 
 		 308 aa  127  2.0000000000000002e-28  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  30.64 
 
 		 300 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1535  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.27 
 
 		 300 aa  126  4.0000000000000003e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.195582  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  30.3 
 
 		 300 aa  126  5e-28  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  29.35 
 
 		 300 aa  125  1e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1726  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 294 aa  125  1e-27  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000000302117  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 300 aa  124  2e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2454  lysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 317 aa  124  2e-27  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0114  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 294 aa  124  2e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 300 aa  123  3e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0157  transcriptional regulator, LysR family  27.27 
 
 		 308 aa  123  3e-27  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1477  LysR family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 302 aa  123  3e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2077  LysR family transcriptional regulator  26.39 
 
 		 296 aa  123  4e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.235572  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  29.35 
 
 		 300 aa  123  5e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2817  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.93 
 
 		 298 aa  122  7e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  29.29 
 
 		 300 aa  122  7e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1825  LysR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 302 aa  122  8e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.705034  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0139  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 308 aa  122  9e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2269  transcriptional regulator, LysR family  27.74 
 
 		 303 aa  122  9.999999999999999e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  25.52 
 
 		 293 aa  121  9.999999999999999e-27  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0497  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 294 aa  121  1.9999999999999998e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.479645  normal  0.474406 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3322  transcriptional regulator, LysR family  27.61 
 
 		 296 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0151906  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 305 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3156  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.5 
 
 		 325 aa  120  3e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46065  normal  0.121521 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1988  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 297 aa  120  3e-26  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1733  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 321 aa  119  3.9999999999999996e-26  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0192173  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1679  transcriptional regulator, LysR family  26.55 
 
 		 304 aa  119  4.9999999999999996e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0883  transcriptional regulator, LysR family  28.06 
 
 		 291 aa  119  4.9999999999999996e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000429967 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1454  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 294 aa  119  4.9999999999999996e-26  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0215589  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3730  DNA-binding transcriptional regulator CynR  26.87 
 
 		 296 aa  119  6e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.107166  normal  0.247106 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4130  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.76 
 
 		 298 aa  119  9e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.717557 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4781  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.76 
 
 		 298 aa  119  9e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.749024  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3386  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.76 
 
 		 298 aa  119  9e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 305 aa  118  9.999999999999999e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4630  LysR family transcriptional regulator  27.59 
 
 		 302 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2464  DNA-binding transcriptional regulator CynR  26.99 
 
 		 311 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3462  DNA-binding transcriptional regulator CynR  26.99 
 
 		 311 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.356635  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3323  DNA-binding transcriptional regulator CynR  26.99 
 
 		 311 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0383  DNA-binding transcriptional regulator CynR  26.99 
 
 		 311 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1243  DNA-binding transcriptional regulator CynR  26.99 
 
 		 311 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3425  DNA-binding transcriptional regulator CynR  26.99 
 
 		 311 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 300 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3085  LysR family transcriptional regulator  26.51 
 
 		 341 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0403  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.39 
 
 		 299 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1713  transcriptional regulator, LysR family  26.55 
 
 		 304 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1684  LysR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 299 aa  117  1.9999999999999998e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00688867  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3464  LysR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 316 aa  117  1.9999999999999998e-25  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0362  DNA-binding transcriptional regulator CynR  31.39 
 
 		 299 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.709016  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00292  DNA-binding transcriptional dual regulator  31.11 
 
 		 299 aa  117  3e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3268  transcriptional regulator, LysR family  31.11 
 
 		 299 aa  117  3e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3660  LysR family transcriptional regulator  26.76 
 
 		 295 aa  117  3e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.141797 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00296  hypothetical protein  31.11 
 
 		 299 aa  117  3e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8459  LysR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 310 aa  117  3e-25  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.983783  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2994  LysR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 314 aa  116  3.9999999999999997e-25  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.735848  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0383  transcriptional regulator, LysR family  26.78 
 
 		 297 aa  116  3.9999999999999997e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.715241  normal  0.903063 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4552  LysR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 307 aa  116  5e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3416  LysR family transcriptional regulator  25.58 
 
 		 320 aa  116  5e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3924  transcriptional regulator, LysR family  27.35 
 
 		 316 aa  116  6e-25  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0269  LysR substrate-binding  28.83 
 
 		 298 aa  115  6.9999999999999995e-25  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.670723  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0007  LysR family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 324 aa  115  7.999999999999999e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.702355 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0369  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.94 
 
 		 299 aa  115  7.999999999999999e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2069  LysR family transcriptional regulator  26.41 
 
 		 295 aa  115  8.999999999999998e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.450351  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3287  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.94 
 
 		 299 aa  115  8.999999999999998e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3720  LysR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 305 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.101076  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4648  LysR family transcriptional regulator  28.38 
 
 		 305 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2817  LysR family transcriptional regulator  26.58 
 
 		 296 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0456  LysR family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 294 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5656  LysR family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 305 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.601684 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2243  LysR family transcriptional regulator  26.41 
 
 		 302 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.839693  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3806  LysR family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 307 aa  114  2.0000000000000002e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.335856 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1148  transcriptional regulator, LysR family  29.01 
 
 		 303 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000219344  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1036  transcriptional regulator, LysR family  27.21 
 
 		 300 aa  114  2.0000000000000002e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2243  LysR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 289 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6941  transcriptional regulator, LysR family  25.09 
 
 		 298 aa  114  2.0000000000000002e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3033  transcriptional regulator, LysR family  27.03 
 
 		 325 aa  114  2.0000000000000002e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.0089298  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2915  transcriptional regulator, LysR family  26.96 
 
 		 305 aa  113  3e-24  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1279  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 310 aa  113  3e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.574858 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3123  transcriptional regulator, LysR family  27.08 
 
 		 293 aa  113  3e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0048  transcriptional regulator, LysR family  26.01 
 
 		 298 aa  113  3e-24  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.968768  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0411  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.94 
 
 		 299 aa  113  4.0000000000000004e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0186  LysR family transcriptional regulator  26.58 
 
 		 296 aa  113  4.0000000000000004e-24  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000312054  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1791  LysR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 290 aa  113  4.0000000000000004e-24  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.027343 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0970  LysR family transcriptional regulator  26.58 
 
 		 303 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0205462  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05450  transcriptional regulator, LysR family  29.01 
 
 		 296 aa  112  5e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0434511  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2226  LysR family transcriptional regulator  25.34 
 
 		 319 aa  112  7.000000000000001e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2919  LysR family transcriptional regulator  29.69 
 
 		 305 aa  112  8.000000000000001e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.395037  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5949  DNA-binding transcriptional regulator CynR  26.41 
 
 		 295 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.233312  normal  0.638196 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2840  LysR family transcriptional regulator  26.12 
 
 		 299 aa  112  9e-24  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0396  LysR family transcriptional regulator  25.5 
 
 		 300 aa  111  1.0000000000000001e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.21777  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4870  LysR family transcriptional regulator  26.48 
 
 		 297 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0142  transcriptional regulator, LysR family  31.65 
 
 		 297 aa  111  1.0000000000000001e-23  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0198  LysR family transcriptional regulator  25.96 
 
 		 308 aa  111  2.0000000000000002e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>