More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_1403 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_1403  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 303 aa  614  1e-175  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.311386  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4100  LysR family transcriptional regulator  70.86 
 
 		 303 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.733  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1310  LysR family transcriptional regulator  70.53 
 
 		 303 aa  445  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.000494191  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4579  LysR family transcriptional regulator  70.2 
 
 		 303 aa  444  1e-123  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.263741  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3879  LysR family transcriptional regulator  69.54 
 
 		 303 aa  444  1e-123  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37220  LysR family transcriptional regulator  70.16 
 
 		 317 aa  421  1e-117  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.923921  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3195  putative transcriptional regulator  70.16 
 
 		 363 aa  420  1e-116  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0007  LysR family transcriptional regulator  46.05 
 
 		 324 aa  296  2e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.702355 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4763  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 307 aa  241  1e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3815  LysR family transcriptional regulator  40.97 
 
 		 361 aa  229  4e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000407942 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4170  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 349 aa  228  1e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0927  LysR family transcriptional regulator  41.32 
 
 		 348 aa  225  9e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4692  LysR family transcriptional regulator  41.67 
 
 		 347 aa  224  1e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5498  LysR family transcriptional regulator  40.97 
 
 		 345 aa  220  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.232176 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3582  LysR family transcriptional regulator  40.97 
 
 		 342 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.283353  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4785  LysR family transcriptional regulator  40.97 
 
 		 342 aa  221  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0237769  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4468  LysR family transcriptional regulator  41.7 
 
 		 315 aa  216  2.9999999999999998e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.996518 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1443  LysR family transcriptional regulator  39.11 
 
 		 311 aa  213  2.9999999999999995e-54  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.748078 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4745  LysR family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 313 aa  200  1.9999999999999998e-50  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.729487  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1729  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 291 aa  194  1e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0978912  normal  0.139934 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1096  transcriptional regulator, LysR family  36.06 
 
 		 297 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.000448558  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0404  LysR family transcriptional regulator  36.78 
 
 		 311 aa  169  4e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.480543  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2365  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 310 aa  169  4e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2124  LysR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 297 aa  169  7e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.01237  normal  0.0125374 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3458  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 310 aa  168  1e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5281  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 310 aa  168  1e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.971291  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1946  transcriptional regulator, LysR family  34.04 
 
 		 316 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1507  LysR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 304 aa  163  3e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3549  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 310 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450879  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3970  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 310 aa  160  2e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0573169 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2577  LysR family transcriptional regulator  36.82 
 
 		 310 aa  160  2e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.571324  normal  0.28199 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1667  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 321 aa  160  3e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3045  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 296 aa  159  6e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.458337  normal  0.369645 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2882  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 320 aa  157  1e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.130369 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3400  LysR family transcriptional regulator  34.59 
 
 		 296 aa  158  1e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0974424  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4814  transcriptional regulator, LysR family  33.23 
 
 		 312 aa  158  1e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0274542 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5126  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 310 aa  158  1e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0428454 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1845  LysR family transcriptional regulator  33.7 
 
 		 315 aa  156  4e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.136314  normal  0.795683 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0007  LysR family transcriptional regulator  35.98 
 
 		 298 aa  153  2.9999999999999998e-36  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3622  LysR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 316 aa  150  2e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.85611 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1775  LysR family transcriptional regulator  33.95 
 
 		 304 aa  148  1.0000000000000001e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0671659 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2263  transcriptional regulator, LysR family  32.99 
 
 		 299 aa  147  2.0000000000000003e-34  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3349  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 297 aa  145  6e-34  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.89818  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1027  LysR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 314 aa  144  2e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3293  transcriptional regulator, LysR family  31.37 
 
 		 301 aa  144  2e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.563306  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2466  LysR family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 311 aa  136  3.0000000000000003e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2571  LysR family transcriptional regulator  32.42 
 
 		 292 aa  133  3.9999999999999996e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.159237  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4149  LysR family transcriptional regulator  29.46 
 
 		 307 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.438214  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4978  LysR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 309 aa  130  2.0000000000000002e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0474  LysR family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 311 aa  127  3e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2361  LysR family transcriptional regulator  31.3 
 
