More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3293 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_3293  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 301 aa  604  9.999999999999999e-173  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.563306  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1775  LysR family transcriptional regulator  61.67 
 
 		 304 aa  358  8e-98  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0671659 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4468  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 315 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.996518 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1443  LysR family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 311 aa  171  1e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.748078 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4763  LysR family transcriptional regulator  34.64 
 
 		 307 aa  170  2e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4579  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 303 aa  154  1e-36  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.263741  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1845  LysR family transcriptional regulator  34.06 
 
 		 315 aa  154  1e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.136314  normal  0.795683 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1310  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 303 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.000494191  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37220  LysR family transcriptional regulator  35.8 
 
 		 317 aa  152  5e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.923921  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0007  LysR family transcriptional regulator  33.66 
 
 		 324 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.702355 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4100  LysR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 303 aa  152  8e-36  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.733  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3195  putative transcriptional regulator  35.39 
 
 		 363 aa  150  2e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1667  LysR family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 321 aa  150  2e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1403  LysR family transcriptional regulator  32.1 
 
 		 303 aa  150  3e-35  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.311386  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3400  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 296 aa  150  3e-35  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0974424  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3045  LysR family transcriptional regulator  35.59 
 
 		 296 aa  150  3e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.458337  normal  0.369645 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0404  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 311 aa  150  3e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.480543  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2882  LysR family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 320 aa  150  4e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.130369 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1946  transcriptional regulator, LysR family  32.43 
 
 		 316 aa  149  6e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3622  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 316 aa  149  8e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.85611 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3879  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 303 aa  148  9e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4170  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 349 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4692  LysR family transcriptional regulator  33.58 
 
 		 347 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1096  transcriptional regulator, LysR family  30.69 
 
 		 297 aa  146  5e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.000448558  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0007  LysR family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 298 aa  144  2e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0927  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 348 aa  144  2e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3815  LysR family transcriptional regulator  33.89 
 
 		 361 aa  144  2e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000407942 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5498  LysR family transcriptional regulator  32.98 
 
 		 345 aa  143  3e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.232176 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4785  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 342 aa  142  5e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0237769  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3582  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 342 aa  142  5e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.283353  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2124  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 297 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.01237  normal  0.0125374 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3349  LysR family transcriptional regulator  32.48 
 
 		 297 aa  138  1e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.89818  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1729  LysR family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 291 aa  137  2e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0978912  normal  0.139934 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2365  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 310 aa  133  3e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3458  LysR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 310 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5281  LysR family transcriptional regulator  34.52 
 
 		 310 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.971291  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1507  LysR family transcriptional regulator  29.71 
 
 		 304 aa  127  2.0000000000000002e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5126  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 310 aa  124  2e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0428454 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3970  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 310 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0573169 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2577  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 310 aa  121  9.999999999999999e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.571324  normal  0.28199 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3549  LysR family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 310 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450879  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4745  LysR family transcriptional regulator  31.95 
 
 		 313 aa  119  4.9999999999999996e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.729487  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2571  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 292 aa  116  5e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.159237  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4149  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 307 aa  107  2e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.438214  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2263  transcriptional regulator, LysR family  30.74 
 
 		 299 aa  107  2e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0474  LysR family transcriptional regulator  26.52 
 
 		 311 aa  107  3e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4814  transcriptional regulator, LysR family  30.31 
 
 		 312 aa  105  1e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0274542 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0888  transcriptional regulator, LysR family  30.07 
 
 		 300 aa  104  2e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1027  LysR family transcriptional regulator  28.06 
 
 		 314 aa  102  6e-21  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2901  LysR family transcriptional regulator  29.18 
 
 		 325 aa  102  9e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0129461 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3079  LysR family transcriptional regulator  28.88 
 
 		 300 aa  101  1e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.149584  normal  0.0381152 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2466  LysR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 311 aa  99.8  5e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5799  transcriptional regulator, LysR family  29.18 
 
 		 332 aa  98.6  1e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4978  LysR family transcriptional regulator  31.37 
 
 		 309 aa  97.8  2e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0076  transcriptional regulator, LysR family  29.41 
 
