More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_3361 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_3361  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 307 aa  623  1e-177  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000023746  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4912  transcriptional regulator, LysR family  37.33 
 
 		 295 aa  191  2e-47  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000162486  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0498  transcriptional regulator, LysR family  35.55 
 
 		 292 aa  184  2.0000000000000003e-45  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3040  LysR family transcriptional regulator  37.99 
 
 		 301 aa  172  5.999999999999999e-42  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0553  LysR family transcriptional regulator  34.39 
 
 		 299 aa  153  4e-36  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.141642  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3352  LysR family transcriptional regulator  30 
 
 		 296 aa  141  9.999999999999999e-33  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00848544  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0883  transcriptional regulator, LysR family  27.91 
 
 		 291 aa  119  7.999999999999999e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000429967 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05450  transcriptional regulator, LysR family  28.85 
 
 		 296 aa  117  1.9999999999999998e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0434511  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1733  LysR family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 321 aa  114  3e-24  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0192173  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2817  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.05 
 
 		 298 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1454  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 294 aa  110  4.0000000000000004e-23  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0215589  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1726  LysR family transcriptional regulator  29.45 
 
 		 294 aa  109  6e-23  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000000302117  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5949  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.61 
 
 		 295 aa  108  1e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.233312  normal  0.638196 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5705  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.61 
 
 		 295 aa  107  3e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.202456 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1988  LysR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 297 aa  106  4e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4130  DNA-binding transcriptional regulator CynR  26.69 
 
 		 298 aa  105  9e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.717557 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4781  DNA-binding transcriptional regulator CynR  26.69 
 
 		 298 aa  105  9e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.749024  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3386  DNA-binding transcriptional regulator CynR  26.69 
 
 		 298 aa  105  9e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1535  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.41 
 
 		 300 aa  105  1e-21  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.195582  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3425  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.15 
 
 		 311 aa  104  2e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2464  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.15 
 
 		 311 aa  104  2e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3462  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.15 
 
 		 311 aa  104  2e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.356635  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1243  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.15 
 
 		 311 aa  104  2e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0383  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.15 
 
 		 311 aa  104  2e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3323  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.15 
 
 		 311 aa  104  2e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2915  transcriptional regulator, LysR family  25.53 
 
 		 305 aa  102  9e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  25.25 
 
 		 300 aa  101  1e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2080  transcriptional regulator, LysR family  27.95 
 
 		 295 aa  102  1e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1791  LysR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 290 aa  102  1e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.027343 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0369  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.34 
 
 		 299 aa  101  1e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00292  DNA-binding transcriptional dual regulator  26.99 
 
 		 299 aa  101  2e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3268  transcriptional regulator, LysR family  26.99 
 
 		 299 aa  101  2e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  25.25 
 
 		 300 aa  100  2e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0403  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.34 
 
 		 299 aa  101  2e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2145  DNA-binding transcriptional regulator CynR  25.77 
 
 		 304 aa  100  2e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.276237  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0362  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.34 
 
 		 299 aa  101  2e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.709016  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0456  LysR family transcriptional regulator  25.98 
 
 		 294 aa  100  2e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0411  DNA-binding transcriptional regulator CynR  30.96 
 
 		 299 aa  100  2e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00296  hypothetical protein  26.99 
 
 		 299 aa  101  2e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0449  LysR family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 307 aa  100  3e-20  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00010985  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  27.05 
 
 		 298 aa  100  3e-20  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4861  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.45 
 
 		 301 aa  100  3e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0956909 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3287  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.43 
 
 		 299 aa  100  3e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  24.92 
 
 		 300 aa  100  4e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  24.92 
 
 		 300 aa  100  4e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3033  transcriptional regulator, LysR family  25.91 
 
 		 325 aa  99.8  5e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.0089298  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0284  LysR family transcriptional regulator  24.31 
 
 		 294 aa  99.8  5e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  27.4 
 
 		 296 aa  99.4  6e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5125  transcriptional regulator, LysR family  24.92 
 
 		 304 aa  99.4  6e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  25.25 
 
 		 300 aa  99.4  8e-20  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5606  DNA-binding transcriptional regulator CynR  24.43 
 
 		 328 aa  99.4  8e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.22241  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 295 aa  98.6  1e-19  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  36.36 
 
 		 301 aa  98.6  1e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1477  LysR family transcriptional regulator  25.61 
 
