More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_5125 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010676  Bphyt_5125  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 304 aa  615  1e-175  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0517  LysR family transcriptional regulator  72.61 
 
 		 307 aa  459  9.999999999999999e-129  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.419389  normal  0.852765 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  42.95 
 
 		 302 aa  263  3e-69  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0279  transcriptional regulator, LysR family  38.67 
 
 		 297 aa  246  4.9999999999999997e-64  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0279  transcriptional regulator, LysR family  38.67 
 
 		 297 aa  246  4.9999999999999997e-64  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3236  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 299 aa  223  4e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0163272  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 302 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2961  LysR family transcriptional regulator  38.33 
 
 		 292 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0923221 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  40.33 
 
 		 306 aa  218  7.999999999999999e-56  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2711  LysR family transcriptional regulator  38.26 
 
 		 292 aa  218  1e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2938  transcriptional regulator, LysR family  39.13 
 
 		 293 aa  214  9.999999999999999e-55  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  40.13 
 
 		 304 aa  212  5.999999999999999e-54  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2393  transcriptional regulator, LysR family  38.74 
 
 		 304 aa  211  2e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.340015 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1439  transcriptional regulator, LysR family  37.17 
 
 		 300 aa  209  4e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.267648  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  37.67 
 
 		 303 aa  209  5e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2719  transcriptional regulator, LysR family  40.92 
 
 		 300 aa  207  2e-52  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2666  LysR family transcriptional regulator  38.08 
 
 		 299 aa  206  3e-52  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2936  LysR family transcriptional regulator  40.13 
 
 		 292 aa  205  1e-51  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1852  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 300 aa  204  2e-51  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.0275595 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3613  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 297 aa  204  2e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000514722  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4581  LysR family transcriptional regulator  37.05 
 
 		 315 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3059  LysR family transcriptional regulator  39.47 
 
 		 310 aa  200  3e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3902  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 296 aa  199  3e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5166  LysR family transcriptional regulator  37.7 
 
 		 308 aa  199  5e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  36.79 
 
 		 305 aa  199  6e-50  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  37.05 
 
 		 302 aa  199  6e-50  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1833  LysR family transcriptional regulator  37.62 
 
 		 294 aa  197  1.0000000000000001e-49  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0313852  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5252  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 295 aa  196  3e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  37.34 
 
 		 307 aa  196  5.000000000000001e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3220  transcriptional regulator, LysR family  37 
 
 		 293 aa  196  6e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1107  transcriptional regulator, LysR family  35.79 
 
 		 293 aa  194  1e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2951  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.69 
 
 		 299 aa  194  2e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.67844  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7085  LysR family transcriptional regulator  36.12 
 
 		 295 aa  194  2e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 304 aa  194  2e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0746  LysR family transcriptional regulator  37.95 
 
 		 306 aa  193  2e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31030  Transcriptional regulator, LysR family  37.12 
 
 		 297 aa  193  3e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3230  regulatory protein, LysR  35.57 
 
 		 298 aa  193  3e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.796191 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1499  transcriptional regulator, LysR family  37.5 
 
 		 296 aa  193  3e-48  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00456019 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 313 aa  193  3e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4923  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.87 
 
 		 300 aa  192  4e-48  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4138  transcriptional regulator, LysR family  37.99 
 
 		 296 aa  192  4e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3940  transcriptional regulator, LysR family  37.83 
 
 		 295 aa  192  5e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  36.24 
 
 		 309 aa  192  6e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  34.53 
 
 		 309 aa  192  7e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1652  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 302 aa  192  8e-48  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 298 aa  191  9e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3530  LysR family transcriptional regulator  34.9 
 
 		 296 aa  191  9e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  34.54 
 
 		 294 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5638  LysR family transcriptional regulator  34.78 
 
 		 302 aa  191  1e-47  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.360222  hitchhiker  0.00205655 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2449  transcriptional regulator, LysR family  34.67 
 
 		 300 aa  191  1e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00856544  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3214  transcriptional regulator, LysR family  34.75 
 
 		 299 aa  190  2e-47  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00397323 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2327  transcription regulator protein  35.53 
 
 		 299 aa  190  2e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1970  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 399 aa  190  2e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 307 aa  190  2e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 307 aa  190  2e-47  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  36.18 
 
 		 335 aa  189  4e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3953  transcriptional regulator, LysR family  36.18 
 
 		 300 aa  189  5e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.319845  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1434  LysR family transcriptional regulator  36.39 
 
 		 301 aa  188  9e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.325668  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4504  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 304 aa  188  9e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2085  transcriptional regulator, LysR family  38.89 
 
 		 301 aa  187  2e-46  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.722074  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 295 aa  187  2e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  32.79 
 
 		 298 aa  187  2e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2087  LysR family transcriptional regulator  38.08 
 
 		 318 aa  187  3e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0306399  normal  0.33817 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31220  Transcriptional regulator, LysR family  37 
 
 		 308 aa  186  3e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 296 aa  187  3e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0831  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 296 aa  186  4e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  36.45 
 
 		 293 aa  186  4e-46  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0178  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 306 aa  185  6e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0527028  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5653  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 307 aa  186  6e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6611  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 305 aa  185  6e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.541537 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0157  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 305 aa  186  6e-46  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.000785598  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6129  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 305 aa  185  7e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.414294 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5764  LysR family transcriptional regulator  33.77 
 
 		 305 aa  185  7e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2132  transcriptional regulator, LysR family  38.03 
 
 		 298 aa  185  8e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2116  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 305 aa  185  8e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0265238 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1344  transcriptional regulator, LysR family  37.17 
 
 		 296 aa  185  8e-46  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00247694  normal  0.0669225 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  35 
 
 		 297 aa  185  9e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1704  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 301 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.743789  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  32.78 
 
 		 302 aa  184  1.0000000000000001e-45  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  36.51 
 
 		 299 aa  184  1.0000000000000001e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0260  LysR family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 302 aa  184  1.0000000000000001e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.026779 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0765  LysR, substrate-binding  33.99 
 
 		 299 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.960601  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3610  hypothetical protein  33.88 
 
 		 299 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0374  LysR family transcriptional regulator  34.31 
 
 		 299 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.454239 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0361  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 298 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3094  LysR family transcriptional regulator  37.38 
 
 		 301 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.473286  normal  0.0793599 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6079  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 294 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.929985  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1211  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 296 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.159802  normal  0.291896 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  36.75 
 
 		 298 aa  184  2.0000000000000003e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5843  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 294 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0981  transcriptional regulator, LysR family  36 
 
 		 307 aa  183  3e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 294 aa  183  3e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4932  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 322 aa  183  3e-45  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.657374  hitchhiker  0.000452081 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 301 aa  183  3e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2218  LysR family transcriptional regulator  37.46 
 
 		 298 aa  183  3e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.42945 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2957  transcriptional regulator, LysR family  36.18 
 
 		 306 aa  183  4.0000000000000006e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0014906 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1872  transcriptional regulator, LysR family  38.05 
 
 		 297 aa  183  4.0000000000000006e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4560  LysR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 302 aa  183  4.0000000000000006e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.788363  normal  0.629555 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1300  transcriptional regulator, LysR family  35.88 
 
 		 301 aa  182  4.0000000000000006e-45  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0677  LysR family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 299 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>