More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_1096 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_1096  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 297 aa  603  1.0000000000000001e-171  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.000448558  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2124  LysR family transcriptional regulator  90.32 
 
 		 297 aa  520  1e-146  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.01237  normal  0.0125374 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3349  LysR family transcriptional regulator  57.29 
 
 		 297 aa  334  1e-90  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.89818  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1507  LysR family transcriptional regulator  55.67 
 
 		 304 aa  332  4e-90  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1946  transcriptional regulator, LysR family  47.46 
 
 		 316 aa  295  6e-79  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2882  LysR family transcriptional regulator  47.77 
 
 		 320 aa  290  2e-77  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.130369 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1845  LysR family transcriptional regulator  47.08 
 
 		 315 aa  290  3e-77  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.136314  normal  0.795683 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1667  LysR family transcriptional regulator  45.36 
 
 		 321 aa  287  2e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3622  LysR family transcriptional regulator  46.78 
 
 		 316 aa  285  8e-76  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.85611 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1729  LysR family transcriptional regulator  42.76 
 
 		 291 aa  258  9e-68  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0978912  normal  0.139934 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3045  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 296 aa  206  5e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.458337  normal  0.369645 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3400  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 296 aa  205  9e-52  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0974424  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1443  LysR family transcriptional regulator  38.75 
 
 		 311 aa  204  2e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.748078 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3815  LysR family transcriptional regulator  38.7 
 
 		 361 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000407942 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5498  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 345 aa  199  7e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.232176 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4763  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 307 aa  199  7e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4785  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 342 aa  198  7.999999999999999e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0237769  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3582  LysR family transcriptional regulator  38.06 
 
 		 342 aa  198  7.999999999999999e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.283353  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4170  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 349 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0927  LysR family transcriptional regulator  37.85 
 
 		 348 aa  196  3e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4692  LysR family transcriptional regulator  37.72 
 
 		 347 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4468  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 315 aa  189  4e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.996518 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0007  LysR family transcriptional regulator  37.59 
 
 		 298 aa  186  4e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2571  LysR family transcriptional regulator  39.1 
 
 		 292 aa  182  4.0000000000000006e-45  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.159237  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1027  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 314 aa  180  2.9999999999999997e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37220  LysR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 317 aa  179  4e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.923921  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0404  LysR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 311 aa  177  1e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.480543  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3195  putative transcriptional regulator  36 
 
 		 363 aa  176  5e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2263  transcriptional regulator, LysR family  35.61 
 
 		 299 aa  174  9.999999999999999e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1403  LysR family transcriptional regulator  36.06 
 
 		 303 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.311386  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2257  transcriptional regulator, LysR family  36.08 
 
 		 296 aa  173  2.9999999999999996e-42  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.304398 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4745  LysR family transcriptional regulator  35.31 
 
 		 313 aa  167  2e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.729487  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3879  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 303 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4579  LysR family transcriptional regulator  36.47 
 
 		 303 aa  167  2e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.263741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1310  LysR family transcriptional regulator  36.47 
 
 		 303 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  decreased coverage  0.000494191  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4100  LysR family transcriptional regulator  36.08 
 
 		 303 aa  165  8e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.733  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1775  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 304 aa  156  3e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.0671659 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4149  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 307 aa  154  2e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.438214  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3151  transcriptional regulator  31.6 
 
 		 302 aa  152  8.999999999999999e-36  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.117197  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2361  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 318 aa  152  8.999999999999999e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.683125  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2466  LysR family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 311 aa  151  1e-35  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0474  LysR family transcriptional regulator  31.42 
 
 		 311 aa  146  5e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0888  transcriptional regulator, LysR family  32.47 
 
 		 300 aa  145  6e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2365  LysR family transcriptional regulator  36.61 
 
 		 310 aa  144  3e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3458  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 310 aa  143  4e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5281  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 310 aa  143  4e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.971291  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5126  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 310 aa  139  4.999999999999999e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0428454 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3293  transcriptional regulator, LysR family  30.77 
 