 		 302 aa  96.3  5e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5695  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.31 
 
 		 296 aa  96.3  6e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3677  transcriptional regulator, LysR family  28.93 
 
 		 292 aa  95.5  1e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.307485  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2361  LysR family transcriptional regulator  25.5 
 
 		 318 aa  95.1  1e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.683125  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4880  LysR family transcriptional regulator  29.32 
 
 		 305 aa  95.1  1e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.839587  normal  0.735479 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2086  transcriptional regulator, LysR family  32.56 
 
 		 307 aa  95.1  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.363313  normal  0.654508 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2781  LysR family transcriptional regulator  33.05 
 
 		 329 aa  94  3e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1360  transcriptional regulator, LysR family  31.23 
 
 		 303 aa  94  3e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.325341  normal  0.0430016 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0204  LysR family transcriptional regulator  30.42 
 
 		 339 aa  92.4  7e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1424  transcriptional regulator, LysR family  31.23 
 
 		 303 aa  92.4  8e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.442699 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0486  LysR substrate-binding  30.45 
 
 		 298 aa  91.7  1e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3522  transcriptional regulator, LysR family  25.72 
 
 		 283 aa  90.9  2e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0810  LysR family transcriptional regulator  31.56 
 
 		 304 aa  90.9  2e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.174247  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3151  transcriptional regulator  29.6 
 
 		 302 aa  90.5  3e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.117197  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1408  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 323 aa  89.4  6e-17  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.185298  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1374  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 314 aa  89.4  6e-17  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1392  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 306 aa  89.4  7e-17  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0389535  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4401  LysR family transcriptional regulator  28.34 
 
 		 305 aa  88.2  1e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3495  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 297 aa  87.4  3e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0190038  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0276  transcriptional regulator, LysR family  31.75 
 
 		 295 aa  86.7  4e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.265614 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2204  LysR family transcriptional regulator  29.8 
 
 		 306 aa  86.3  5e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.150057 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2312  LysR family transcriptional regulator  29.23 
 
 		 302 aa  86.3  5e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.015479  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1855  transcriptional regulator, LysR family  26.53 
 
 		 308 aa  86.3  6e-16  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3285  LysR family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 297 aa  85.9  7e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0242325  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1747  transcriptional regulator, LysR family  24.64 
 
 		 283 aa  85.9  7e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.337394  normal  0.482419 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3543  LysR family transcriptional regulator  27.93 
 
 		 297 aa  85.9  7e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5799  LysR family transcriptional regulator  27.02 
 
 		 306 aa  85.9  8e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.192087 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3255  LysR family transcriptional regulator  28.27 
 
 		 297 aa  85.9  9e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.841591  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1323  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 302 aa  85.5  9e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0574194 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4836  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 328 aa  85.1  0.000000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2257  transcriptional regulator, LysR family  25.76 
 
 		 296 aa  85.1  0.000000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.304398 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3297  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 283 aa  84.7  0.000000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3211  LysR family transcriptional regulator  24.18 
 
 		 283 aa  84.3  0.000000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0188  transcriptional regulator CatR  29.27 
 
 		 304 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0666967  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2114  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 313 aa  84.7  0.000000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.28902  normal  0.253639 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0999  transcriptional regulator CatR  28.86 
 
 		 304 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3557  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 283 aa  84.7  0.000000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.423553  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0474  transcriptional regulator CatR  28.86 
 
 		 306 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3482  transcriptional regulator, LysR family  27.24 
 
 		 297 aa  84.7  0.000000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.26216  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3717  LysR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 326 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.038308 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4646  LysR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 326 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5650  transcriptional regulator, LysR family  29.13 
 
 		 303 aa  84.3  0.000000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00706693  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3804  LysR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 326 aa  84.7  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.699235 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2580  ben operon transcriptional regulator BenM  29.27 
 
 		 306 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3601  LysR family transcriptional regulator  28.51 
 
 		 305 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.773221  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3514  transcriptional regulator, LysR family  25 
 
 		 283 aa  84.7  0.000000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>