More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_0474 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_0474  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 311 aa  637    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2466  LysR family transcriptional regulator  52.09 
 
 		 311 aa  365  1e-100  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3815  LysR family transcriptional regulator  34.87 
 
 		 361 aa  178  1e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000407942 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0927  LysR family transcriptional regulator  35.64 
 
 		 348 aa  172  6.999999999999999e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4763  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 307 aa  170  3e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3582  LysR family transcriptional regulator  35.08 
 
 		 342 aa  169  4e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.283353  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4785  LysR family transcriptional regulator  35.08 
 
 		 342 aa  169  4e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0237769  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5498  LysR family transcriptional regulator  35.08 
 
 		 345 aa  169  5e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.232176 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4170  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 349 aa  168  1e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4692  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 347 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1729  LysR family transcriptional regulator  30.54 
 
 		 291 aa  150  2e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0978912  normal  0.139934 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1443  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 311 aa  149  4e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.748078 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3458  LysR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 310 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5281  LysR family transcriptional regulator  32.97 
 
 		 310 aa  145  7.0000000000000006e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.971291  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1096  transcriptional regulator, LysR family  31.79 
 
 		 297 aa  145  1e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.000448558  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2365  LysR family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 310 aa  142  9e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2124  LysR family transcriptional regulator  32.27 
 
 		 297 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.01237  normal  0.0125374 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4468  LysR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 315 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.996518 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4100  LysR family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 303 aa  134  3e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.733  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1310  LysR family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 303 aa  132  5e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.000494191  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4579  LysR family transcriptional regulator  30.84 
 
 		 303 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.263741  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3879  LysR family transcriptional regulator  30.52 
 
 		 303 aa  132  9e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4978  LysR family transcriptional regulator  30.55 
 
 		 309 aa  131  1.0000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2882  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 320 aa  132  1.0000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.130369 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3349  LysR family transcriptional regulator  29.24 
 
 		 297 aa  130  3e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.89818  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3549  LysR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 310 aa  130  3e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450879  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3970  LysR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 310 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0573169 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37220  LysR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 317 aa  130  4.0000000000000003e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.923921  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3195  putative transcriptional regulator  29.8 
 
 		 363 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0404  LysR family transcriptional regulator  29 
 
 		 311 aa  129  6e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.480543  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2577  LysR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 310 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.571324  normal  0.28199 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5126  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 		 310 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0428454 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1946  transcriptional regulator, LysR family  27.52 
 
 		 316 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1403  LysR family transcriptional regulator  29.06 
 
 		 303 aa  127  3e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.311386  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3622  LysR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 316 aa  125  7e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.85611 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1507  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 304 aa  125  1e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4745  LysR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 313 aa  124  3e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.729487  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1845  LysR family transcriptional regulator  27.18 
 
 		 315 aa  123  3e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.136314  normal  0.795683 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1667  LysR family transcriptional regulator  27.37 
 
 		 321 aa  122  7e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4814  transcriptional regulator, LysR family  30.34 
 
 		 312 aa  120  1.9999999999999998e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0274542 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0007  LysR family transcriptional regulator  28.66 
 
 		 324 aa  120  3e-26  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.702355 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3045  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 296 aa  120  3e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.458337  normal  0.369645 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3400  LysR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 296 aa  119  7e-26  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0974424  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0007  LysR family transcriptional regulator  27.39 
 
 		 298 aa  115  7.999999999999999e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5799  transcriptional regulator, LysR family  26.1 
 
 		 332 aa  111  1.0000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2361  LysR family transcriptional regulator  26.44 
 
 		 318 aa  108  8.000000000000001e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.683125  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1231  transcriptional regulator, LysR family  23.81 
 
 		 298 aa  104  2e-21  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.214878  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1027  LysR family transcriptional regulator  25.25 
 
 		 314 aa  103  4e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4149  LysR family transcriptional regulator  22.77 
 
 		 307 aa  103  4e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.438214  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2571  LysR family transcriptional regulator  25.99 
 
 		 292 aa  102  6e-21  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.159237  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3079  LysR family transcriptional regulator  23.02 
 
 		 300 aa  101  2e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.149584  normal  0.0381152 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3293  transcriptional regulator, LysR family  27.16 
 
 		 301 aa  101  2e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.563306  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1775  LysR family transcriptional regulator  25.75 
 
 		 304 aa  99.8  5e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0671659 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2901  LysR family transcriptional regulator  25.08 
 
