More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cphy_3040 on replicon NC_010001
Organism: Clostridium phytofermentans ISDg



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010001  Cphy_3040  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 301 aa  614  1e-175  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0553  LysR family transcriptional regulator  43.1 
 
 		 299 aa  228  7e-59  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.141642  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0498  transcriptional regulator, LysR family  38.97 
 
 		 292 aa  218  7e-56  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4912  transcriptional regulator, LysR family  37.28 
 
 		 295 aa  205  8e-52  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000162486  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3352  LysR family transcriptional regulator  35.21 
 
 		 296 aa  173  3.9999999999999995e-42  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00848544  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3361  LysR family transcriptional regulator  37.99 
 
 		 307 aa  172  5.999999999999999e-42  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  unclonable  0.0000000023746  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1713  transcriptional regulator, LysR family  27.68 
 
 		 304 aa  115  6.9999999999999995e-25  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2243  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 289 aa  113  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1679  transcriptional regulator, LysR family  26.55 
 
 		 304 aa  112  8.000000000000001e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1243  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.7 
 
 		 311 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0383  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.7 
 
 		 311 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2464  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.7 
 
 		 311 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3323  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.7 
 
 		 311 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0456  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 294 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3462  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.32 
 
 		 311 aa  110  3e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.356635  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3425  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.32 
 
 		 311 aa  110  3e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3313  LysR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 302 aa  109  5e-23  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.600178  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05450  transcriptional regulator, LysR family  28.68 
 
 		 296 aa  108  1e-22  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0434511  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2243  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 302 aa  107  2e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.839693  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3660  LysR family transcriptional regulator  31.09 
 
 		 295 aa  107  3e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.141797 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3462  DNA-binding transcriptional regulator CynR  29.32 
 
 		 311 aa  105  6e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3635  LysR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 318 aa  105  7e-22  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.287506  normal  0.0415744 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0114  LysR family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 294 aa  105  9e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2069  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 295 aa  104  2e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.450351  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2145  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.12 
 
 		 304 aa  103  3e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.276237  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4630  LysR family transcriptional regulator  26.51 
 
 		 302 aa  101  1e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1200  DNA-binding transcriptional regulator CynR  28.95 
 
 		 311 aa  102  1e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0284  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 294 aa  102  1e-20  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3156  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.46 
 
 		 325 aa  101  2e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46065  normal  0.121521 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3960  LysR family transcriptional regulator  28.44 
 
 		 320 aa  101  2e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.583838  normal  0.331614 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2817  DNA-binding transcriptional regulator CynR  26.49 
 
 		 298 aa  100  3e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1825  LysR family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 302 aa  100  3e-20  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.705034  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1726  LysR family transcriptional regulator  28.68 
 
 		 294 aa  100  4e-20  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000000302117  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3322  transcriptional regulator, LysR family  26.91 
 
 		 296 aa  99.8  5e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0151906  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2077  LysR family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 296 aa  99.4  6e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.235572  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0701  transcriptional regulator, LysR family  32.72 
 
 		 307 aa  99.4  7e-20  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4226  LysR family transcriptional regulator  27.45 
 
 		 311 aa  99  8e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0289175  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3565  LysR family transcriptional regulator  27.6 
 
 		 303 aa  98.6  1e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.116622  normal  0.0782096 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2659  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 313 aa  98.6  1e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.112809  normal  0.412166 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3234  DNA-binding transcriptional regulator CynR  26.64 
 
 		 295 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.842433  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02139  transcriptional regulator  27.08 
 
 		 289 aa  98.6  1e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0266  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 313 aa  98.6  1e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.275341  normal  0.0743516 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3033  transcriptional regulator, LysR family  28.93 
 
 		 325 aa  98.6  1e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  hitchhiker  0.0089298  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5949  DNA-binding transcriptional regulator CynR  25.68 
 
 		 295 aa  98.6  1e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.233312  normal  0.638196 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3123  transcriptional regulator, LysR family  26.85 
 
 		 293 aa  97.4  2e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1148  transcriptional regulator, LysR family  27.34 
 
 		 303 aa  97.4  2e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000219344  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003682  transcriptional regulator LysR family  27.08 
 
 		 289 aa  97.8  2e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1535  DNA-binding transcriptional regulator CynR  25.17 
 
 		 300 aa  98.2  2e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.195582  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  26.25 
 
 		 293 aa  97.8  2e-19  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5705  DNA-binding transcriptional regulator CynR  25.34 
 
 		 295 aa  97.4  3e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.202456 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4870  LysR family transcriptional regulator  26.86 
 
 		 297 aa  97.4  3e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0953  transcriptional regulator, LysR family  28.19 
 
 		 294 aa  97.4  3e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2640  RuBisCO operon transcriptional regulator  28.22 
 
