More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Veis_0007 on replicon NC_008786
Organism: Verminephrobacter eiseniae EF01-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008786  Veis_0007  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 298 aa  594  1e-169  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3045  LysR family transcriptional regulator  65.75 
 
 		 296 aa  393  1e-108  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.458337  normal  0.369645 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3400  LysR family transcriptional regulator  65.75 
 
 		 296 aa  392  1e-108  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0974424  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4468  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 315 aa  204  2e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.996518 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1729  LysR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 291 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0978912  normal  0.139934 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0927  LysR family transcriptional regulator  41.11 
 
 		 348 aa  195  7e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0404  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 311 aa  195  9e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.480543  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2124  LysR family transcriptional regulator  37.45 
 
 		 297 aa  194  1e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.01237  normal  0.0125374 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5498  LysR family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 345 aa  194  1e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.232176 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3582  LysR family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 342 aa  194  1e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.283353  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4785  LysR family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 342 aa  194  1e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0237769  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4763  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 307 aa  193  3e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1096  transcriptional regulator, LysR family  37.59 
 
 		 297 aa  193  3e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.000448558  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4170  LysR family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 349 aa  193  4e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4692  LysR family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 347 aa  191  1e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3815  LysR family transcriptional regulator  40.74 
 
 		 361 aa  188  1e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000407942 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1443  LysR family transcriptional regulator  36.59 
 
 		 311 aa  179  5.999999999999999e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.748078 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3349  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 297 aa  172  7.999999999999999e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.89818  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1946  transcriptional regulator, LysR family  32.07 
 
 		 316 aa  171  1e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1667  LysR family transcriptional regulator  31.83 
 
 		 321 aa  169  5e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1507  LysR family transcriptional regulator  35.04 
 
 		 304 aa  168  1e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4579  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 303 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.263741  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3622  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 316 aa  160  2e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.85611 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1403  LysR family transcriptional regulator  34.96 
 
 		 303 aa  160  4e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.311386  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1845  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 315 aa  159  5e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.136314  normal  0.795683 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1310  LysR family transcriptional regulator  35.34 
 
 		 303 aa  159  7e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.000494191  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3879  LysR family transcriptional regulator  34.96 
 
 		 303 aa  159  7e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4100  LysR family transcriptional regulator  34.96 
 
 		 303 aa  157  1e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.733  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2882  LysR family transcriptional regulator  30.3 
 
 		 320 aa  158  1e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.130369 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4149  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 307 aa  152  5e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.438214  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37220  LysR family transcriptional regulator  35.56 
 
 		 317 aa  150  3e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.923921  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3195  putative transcriptional regulator  35.56 
 
 		 363 aa  149  5e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0007  LysR family transcriptional regulator  32.33 
 
 		 324 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.702355 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2571  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 292 aa  147  3e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.159237  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1775  LysR family transcriptional regulator  34.42 
 
 		 304 aa  138  1e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0671659 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3293  transcriptional regulator, LysR family  34.41 
 
 		 301 aa  137  2e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.563306  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3151  transcriptional regulator  30.24 
 
 		 302 aa  127  3e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.117197  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2901  LysR family transcriptional regulator  29.39 
 
 		 325 aa  125  6e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0129461 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1231  transcriptional regulator, LysR family  28.62 
 
 		 298 aa  125  7e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.214878  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3458  LysR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 310 aa  124  1e-27  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1027  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 314 aa  124  1e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5281  LysR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 310 aa  124  1e-27  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.971291  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0474  LysR family transcriptional regulator  27.39 
 
 		 311 aa  124  1e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4745  LysR family transcriptional regulator  32.01 
 
 		 313 aa  124  2e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.729487  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2263  transcriptional regulator, LysR family  29.26 
 
 		 299 aa  122  7e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4814  transcriptional regulator, LysR family  30.74 
 
 		 312 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0274542 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3079  LysR family transcriptional regulator  28.03 
 
 		 300 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.149584  normal  0.0381152 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0888  transcriptional regulator, LysR family  28.67 
 
 		 300 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2257  transcriptional regulator, LysR family  31.2 
 
 		 296 aa  120  3.9999999999999996e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.304398 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2466  LysR family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 311 aa  119  4.9999999999999996e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2361  LysR family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 318 aa  119  7e-26  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.683125  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6329  transcriptional regulator, LysR family  32.7 
 
