More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_2466 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_2466  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 311 aa  640    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0474  LysR family transcriptional regulator  52.09 
 
 		 311 aa  365  1e-100  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4763  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 307 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3815  LysR family transcriptional regulator  32.24 
 
 		 361 aa  159  4e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000407942 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2124  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 297 aa  151  1e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.01237  normal  0.0125374 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1096  transcriptional regulator, LysR family  32.73 
 
 		 297 aa  151  1e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.000448558  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4785  LysR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 342 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0237769  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5498  LysR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 345 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.232176 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3582  LysR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 342 aa  150  2e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.283353  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0927  LysR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 348 aa  150  4e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4170  LysR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 349 aa  149  6e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1729  LysR family transcriptional regulator  29.35 
 
 		 291 aa  149  8e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0978912  normal  0.139934 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4692  LysR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 347 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1845  LysR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 315 aa  146  3e-34  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.136314  normal  0.795683 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1946  transcriptional regulator, LysR family  32.19 
 
 		 316 aa  146  5e-34  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3622  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 316 aa  145  1e-33  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.85611 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1443  LysR family transcriptional regulator  29.14 
 
 		 311 aa  144  2e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.748078 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37220  LysR family transcriptional regulator  28.85 
 
 		 317 aa  144  3e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.923921  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1667  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 		 321 aa  143  4e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2882  LysR family transcriptional regulator  31.63 
 
 		 320 aa  142  6e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.130369 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3195  putative transcriptional regulator  28.57 
 
 		 363 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3458  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 310 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5281  LysR family transcriptional regulator  32.87 
 
 		 310 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.971291  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4468  LysR family transcriptional regulator  30.25 
 
 		 315 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.996518 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3879  LysR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 303 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2365  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 310 aa  136  4e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1403  LysR family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 303 aa  136  4e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.311386  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1507  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 304 aa  135  9.999999999999999e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4579  LysR family transcriptional regulator  29.5 
 
 		 303 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.263741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1310  LysR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 303 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.000494191  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4100  LysR family transcriptional regulator  27.54 
 
 		 303 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.733  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3349  LysR family transcriptional regulator  29 
 
 		 297 aa  133  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.89818  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5126  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 310 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0428454 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3549  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 310 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450879  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3970  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 310 aa  129  6e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0573169 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2577  LysR family transcriptional regulator  32.62 
 
 		 310 aa  129  6e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.571324  normal  0.28199 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0007  LysR family transcriptional regulator  26.92 
 
 		 324 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.702355 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3400  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 296 aa  125  1e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0974424  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4149  LysR family transcriptional regulator  28.01 
 
 		 307 aa  124  2e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.438214  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3045  LysR family transcriptional regulator  32.85 
 
 		 296 aa  124  3e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.458337  normal  0.369645 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0404  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 311 aa  123  3e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.480543  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4745  LysR family transcriptional regulator  29.26 
 
 		 313 aa  119  9e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.729487  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0007  LysR family transcriptional regulator  26.56 
 
 		 298 aa  117  3.9999999999999997e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4814  transcriptional regulator, LysR family  32.14 
 
 		 312 aa  114  3e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0274542 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3151  transcriptional regulator  30.22 
 
 		 302 aa  112  7.000000000000001e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.117197  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2571  LysR family transcriptional regulator  26.8 
 
 		 292 aa  111  1.0000000000000001e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.159237  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5799  transcriptional regulator, LysR family  27.7 
 
 		 332 aa  109  7.000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2122  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 297 aa  109  7.000000000000001e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.303428  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2263  transcriptional regulator, LysR family  25.68 
 
 		 299 aa  108  9.000000000000001e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0569  LysR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 290 aa  107  2e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3079  LysR family transcriptional regulator  25.52 
 
 		 300 aa  107  2e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.149584  normal  0.0381152 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2361  LysR family transcriptional regulator  26.9 
 
 		 318 aa  107  3e-22  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.683125  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1231  transcriptional regulator, LysR family  24.24 
 
 		 298 aa  107  4e-22  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.214878  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4978  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 309 aa  104  2e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2901  LysR family transcriptional regulator  27.12 
 