 		 314 aa  99  1e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.490418  normal  0.438801 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3462  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.12 
 
 		 311 aa  98.2  2e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  24.58 
 
 		 300 aa  97.8  2e-19  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3094  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.03 
 
 		 295 aa  97.8  2e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.899085  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 305 aa  97.8  2e-19  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0396  LysR family transcriptional regulator  25.53 
 
 		 300 aa  97.4  3e-19  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.21777  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  24.58 
 
 		 300 aa  96.7  4e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01621  putative Rubisco transcriptional regulator  25.25 
 
 		 322 aa  96.7  4e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2009  LysR family transcriptional regulator  24.26 
 
 		 334 aa  96.7  4e-19  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.476347  normal  0.474901 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  25.5 
 
 		 300 aa  96.7  4e-19  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 298 aa  96.7  5e-19  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0371  transcriptional regulator, LysR family  26.33 
 
 		 298 aa  96.3  6e-19  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0434666  hitchhiker  0.0000318758 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  24.83 
 
 		 300 aa  95.9  7e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1855  transcriptional regulator, LysR family  24.23 
 
 		 308 aa  95.9  7e-19  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  26.33 
 
 		 298 aa  95.9  8e-19  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1985  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.76 
 
 		 300 aa  95.1  1e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.464368 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3368  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.62 
 
 		 292 aa  95.1  1e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.578087  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0146  LysR family transcriptional regulator  24.59 
 
 		 337 aa  95.1  1e-18  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  26 
 
 		 299 aa  95.1  1e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_26681  putative Rubisco transcriptional regulator  26.87 
 
 		 323 aa  95.1  1e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2203  LysR family transcriptional regulator  25.6 
 
 		 287 aa  94.7  2e-18  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.460556  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4855  LysR family transcriptional regulator  27.82 
 
 		 297 aa  94.4  2e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1749  LysR family transcriptional regulator  24.59 
 
 		 337 aa  94.7  2e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.301666  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5664  transcriptional regulator, LysR family  27.99 
 
 		 297 aa  94.7  2e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0363  LysR family transcriptional regulator  26.33 
 
 		 298 aa  94.7  2e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1980  LysR family transcriptional regulator  25.73 
 
 		 329 aa  94.4  2e-18  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.362231  normal  0.28719 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0970  LysR family transcriptional regulator  25.17 
 
 		 303 aa  94.7  2e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0205462  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1671  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 296 aa  94.7  2e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5263  transcriptional regulator, LysR family  27.61 
 
 		 297 aa  94.7  2e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3757  LysR family transcriptional regulator  24.57 
 
 		 316 aa  94.4  2e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.634887 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2850  LysR family substrate binding transcriptional regulator  25.1 
 
 		 290 aa  94  3e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.46504  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0295  putative Rubisco transcriptional regulator  25.34 
 
 		 331 aa  94  3e-18  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2398  putative Rubisco transcriptional regulator  25 
 
 		 329 aa  94  3e-18  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5293  transcriptional regulator, LysR family  27.61 
 
 		 297 aa  93.6  3e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4870  LysR family transcriptional regulator  27.61 
 
 		 297 aa  93.6  4e-18  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3454  LysR family transcriptional regulator  27.98 
 
 		 298 aa  93.2  4e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3085  LysR family transcriptional regulator  26.52 
 
 		 341 aa  93.2  5e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2226  LysR family transcriptional regulator  24.91 
 
 		 319 aa  93.2  5e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2700  LysR family transcriptional regulator  25.57 
 
 		 303 aa  93.2  5e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.469247  normal  0.332498 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3845  DNA-binding transcriptional regulator IlvY  26.51 
 
 		 297 aa  93.2  5e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.249595  decreased coverage  0.0000000043089 
 
 
-
 
NC_005945  BAS5025  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 297 aa  92.8  6e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5406  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 297 aa  92.8  6e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3137  LysR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 323 aa  92.8  6e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4060  transcriptional regulator, LysR family protein  28.12 
 
 		 288 aa  92.8  6e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.833958  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4630  LysR family transcriptional regulator  25.18 
 
 		 302 aa  92.8  7e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0127  LysR family transcriptional regulator  24.92 
 
 		 308 aa  92.8  7e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0953  transcriptional regulator, LysR family  26.67 
 
 		 294 aa  92.8  7e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>