 		 325 aa  96.3  6e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0129461 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3933  transcriptional regulator, LysR family  22.79 
 
 		 306 aa  95.5  9e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0076  transcriptional regulator, LysR family  24.92 
 
 		 302 aa  93.6  4e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2259  LysR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 314 aa  90.9  3e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0080  LysR family transcriptional regulator  25.32 
 
 		 303 aa  90.5  3e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2124  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  26.8 
 
 		 320 aa  89.7  5e-17  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.797631  normal  0.149196 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2531  transcriptional regulator, LysR family  23.68 
 
 		 308 aa  89.4  8e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.351481  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2159  transcriptional regulator, LysR family  23.68 
 
 		 308 aa  89.4  8e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.597139  hitchhiker  0.0000167573 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  28.01 
 
 		 305 aa  89  9e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2150  LysR family substrate binding transcriptional regulator  26.4 
 
 		 320 aa  88.6  1e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.651941  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1148  transcriptional regulator, LysR family  27.78 
 
 		 303 aa  88.6  1e-16  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000219344  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3151  transcriptional regulator  25.89 
 
 		 302 aa  88.6  1e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.117197  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0814  LysR family transcriptional regulator  25.83 
 
 		 295 aa  87.4  3e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.35587  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2039  LysR family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 295 aa  86.7  4e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.479863  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1564  LysR family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 295 aa  86.7  4e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2111  LysR family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 295 aa  86.7  4e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.308302  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0603  LysR family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 295 aa  86.7  4e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1695  LysR family transcriptional regulator  25.31 
 
 		 299 aa  87  4e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0718  LysR family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 295 aa  86.7  4e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.921816  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2198  LysR family transcriptional regulator  26.97 
 
 		 295 aa  86.7  4e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.158475  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2122  LysR family transcriptional regulator  27 
 
 		 297 aa  86.3  5e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.303428  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0204  LysR family transcriptional regulator  20.65 
 
 		 339 aa  85.9  8e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1778  hydrogen peroxide-inducible genes activator  31.82 
 
 		 296 aa  83.6  0.000000000000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1779  hydrogen peroxide-inducible genes activator  31.82 
 
 		 296 aa  83.6  0.000000000000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5799  LysR family transcriptional regulator  27.89 
 
 		 306 aa  83.6  0.000000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.192087 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2263  transcriptional regulator, LysR family  23.84 
 
 		 299 aa  83.2  0.000000000000005  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0569  LysR family transcriptional regulator  28.4 
 
 		 290 aa  82.8  0.000000000000006  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2257  transcriptional regulator, LysR family  23.91 
 
 		 296 aa  82.8  0.000000000000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.304398 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0888  transcriptional regulator, LysR family  26.06 
 
 		 300 aa  82.4  0.000000000000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1993  transcriptional regulator, LysR family  26.52 
 
 		 319 aa  82.4  0.000000000000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5695  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.73 
 
 		 296 aa  82  0.00000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6072  transcriptional regulator, LysR family  25.71 
 
 		 311 aa  82  0.00000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0960  LysR family transcriptional regulator  25.74 
 
 		 295 aa  82  0.00000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.234863  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1833  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 317 aa  82.4  0.00000000000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2787  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 		 305 aa  81.3  0.00000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1855  transcriptional regulator, LysR family  26.16 
 
 		 308 aa  81.6  0.00000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0396  LysR family transcriptional regulator  26.14 
 
 		 300 aa  81.3  0.00000000000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.21777  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3176  LysR family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 304 aa  81.3  0.00000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.594001  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5774  transcriptional regulator LysR family  28.88 
 
 		 332 aa  80.9  0.00000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4912  transcriptional regulator, LysR family  25 
 
 		 295 aa  81.6  0.00000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000162486  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05450  transcriptional regulator, LysR family  22.92 
 
 		 296 aa  80.9  0.00000000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0434511  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0804  LysR family transcriptional regulator  25.68 
 
 		 288 aa  80.5  0.00000000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0513022 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1983  LysR family transcriptional regulator  28.73 
 
 		 299 aa  80.5  0.00000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.360577  hitchhiker  0.00420822 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  24.91 
 
 		 300 aa  79.7  0.00000000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5155  LysR family transcriptional regulator  26.09 
 
 		 303 aa  79.7  0.00000000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4760  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 296 aa  80.1  0.00000000000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1224  LysR family transcriptional regulator  24.87 
 
 		 289 aa  80.1  0.00000000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>