 		 318 aa  126  5e-28  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.683125  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2257  transcriptional regulator, LysR family  29.45 
 
 		 296 aa  124  3e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.304398 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0888  transcriptional regulator, LysR family  28.25 
 
 		 300 aa  112  8.000000000000001e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3933  transcriptional regulator, LysR family  29.59 
 
 		 306 aa  107  2e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3810  LysR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 293 aa  106  6e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00430923 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3079  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 300 aa  105  7e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.149584  normal  0.0381152 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2065  LysR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 320 aa  105  7e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.102765  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3151  transcriptional regulator  30.08 
 
 		 302 aa  105  1e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.117197  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0223  transcriptional regulator, LysR family  31.44 
 
 		 314 aa  104  1e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5605  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 305 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5969  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 305 aa  105  1e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0037011 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1231  transcriptional regulator, LysR family  30.95 
 
 		 298 aa  103  3e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.214878  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1564  LysR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 295 aa  102  6e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0718  LysR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 295 aa  102  6e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.921816  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0603  LysR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 295 aa  102  6e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6469  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 305 aa  102  6e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.113472  normal  0.0944873 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2111  LysR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 295 aa  102  6e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.308302  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2198  LysR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 295 aa  102  6e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.158475  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2039  LysR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 295 aa  102  6e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.479863  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0814  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 295 aa  102  1e-20  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.35587  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1695  LysR family transcriptional regulator  27.74 
 
 		 299 aa  100  3e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5799  transcriptional regulator, LysR family  27.47 
 
 		 332 aa  100  3e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6251  LysR family transcriptional regulator  28.86 
 
 		 327 aa  100  4e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.3738  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0076  transcriptional regulator, LysR family  30.27 
 
 		 302 aa  99  9e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1575  transcriptional regulator, LysR family  30.29 
 
 		 295 aa  99  9e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000381269  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5155  LysR family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 303 aa  98.2  2e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6072  transcriptional regulator, LysR family  27.41 
 
 		 311 aa  97.8  2e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0055  LysR family transcriptional regulator  29.2 
 
 		 309 aa  98.2  2e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0835  LysR family transcriptional regulator  27.01 
 
 		 282 aa  97.1  4e-19  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5799  LysR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 306 aa  95.9  7e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.192087 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0309  transcriptional regulator, LysR family protein  27.55 
 
 		 289 aa  95.1  1e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_5024  LysR family transcriptional regulator  28.46 
 
 		 311 aa  95.1  1e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0432035  normal  0.889367 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2223  transcriptional regulator, LysR family  28.47 
 
 		 302 aa  95.1  1e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1476  transcriptional regulator MetR, substrate-binding, LysR family protein  27.69 
 
 		 313 aa  95.1  1e-18  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.669398 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2086  transcriptional regulator, LysR family  28.99 
 
 		 307 aa  94.7  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.363313  normal  0.654508 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2994  LysR family transcriptional regulator  29.78 
 
 		 295 aa  94.4  2e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0317639  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2638  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 294 aa  94.4  2e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2124  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  29.2 
 
 		 320 aa  93.6  4e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.797631  normal  0.149196 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1892  LysR family transcriptional regulator  26.91 
 
 		 304 aa  93.6  4e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0154443  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2150  LysR family substrate binding transcriptional regulator  29.2 
 
 		 320 aa  93.6  4e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.651941  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0615  transcription regulator protein  29.39 
 
 		 289 aa  92.8  6e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.528971 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0498  transcriptional regulator, LysR family  24.81 
 
 		 292 aa  92.8  7e-18  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2090  LysR family transcriptional regulator  31.66 
 
 		 293 aa  92.4  9e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.115384  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0788  LysR family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 334 aa  92  1e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6793  transcriptional regulator, LysR family  28.88 
 
 		 319 aa  92  1e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0960  LysR family transcriptional regulator  27.06 
 
 		 295 aa  91.3  2e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.234863  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0438  transcriptional regulator, LysR family  31.21 
 
 		 322 aa  90.9  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5091  LysR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 295 aa  90.9  2e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0219442 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2122  LysR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 297 aa  91.3  2e-17  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.303428  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2590  LysR family transcriptional regulator  33.85 
 
 		 294 aa  91.3  2e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.767848  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>