 		 301 aa  139  4.999999999999999e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.563306  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3933  transcriptional regulator, LysR family  28.87 
 
 		 306 aa  138  1e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3549  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 310 aa  136  4e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.450879  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3970  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 310 aa  135  8e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0573169 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2577  LysR family transcriptional regulator  35.37 
 
 		 310 aa  135  9e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.571324  normal  0.28199 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1231  transcriptional regulator, LysR family  30.86 
 
 		 298 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.214878  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3810  LysR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 293 aa  132  5e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00430923 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0007  LysR family transcriptional regulator  28.74 
 
 		 324 aa  132  5e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.702355 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5799  transcriptional regulator, LysR family  30.6 
 
 		 332 aa  132  6e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5969  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 305 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0037011 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5605  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 305 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0569  LysR family transcriptional regulator  31.47 
 
 		 290 aa  130  3e-29  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6251  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 327 aa  130  3e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.3738  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6469  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 305 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.113472  normal  0.0944873 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2901  LysR family transcriptional regulator  28.89 
 
 		 325 aa  129  5.0000000000000004e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0129461 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3079  LysR family transcriptional regulator  29.15 
 
 		 300 aa  126  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.149584  normal  0.0381152 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6072  transcriptional regulator, LysR family  29.48 
 
 		 311 aa  125  8.000000000000001e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0204  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 339 aa  122  6e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5155  LysR family transcriptional regulator  27.13 
 
 		 303 aa  122  9e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0080  LysR family transcriptional regulator  28.1 
 
 		 303 aa  120  3.9999999999999996e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0814  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 295 aa  119  4.9999999999999996e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.35587  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2111  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 295 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.308302  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1564  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 295 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2198  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 295 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.158475  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0718  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 295 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.921816  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0603  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 295 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2039  LysR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 295 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.479863  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4978  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 309 aa  117  1.9999999999999998e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0076  transcriptional regulator, LysR family  30.3 
 
 		 302 aa  116  3.9999999999999997e-25  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0223  transcriptional regulator, LysR family  34.75 
 
 		 314 aa  115  1.0000000000000001e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5799  LysR family transcriptional regulator  29.02 
 
 		 306 aa  114  2.0000000000000002e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.192087 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1892  LysR family transcriptional regulator  28.18 
 
 		 304 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0154443  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0960  LysR family transcriptional regulator  38.15 
 
 		 295 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.234863  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1695  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 299 aa  112  6e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4814  transcriptional regulator, LysR family  32.21 
 
 		 312 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0274542 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0883  transcriptional regulator, LysR family  28.62 
 
 		 291 aa  111  1.0000000000000001e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000429967 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2122  LysR family transcriptional regulator  29.53 
 
 		 297 aa  110  3e-23  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.303428  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2253  transcriptional regulator, LysR family  30.62 
 
 		 303 aa  109  5e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.105468  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0396  LysR family transcriptional regulator  29.81 
 
 		 300 aa  108  9.000000000000001e-23  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.21777  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5695  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.17 
 
 		 296 aa  108  1e-22  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 300 aa  105  8e-22  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2150  LysR family substrate binding transcriptional regulator  27.67 
 
 		 320 aa  105  1e-21  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.651941  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34290  Transcriptional regualtor, LysR family  32.34 
 
 		 294 aa  105  1e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  27.08 
 
 		 300 aa  104  2e-21  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2531  transcriptional regulator, LysR family  30.23 
 
 		 308 aa  103  3e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.351481  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2159  transcriptional regulator, LysR family  30.23 
 
 		 308 aa  103  3e-21  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.597139  hitchhiker  0.0000167573 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 300 aa  103  4e-21  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0498  transcriptional regulator, LysR family  27.69 
 
 		 292 aa  103  4e-21  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1717  transcriptional regulator  29.07 
 
 		 314 aa  103  4e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 300 aa  103  5e-21  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  26.67 
 
 		 300 aa  103  5e-21  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  26.67 
 
 		 300 aa  103  5e-21  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  26.67 
 
 		 300 aa  103  5e-21  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>