 		 305 aa  97.1  3e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2022  LysR family transcriptional regulator  26.79 
 
 		 309 aa  96.7  5e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0620122  normal  0.0797415 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2051  transcriptional regulator, LysR family  27.69 
 
 		 300 aa  96.3  5e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.183116  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1743  transcriptional regulator, LysR family  27.69 
 
 		 300 aa  96.3  5e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.854551 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4781  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.49 
 
 		 298 aa  96.3  6e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.749024  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4130  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.49 
 
 		 298 aa  96.3  6e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.717557 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3386  DNA-binding transcriptional regulator CynR  27.49 
 
 		 298 aa  96.3  6e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1791  LysR family transcriptional regulator  29.72 
 
 		 290 aa  95.5  9e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.027343 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0187  transcriptional regulator, LysR family  23.65 
 
 		 322 aa  95.5  9e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.502015  normal  0.832957 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1370  transcriptional regulator, LysR family  28.28 
 
 		 313 aa  95.1  1e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.173382  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5025  LysR family transcriptional regulator  26.5 
 
 		 297 aa  95.5  1e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5406  LysR family transcriptional regulator  26.5 
 
 		 297 aa  95.5  1e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5152  transcriptional regulator, LysR family  27.54 
 
 		 307 aa  95.1  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.177814  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5338  transcriptional regulator, LysR family  26.5 
 
 		 297 aa  94.7  1e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5664  transcriptional regulator, LysR family  26.5 
 
 		 297 aa  94.7  1e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4855  LysR family transcriptional regulator  26.5 
 
 		 297 aa  94.7  2e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1084  LysR family transcriptional regulator  25.83 
 
 		 297 aa  94  2e-18  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000126748  hitchhiker  0.00000896339 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2549  LysR family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 337 aa  94.7  2e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.30655  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3855  transcriptional regulator, LysR family  27.8 
 
 		 316 aa  94.4  2e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5293  transcriptional regulator, LysR family  26.5 
 
 		 297 aa  94.7  2e-18  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1855  transcriptional regulator, LysR family  26.94 
 
 		 308 aa  94  3e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5370  LysR family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 287 aa  94  3e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.626785  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2226  LysR family transcriptional regulator  22.94 
 
 		 319 aa  94  3e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2736  transcriptional regulator, substrate-binding of LysR family protein  23.63 
 
 		 294 aa  93.6  4e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3073  LysR family transcriptional regulator  25.08 
 
 		 304 aa  93.6  4e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0065  LysR family transcriptional regulator  25.85 
 
 		 296 aa  93.6  4e-18  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3595  LysR family transcriptional regulator  27.3 
 
 		 293 aa  93.6  4e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.62395 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5263  transcriptional regulator, LysR family  26.5 
 
 		 297 aa  93.2  4e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0809  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.27 
 
 		 293 aa  93.6  4e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1454  LysR family transcriptional regulator  29.05 
 
 		 294 aa  93.2  4e-18  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0215589  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02086  predicted DNA-binding transcriptional regulator  27.27 
 
 		 293 aa  93.2  5e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0640427  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2304  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.27 
 
 		 293 aa  93.2  5e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00791446 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02045  hypothetical protein  27.27 
 
 		 293 aa  93.2  5e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.074382  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3293  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.27 
 
 		 293 aa  93.2  5e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.020887  normal  0.438576 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2037  transcriptional regulator, LysR family  24.57 
 
 		 304 aa  93.2  5e-18  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0223119  hitchhiker  0.000202643 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2293  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.27 
 
 		 293 aa  93.2  5e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2454  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.27 
 
 		 293 aa  93.2  5e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5280  LysR family transcriptional regulator  26.15 
 
 		 297 aa  92.8  6e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0831  LysR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 298 aa  92.8  6e-18  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4872  LysR family transcriptional regulator  25.98 
 
 		 295 aa  92.4  7e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.511733  normal  0.704501 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2009  LysR family transcriptional regulator  26.4 
 
 		 334 aa  92.8  7e-18  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.476347  normal  0.474901 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2440  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.18 
 
 		 287 aa  92.4  8e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.924518 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2392  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.18 
 
 		 287 aa  92.4  8e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.26292  hitchhiker  0.00212314 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6254  LysR family transcriptional regulator  24.67 
 
 		 320 aa  92.4  8e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2348  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.18 
 
 		 287 aa  92.4  8e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000261353  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2436  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.18 
 
 		 287 aa  92.4  8e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0199714 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2550  putative DNA-binding transcriptional regulator  27.18 
 
 		 287 aa  92.4  8e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00111574 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1827  LysR family transcriptional regulator  28.45 
 
 		 317 aa  92.4  9e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.140863  hitchhiker  0.00393629 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>