 		 299 aa  118  9.999999999999999e-26  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0290063  hitchhiker  0.00524783 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2365  LysR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 310 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0076  transcriptional regulator, LysR family  29 
 
 		 302 aa  117  1.9999999999999998e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5126  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 310 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0428454 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3970  LysR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 310 aa  113  3e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0573169 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2577  LysR family transcriptional regulator  31.07 
 
 		 310 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.571324  normal  0.28199 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3549  LysR family transcriptional regulator  30.71 
 
 		 310 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450879  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5799  transcriptional regulator, LysR family  27.84 
 
 		 332 aa  112  1.0000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3810  LysR family transcriptional regulator  31.25 
 
 		 293 aa  111  1.0000000000000001e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00430923 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3933  transcriptional regulator, LysR family  25.34 
 
 		 306 aa  109  4.0000000000000004e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0456  LysR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 294 aa  108  2e-22  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2223  transcriptional regulator, LysR family  30.66 
 
 		 302 aa  107  2e-22  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4978  LysR family transcriptional regulator  28.23 
 
 		 309 aa  107  3e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6072  transcriptional regulator, LysR family  29.1 
 
 		 311 aa  107  3e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0569  LysR family transcriptional regulator  30.38 
 
 		 290 aa  106  4e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3273  LysR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 293 aa  106  6e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.215219 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1892  LysR family transcriptional regulator  28.33 
 
 		 304 aa  105  8e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0154443  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0204  LysR family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 339 aa  105  9e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1151  transcriptional regulator, LysR family  29.25 
 
 		 302 aa  104  2e-21  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5155  LysR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 303 aa  103  3e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2122  LysR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 297 aa  102  5e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.303428  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0080  LysR family transcriptional regulator  25.42 
 
 		 303 aa  102  8e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2150  LysR family substrate binding transcriptional regulator  27.12 
 
 		 320 aa  102  1e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.651941  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1345  transcriptional regulator, LysR family  33.06 
 
 		 300 aa  102  1e-20  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0839604  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2124  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  27.12 
 
 		 320 aa  100  2e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.797631  normal  0.149196 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0960  LysR family transcriptional regulator  28.19 
 
 		 295 aa  99.8  5e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.234863  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2259  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 314 aa  99  9e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6469  LysR family transcriptional regulator  26.6 
 
 		 305 aa  98.2  2e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.113472  normal  0.0944873 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4555  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  28.69 
 
 		 299 aa  98.2  2e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.633228  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0309  transcriptional regulator, LysR family protein  25.38 
 
 		 289 aa  95.1  1e-18  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3623  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 299 aa  95.1  1e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4682  transcriptional regulator, LysR family  30 
 
 		 291 aa  95.1  1e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.16132  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5605  LysR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 305 aa  95.1  1e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5969  LysR family transcriptional regulator  27.21 
 
 		 305 aa  95.1  1e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0037011 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1448  LysR family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 300 aa  94.7  2e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0273001  normal  0.589236 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6251  LysR family transcriptional regulator  26.26 
 
 		 327 aa  94.7  2e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.3738  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0511  transcriptional regulator, LysR family  31.54 
 
 		 699 aa  93.6  4e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00795049 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3561  LysR family transcriptional regulator  30.33 
 
 		 297 aa  93.2  5e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7088  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 314 aa  92.8  6e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0048  transcriptional regulator, LysR family  27.07 
 
 		 298 aa  92.8  6e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.968768  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0327  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 324 aa  92.4  9e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4434  LysR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 301 aa  92  1e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.774237  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5799  LysR family transcriptional regulator  29.55 
 
 		 306 aa  91.3  2e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.192087 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0814  LysR family transcriptional regulator  27.27 
 
 		 295 aa  91.7  2e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.35587  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3677  transcriptional regulator, LysR family  25.17 
 
 		 292 aa  91.3  2e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.307485  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3560  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 287 aa  90.5  3e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2214  LysR family transcriptional regulator  30.77 
 
 		 287 aa  90.5  3e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.598338  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0055  LysR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 309 aa  90.5  3e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1293  LysR family transcriptional regulator  25.44 
 
 		 294 aa  90.5  3e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000772751  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>