More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_1845 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_1845  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 315 aa  630  1e-179  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.136314  normal  0.795683 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3622  LysR family transcriptional regulator  91.46 
 
 		 316 aa  573  1.0000000000000001e-162  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.85611 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1946  transcriptional regulator, LysR family  90.19 
 
 		 316 aa  564  1e-160  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1667  LysR family transcriptional regulator  77.12 
 
 		 321 aa  495  1e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2882  LysR family transcriptional regulator  74.83 
 
 		 320 aa  451  1.0000000000000001e-126  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.130369 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1096  transcriptional regulator, LysR family  48.19 
 
 		 297 aa  286  4e-76  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.000448558  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2124  LysR family transcriptional regulator  47.12 
 
 		 297 aa  280  2e-74  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.01237  normal  0.0125374 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1729  LysR family transcriptional regulator  42.61 
 
 		 291 aa  264  2e-69  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0978912  normal  0.139934 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1507  LysR family transcriptional regulator  46.49 
 
 		 304 aa  253  4.0000000000000004e-66  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3349  LysR family transcriptional regulator  45.73 
 
 		 297 aa  249  4e-65  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.89818  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4468  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 315 aa  208  8e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.996518 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4763  LysR family transcriptional regulator  37.33 
 
 		 307 aa  205  1e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4785  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 342 aa  192  5e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0237769  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5498  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 345 aa  192  5e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.232176 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3582  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 342 aa  192  5e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.283353  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1443  LysR family transcriptional regulator  37.6 
 
 		 311 aa  192  7e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.748078 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4692  LysR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 347 aa  191  1e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3815  LysR family transcriptional regulator  37.79 
 
 		 361 aa  190  2e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000407942 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4170  LysR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 349 aa  191  2e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0927  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 348 aa  188  9e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1027  LysR family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 314 aa  186  3e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2263  transcriptional regulator, LysR family  32.99 
 
 		 299 aa  182  6e-45  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3045  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 296 aa  182  8.000000000000001e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.458337  normal  0.369645 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3400  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 296 aa  181  1e-44  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0974424  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2257  transcriptional regulator, LysR family  31.86 
 
 		 296 aa  171  2e-41  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.304398 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2571  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 292 aa  169  5e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.159237  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0404  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 311 aa  159  6e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.480543  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1403  LysR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 303 aa  156  4e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.311386  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3879  LysR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 303 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4100  LysR family transcriptional regulator  33.2 
 
 		 303 aa  154  1e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.733  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4579  LysR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 303 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.263741  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0007  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 298 aa  153  2.9999999999999998e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1310  LysR family transcriptional regulator  32.81 
 
 		 303 aa  153  2.9999999999999998e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.000494191  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4745  LysR family transcriptional regulator  36.54 
 
 		 313 aa  153  2.9999999999999998e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.729487  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37220  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 317 aa  150  2e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.923921  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2361  LysR family transcriptional regulator  31.44 
 
 		 318 aa  150  3e-35  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.683125  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3195  putative transcriptional regulator  31.47 
 
 		 363 aa  149  6e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1775  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 304 aa  148  1.0000000000000001e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0671659 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3151  transcriptional regulator  32.63 
 
 		 302 aa  147  2.0000000000000003e-34  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.117197  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3293  transcriptional regulator, LysR family  34.06 
 
 		 301 aa  147  2.0000000000000003e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.563306  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2466  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 311 aa  146  3e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4149  LysR family transcriptional regulator  29.17 
 
 		 307 aa  144  1e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.438214  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3458  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 310 aa  143  3e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5281  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 310 aa  143  3e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.971291  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5969  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 305 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0037011 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5605  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 305 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6469  LysR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 305 aa  139  7e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.113472  normal  0.0944873 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0007  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 324 aa  137  2e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.702355 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6251  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 327 aa  137  2e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.3738  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2365  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 310 aa  136  4e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3549  LysR family transcriptional regulator  33.72 
 