 		 325 aa  103  4e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0129461 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0960  LysR family transcriptional regulator  26.01 
 
 		 295 aa  102  6e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.234863  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1027  LysR family transcriptional regulator  24.17 
 
 		 314 aa  101  1e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5155  LysR family transcriptional regulator  35.16 
 
 		 303 aa  102  1e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3933  transcriptional regulator, LysR family  25.42 
 
 		 306 aa  101  2e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0204  LysR family transcriptional regulator  28.98 
 
 		 339 aa  99  8e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2257  transcriptional regulator, LysR family  27.46 
 
 		 296 aa  99  1e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.304398 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1775  LysR family transcriptional regulator  26.23 
 
 		 304 aa  97.8  2e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0671659 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6072  transcriptional regulator, LysR family  26.28 
 
 		 311 aa  97.1  4e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5799  LysR family transcriptional regulator  27.99 
 
 		 306 aa  96.3  6e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.192087 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3293  transcriptional regulator, LysR family  34.55 
 
 		 301 aa  95.5  1e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.563306  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3285  LysR family transcriptional regulator  27.11 
 
 		 297 aa  93.2  5e-18  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0242325  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3543  LysR family transcriptional regulator  27.11 
 
 		 297 aa  93.2  5e-18  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3255  LysR family transcriptional regulator  27.11 
 
 		 297 aa  92.8  6e-18  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.841591  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5969  LysR family transcriptional regulator  23.21 
 
 		 305 aa  92.4  8e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0037011 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5605  LysR family transcriptional regulator  23.21 
 
 		 305 aa  92.4  8e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3495  LysR family transcriptional regulator  26.05 
 
 		 297 aa  91.7  1e-17  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0190038  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3511  transcriptional regulator, LysR family  26.69 
 
 		 297 aa  91.7  1e-17  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6469  LysR family transcriptional regulator  23.21 
 
 		 305 aa  92  1e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.113472  normal  0.0944873 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0814  LysR family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 295 aa  92  1e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.35587  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3482  transcriptional regulator, LysR family  25 
 
 		 297 aa  92  1e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.26216  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3500  transcriptional regulator, LysR family  26.76 
 
 		 297 aa  91.3  2e-17  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6251  LysR family transcriptional regulator  23.39 
 
 		 327 aa  90.5  4e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.3738  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2259  LysR family transcriptional regulator  25.93 
 
 		 314 aa  90.1  5e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1767  transcriptional regulator, LysR family  25 
 
 		 297 aa  89.7  5e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.114066  normal  0.776401 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3601  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 305 aa  89  9e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.773221  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2394  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 305 aa  89  9e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.888535  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5457  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 305 aa  89  9e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0888  transcriptional regulator, LysR family  23.36 
 
 		 300 aa  88.6  1e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3804  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 326 aa  88.2  1e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.699235 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3717  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 326 aa  88.2  1e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.038308 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2124  LysR family substrate-binding transcriptional regulator  25.93 
 
 		 320 aa  88.6  1e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.797631  normal  0.149196 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3192  LysR family transcriptional regulator  25 
 
 		 295 aa  89  1e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.863853  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0076  transcriptional regulator, LysR family  23.95 
 
 		 302 aa  89  1e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4646  LysR family transcriptional regulator  34.03 
 
 		 326 aa  88.2  1e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5880  LysR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 291 aa  87.8  2e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.311857  normal  0.281069 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3199  LysR family transcriptional regulator  25.09 
 
 		 297 aa  87.8  2e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0827152  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2150  LysR family substrate binding transcriptional regulator  25.56 
 
 		 320 aa  87.8  2e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.651941  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0084  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 311 aa  87.4  2e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.446413  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0091  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 311 aa  88.2  2e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5516  LysR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 291 aa  87.8  2e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0587498  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6389  LysR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 291 aa  87.4  3e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0907959  normal  0.0995777 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0639  LysR family transcriptional regulator  31.48 
 
 		 319 aa  87  3e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45050  Transcriptional regulator, LysR family  28.85 
 
 		 296 aa  86.7  5e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0101  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 		 311 aa  86.3  6e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1151  transcriptional regulator, LysR family  28.47 
 
 		 307 aa  86.3  7e-16  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.88835 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>