 		 310 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450879  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5126  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 310 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0428454 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2577  LysR family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 310 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.571324  normal  0.28199 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3970  LysR family transcriptional regulator  33.98 
 
 		 310 aa  134  3e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0573169 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3810  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 293 aa  132  6.999999999999999e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00430923 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5799  transcriptional regulator, LysR family  32.03 
 
 		 332 aa  129  5.0000000000000004e-29  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0569  LysR family transcriptional regulator  33.99 
 
 		 290 aa  125  1e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1892  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 304 aa  124  2e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0154443  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0474  LysR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 311 aa  123  3e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2901  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 325 aa  122  8e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0129461 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3079  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 300 aa  122  9e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.149584  normal  0.0381152 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4814  transcriptional regulator, LysR family  31.21 
 
 		 312 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0274542 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1231  transcriptional regulator, LysR family  30 
 
 		 298 aa  118  9.999999999999999e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.214878  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0076  transcriptional regulator, LysR family  27.82 
 
 		 302 aa  117  1.9999999999999998e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0888  transcriptional regulator, LysR family  27.88 
 
 		 300 aa  117  3e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2122  LysR family transcriptional regulator  30.57 
 
 		 297 aa  115  8.999999999999998e-25  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.303428  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5155  LysR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 303 aa  114  3e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3933  transcriptional regulator, LysR family  25.56 
 
 		 306 aa  112  1.0000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2259  LysR family transcriptional regulator  26.39 
 
 		 314 aa  111  2.0000000000000002e-23  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2150  LysR family substrate binding transcriptional regulator  26.39 
 
 		 320 aa  111  2.0000000000000002e-23  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.651941  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0960  LysR family transcriptional regulator  27 
 
 		 295 aa  110  3e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.234863  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5799  LysR family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 306 aa  110  4.0000000000000004e-23  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.192087 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2124  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  26.04 
 
 		 320 aa  108  2e-22  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.797631  normal  0.149196 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0080  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 303 aa  107  3e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1985  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  29.84 
 
 		 300 aa  105  1e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.464368 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23730  LysR family transcriptional regulator  30.89 
 
 		 297 aa  104  2e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0194065 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2011  LysR family transcriptional regulator  30.5 
 
 		 297 aa  103  3e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.174937  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1293  LysR family transcriptional regulator  25.81 
 
 		 294 aa  103  3e-21  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000772751  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6072  transcriptional regulator, LysR family  25.24 
 
 		 311 aa  103  4e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1695  LysR family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 299 aa  103  4e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0204  LysR family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 339 aa  102  6e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34290  Transcriptional regualtor, LysR family  30.4 
 
 		 294 aa  102  7e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1477  LysR family transcriptional regulator  27.13 
 
 		 302 aa  102  8e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2919  LysR family transcriptional regulator  35.88 
 
 		 305 aa  102  8e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.395037  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2531  transcriptional regulator, LysR family  29.92 
 
 		 308 aa  102  1e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.351481  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 300 aa  102  1e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2159  transcriptional regulator, LysR family  29.92 
 
 		 308 aa  102  1e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.597139  hitchhiker  0.0000167573 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 300 aa  102  1e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  27.84 
 
 		 300 aa  102  1e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 300 aa  101  2e-20  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  27.84 
 
 		 300 aa  101  2e-20  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0814  LysR family transcriptional regulator  27.24 
 
 		 295 aa  100  3e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.35587  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2724  LysR family transcriptional regulator  29.88 
 
 		 293 aa  100  4e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0713788  normal  0.0834627 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2253  transcriptional regulator, LysR family  28.68 
 
 		 303 aa  100  4e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.105468  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3285  LysR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 297 aa  99.8  5e-20  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0242325  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3500  transcriptional regulator, LysR family  26.74 
 
 		 297 aa  99.8  5e-20  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3543  LysR family transcriptional regulator  26.74 
 
 		 297 aa  99.8  5e-20  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5080  LysR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 364 aa  99.8  6e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  27.45 
 
 		 300 aa  99.8  6e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 296 aa  99.8  6e-20  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>